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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7auf
タイトルanammox-specific acyl carrier protein from Kuenenia stuttgartiensis; normal refinement
要素Similar to acyl carrier protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / acyl carrier protein / ladderanes / anammox / fatty acid biosynthesis
機能・相同性Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Putative acyl carrier protein
機能・相同性情報
生物種Kuenenia stuttgartiensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Dietl, A. / Barends, T.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)724362European Union
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2022
タイトル: Dynamics in an unusual acyl carrier protein from a ladderane lipid-synthesizing organism.
著者: Dietl, A. / Barends, T.R.M.
履歴
登録2020年11月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Similar to acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1908
ポリマ－10,7321
非ポリマー4587
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area570 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area5590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.810, 76.810, 30.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64
Space group name HallP64
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+2/3
#3: y,-x+y,z+1/3
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 Similar to acyl carrier protein


分子量: 10732.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kuenenia stuttgartiensis (バクテリア)
遺伝子: acpP, acpP_2, KSMBR1_3472, kuste3603 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1Q2X6
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 28% (v/v) PEG 400, 200 mM calcium acetate, 100 mM sodium acetate pH 4.5 and 10 mM zinc chloride.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→38.4 Å / Num. obs: 13924 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 32.33 Å2 / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 1.76→1.9 Å / Num. unique obs: 1123 / Rpim(I) all: 0.652

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.76→38.4 Å / SU ML: 0.2295 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 39.7904 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2862 689 4.96 %
Rwork0.2301 13208 -
obs0.2327 13897 68.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 57.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→38.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数701 0 7 36 744
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0124707
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3943953
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0562118
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0077120
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.0755440
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.76-1.890.393360.3986715X-RAY DIFFRACTION18.46
1.89-2.080.28411080.3072015X-RAY DIFFRACTION52.03
2.08-2.380.35091470.26642937X-RAY DIFFRACTION75.7
2.38-30.29451980.26093730X-RAY DIFFRACTION96.77
3-38.40.27032000.20223811X-RAY DIFFRACTION98.28
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.25345848326 Å / Origin y: 27.6610982052 Å / Origin z: 0.822406768215 Å
111213212223313233
T0.254443042875 Å2-0.0100709120267 Å2-0.111680895445 Å2-0.225067758958 Å20.0582636276123 Å2--0.314788721675 Å2
L0.391870679738 °20.160297669634 °20.0701918728789 °2-0.37883655139 °20.0507284419447 °2--0.709421263395 °2
S0.302095429098 Å °-0.0822827851409 Å °-0.765783462731 Å °-0.0703323484211 Å °-0.110191215258 Å °0.187812315044 Å °0.00343463755457 Å °-0.0996131258078 Å °0.165871867394 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain 'A' and resid 2 through 91)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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