[日本語] English
万見
- PDB-7avr: The tetrameric structure of haloalkane dehalogenase DpaA from Par... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7avr
タイトルThe tetrameric structure of haloalkane dehalogenase DpaA from Paraglaciecola agarilytica NO2
要素Haloalkane dehalogenase 1
キーワードHYDROLASE / Haloalkane dehalogenase / enzyme / tetramer
機能・相同性Epoxide hydrolase-like / catalytic activity / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / Haloalkane dehalogenase 1
機能・相同性情報
生物種Paraglaciecola agarilytica NO2 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Mazur, A. / Kolenko, P. / Prudnikova, T. / Grinkevich, P. / Kuta Smatanova, I.
資金援助 チェコ, ドイツ, 7件
組織認可番号国
Grant Agency of the Czech Republic17-24321S チェコ
German Research Foundation (DFG)DAAD-16-09 ドイツ
European Regional Development FundCZ.02.1.01/0.0/0.0/15_003/0000441 チェコ
European Regional Development FundCZ.02.1.01/0.0/0.0/16_019/0000778 チェコ
European Regional Development FundLM2015047 チェコ
European Regional Development FundLM2018121 チェコ
Ministry of Education (MoE, Czech Republic)CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_026/0008451 チェコ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: The tetrameric structure of the novel haloalkane dehalogenase DpaA from Paraglaciecola agarilytica NO2.
著者: Mazur, A. / Prudnikova, T. / Grinkevich, P. / Mesters, J.R. / Mrazova, D. / Chaloupkova, R. / Damborsky, J. / Kuty, M. / Kolenko, P. / Kuta Smatanova, I.
履歴
登録2020年11月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Haloalkane dehalogenase 1
B: Haloalkane dehalogenase 1
C: Haloalkane dehalogenase 1
D: Haloalkane dehalogenase 1
E: Haloalkane dehalogenase 1
F: Haloalkane dehalogenase 1
G: Haloalkane dehalogenase 1
H: Haloalkane dehalogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)276,85726
ポリマ－276,2198
非ポリマー63818
水36,1742008
1
A: Haloalkane dehalogenase 1
B: Haloalkane dehalogenase 1
C: Haloalkane dehalogenase 1
D: Haloalkane dehalogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,32210
ポリマ－138,1094
非ポリマー2136
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7150 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area42190 Å2
手法PISA
2
E: Haloalkane dehalogenase 1
F: Haloalkane dehalogenase 1
G: Haloalkane dehalogenase 1
H: Haloalkane dehalogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,53516
ポリマ－138,1094
非ポリマー42512
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7970 Å2
ΔGint-165 kcal/mol
Surface area42210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.385, 155.506, 155.611
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-682-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16A
26G
17A
27H
18B
28C
19B
29D
110B
210E
111B
211F
112B
212G
113B
213H
114C
214D
115C
215E
116C
216F
117C
217G
118C
218H
119D
219E
120D
220F
121D
221G
122D
222H
123E
223F
124E
224G
125E
225H
126F
226G
127F
227H
128G
228H

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILETHRTHRAA3 - 2993 - 299
21ILEILETHRTHRBB3 - 2993 - 299
12ILEILETHRTHRAA3 - 2993 - 299
22ILEILETHRTHRCC3 - 2993 - 299
13ILEILEPHEPHEAA3 - 2983 - 298
23ILEILEPHEPHEDD3 - 2983 - 298
14ILEILETHRTHRAA3 - 2993 - 299
24ILEILETHRTHREE3 - 2993 - 299
15ILEILEPHEPHEAA3 - 2983 - 298
25ILEILEPHEPHEFF3 - 2983 - 298
16ILEILETHRTHRAA3 - 2993 - 299
26ILEILETHRTHRGG3 - 2993 - 299
17ILEILEILEILEAA3 - 3013 - 301
27ILEILEILEILEHH3 - 3013 - 301
18ILEILETHRTHRBB3 - 2993 - 299
28ILEILETHRTHRCC3 - 2993 - 299
19ILEILEPHEPHEBB3 - 2983 - 298
29ILEILEPHEPHEDD3 - 2983 - 298
110ILEILEMETMETBB3 - 3003 - 300
210ILEILEMETMETEE3 - 3003 - 300
111ILEILEPHEPHEBB3 - 2983 - 298
211ILEILEPHEPHEFF3 - 2983 - 298
112ILEILETHRTHRBB3 - 2993 - 299
212ILEILETHRTHRGG3 - 2993 - 299
113ILEILETHRTHRBB3 - 2993 - 299
213ILEILETHRTHRHH3 - 2993 - 299
114ILEILEPHEPHECC3 - 2983 - 298
214ILEILEPHEPHEDD3 - 2983 - 298
115ILEILETHRTHRCC3 - 2993 - 299
215ILEILETHRTHREE3 - 2993 - 299
116THRTHRPHEPHECC2 - 2982 - 298
216THRTHRPHEPHEFF2 - 2982 - 298
117THRTHRMETMETCC2 - 3002 - 300
217THRTHRMETMETGG2 - 3002 - 300
118ILEILETHRTHRCC3 - 2993 - 299
218ILEILETHRTHRHH3 - 2993 - 299
119ILEILEPHEPHEDD3 - 2983 - 298
219ILEILEPHEPHEEE3 - 2983 - 298
120ILEILEPHEPHEDD3 - 2983 - 298
220ILEILEPHEPHEFF3 - 2983 - 298
121ILEILEPHEPHEDD3 - 2983 - 298
221ILEILEPHEPHEGG3 - 2983 - 298
122ILEILEPHEPHEDD3 - 2983 - 298
222ILEILEPHEPHEHH3 - 2983 - 298
123ILEILEPHEPHEEE3 - 2983 - 298
223ILEILEPHEPHEFF3 - 2983 - 298
124ILEILETHRTHREE3 - 2993 - 299
224ILEILETHRTHRGG3 - 2993 - 299
125ILEILETHRTHREE3 - 2993 - 299
225ILEILETHRTHRHH3 - 2993 - 299
126THRTHRPHEPHEFF2 - 2982 - 298
226THRTHRPHEPHEGG2 - 2982 - 298
127ILEILEPHEPHEFF3 - 2983 - 298
227ILEILEPHEPHEHH3 - 2983 - 298
128ILEILETHRTHRGG3 - 2993 - 299
228ILEILETHRTHRHH3 - 2993 - 299

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28

-
要素

#1: タンパク質
Haloalkane dehalogenase 1 / Haloalkane Dehalogenase DpaA


分子量: 34527.328 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paraglaciecola agarilytica NO2 (バクテリア)
遺伝子: dhmA1, GAGA_3124 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: K6XNL5, haloalkane dehalogenase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2008 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.31 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Na HEPES, 4% w/v PEG 400, 2 M (NH4)2SO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→47.44 Å / Num. obs: 191831 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1.79 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.0179 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 59344 / CC1/2: 0.601 / Rrim(I) all: 0.0161 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2xt0

2xt0


解像度: 2→47.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.03 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20586 9496 4.9 %RANDOM
Rwork0.17649 ---
obs0.17798 182376 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.229 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.25 Å20 Å2
3----0.18 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→47.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18745 0 18 2008 20771
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.01919269
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0217587
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7691.95726149
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.875340893
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.12752395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.80324.839899
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.557153181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.6431580
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.22808
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02121591
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0170.023917
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.292.6669562
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.292.6659561
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1193.98811945
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.1193.98911946
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4542.8169707
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.4532.8169708
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.3534.1614199
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.24232.1722958
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.03831.79322267
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A192960.1
12B192960.1
21A194000.1
22C194000.1
31A193520.09
32D193520.09
41A192780.1
42E192780.1
51A193240.1
52F193240.1
61A194140.09
62G194140.09
71A197520.08
72H197520.08
81B192460.1
82C192460.1
91B191000.1
92D191000.1
101B196720.08
102E196720.08
111B190760.1
112F190760.1
121B193740.09
122G193740.09
131B190920.1
132H190920.1
141C193580.09
142D193580.09
151C193240.1
152E193240.1
161C193300.1
162F193300.1
171C197940.08
172G197940.08
181C191940.1
182H191940.1
191D192160.09
192E192160.09
201D197800.06
202F197800.06
211D193500.08
212G193500.08
221D192600.09
222H192600.09
231E192480.09
232F192480.09
241E194260.09
242G194260.09
251E192000.1
252H192000.1
261F193140.09
262G193140.09
271F192700.1
272H192700.1
281G192800.1
282H192800.1
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.118 673 -
Rwork0.088 13173 -
obs--98.07 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る