+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6b7k | |||||||||
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Title | GH43 Endo-Arabinanase from Bacillus licheniformis | |||||||||
Components | Endo-alpha-(1->5)-L-arabinanase | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / Arabinanase / Bacillus licheniformis / GH43 | |||||||||
Function / homology | Function and homology information arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinanase / arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase activity / arabinan catabolic process Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Bacillus licheniformis (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.55 Å | |||||||||
Authors | Farro, E.G.S. / Nascimento, A.S. | |||||||||
Funding support | Brazil, 2items
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Citation | Journal: Int. J. Biol. Macromol. / Year: 2018 Title: GH43 endo-arabinanase from Bacillus licheniformis: Structure, activity and unexpected synergistic effect on cellulose enzymatic hydrolysis. Authors: Farro, E.G.S. / Leite, A.E.T. / Silva, I.A. / Filgueiras, J.G. / de Azevedo, E.R. / Polikarpov, I. / Nascimento, A.S. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6b7k.cif.gz | 463 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6b7k.ent.gz | 384 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6b7k.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/6b7k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/6b7k | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1uv4S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 33499.984 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus licheniformis (strain ATCC 14580 / DSM 13 / JCM 2505 / NBRC 12200 / NCIMB 9375 / NRRL NRS-1264 / Gibson 46) (bacteria) Strain: ATCC 14580 / DSM 13 / JCM 2505 / NBRC 12200 / NCIMB 9375 / NRRL NRS-1264 / Gibson 46 Gene: abnA, BL00353 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: Q65GB9, arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinanase #2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.07 Å3/Da / Density % sol: 40.59 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.05 Details: 0.1 mM HEPES pH 7.05, 10% PEG 4000 (w/v), 5% 2-propanol (v/v) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Nov 20, 2014 / Details: Mirror |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.55→46.74 Å / Num. obs: 27463 / % possible obs: 77.3 % / Redundancy: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 37.388 Å2 / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 7.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.55→2.66 Å / Redundancy: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.324 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3271 / CC1/2: 0.756 / Rpim(I) all: 0.322 / Rrim(I) all: 0.457 / % possible all: 75.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1UV4 Resolution: 2.55→44.518 Å / SU ML: 0.39 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 32.26
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.55→44.518 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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