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万見
- PDB-7aum: Yeast Diphosphoinositol Polyphosphate Phosphohydrolase DDP1 in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7aum
タイトルYeast Diphosphoinositol Polyphosphate Phosphohydrolase DDP1 in complex with 5-PCF2Am-InsP5
要素Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase DDP1
キーワードHYDROLASE / Inositol / PP-InsP / Pyrophosphatase / Polyphosphate / Diadenosine polyphosphate / DDP1 / Nudix
機能・相同性
機能・相同性情報


diadenosine hexaphosphate hydrolase (AMP-forming) / Synthesis of pyrophosphates in the cytosol / polyphosphate catabolic process / endopolyphosphatase / diadenosine polyphosphate catabolic process / bis(5'-adenosyl)-hexaphosphatase activity / diadenosine pentaphosphate catabolic process / diadenosine hexaphosphate catabolic process / adenosine 5'-(hexahydrogen pentaphosphate) catabolic process / endopolyphosphatase activity ...diadenosine hexaphosphate hydrolase (AMP-forming) / Synthesis of pyrophosphates in the cytosol / polyphosphate catabolic process / endopolyphosphatase / diadenosine polyphosphate catabolic process / bis(5'-adenosyl)-hexaphosphatase activity / diadenosine pentaphosphate catabolic process / diadenosine hexaphosphate catabolic process / adenosine 5'-(hexahydrogen pentaphosphate) catabolic process / endopolyphosphatase activity / diphosphoinositol polyphosphate metabolic process / diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase activity / bis(5'-adenosyl)-pentaphosphatase activity / phosphodiesterase decapping endonuclease activity / diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KDJ / Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase DDP1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Marquez-Monino, M.A. / Gonzalez, B.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2017-89913-P スペイン
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Multiple substrate recognition by yeast diadenosine and diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase through phosphate clamping.
著者: Marquez-Monino, M.A. / Ortega-Garcia, R. / Shipton, M.L. / Franco-Echevarria, E. / Riley, A.M. / Sanz-Aparicio, J. / Potter, B.V.L. / Gonzalez, B.
履歴
登録2020年11月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase DDP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5502
ポリマ－21,8131
非ポリマー7371
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.809, 61.809, 95.474
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-324-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase DDP1 / Diadenosine 5' / 5'''-P1 / P6-hexaphosphate hydrolase / Ap6A hydrolase / Diadenosine and ...Diadenosine 5' / 5'''-P1 / P6-hexaphosphate hydrolase / Ap6A hydrolase / Diadenosine and diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1 / Diadenosine hexaphosphate hydrolase (AMP-forming)


分子量: 21812.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: GGS is a rest of purification linker, protein starts in MGK.
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: DDP1, YOR163W, O3575 / プラスミド: pKLSLt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rossetta2(DE3)
参照: UniProt: Q99321, diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase, diadenosine hexaphosphate hydrolase (AMP-forming)
#2: 化合物 ChemComp-KDJ / (1,1-difluoro-2-oxo-2-{[(1s,2R,3S,4s,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentakis(phosphonooxy)cyclohexyl]amino}ethyl)phosphonic acid


分子量: 737.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19F2NO24P6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.16 % / 解説: Bypiramid
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 27% PEG 3350, 0.1 M Sodium acetate pH 4.5, 0.1 M NaCl. Protein:precipitant ratio 2:1. Protein buffer: 20 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 10 mM 5-PCF2Am-InsP5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月19日 / 詳細: KB focusing mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) channel-cut, cryocooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→47.74 Å / Num. obs: 13380 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.7 % / Biso Wilson estimate: 40.539 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.018 / Net I/σ(I): 23.3
反射 シェル解像度: 2.07→2.13 Å / 冗長度: 19.8 % / Rmerge(I) obs: 0.672 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique obs: 1025 / CC1/2: 0.945 / Rpim(I) all: 0.156 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
REFMAC位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 7AUI

7aui


解像度: 2.07→46.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 14.57 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2376 670 5 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.2247 12678 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 179.36 Å2 / Biso mean: 67.143 Å2 / Biso min: 37.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.07→46.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1359 0 41 33 1433
Biso mean--133.93 55.7 -
残基数----167
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0131441
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171352
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4041.6761958
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1541.5913137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5275168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.23521.97581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.85515267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1371512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2185
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021571
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02313
LS精密化 シェル解像度: 2.07→2.124 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 52 -
Rwork0.328 912 -
all-964 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.197 Å / Origin y: -21.7035 Å / Origin z: -2.2294 Å
111213212223313233
T0.5322 Å2-0.3024 Å20.0291 Å2-0.2382 Å2-0.0056 Å2--0.133 Å2
L1.8803 °20.6465 °20.6545 °2-1.2372 °2-0.3895 °2--1.137 °2
S0.4264 Å °-0.1338 Å °0.1335 Å °0.4698 Å °-0.3413 Å °0.079 Å °0.1818 Å °-0.1239 Å °-0.0851 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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