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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7auf | ||||||
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タイトル | anammox-specific acyl carrier protein from Kuenenia stuttgartiensis; normal refinement | ||||||
![]() | Similar to acyl carrier protein | ||||||
![]() | LIPID BINDING PROTEIN / acyl carrier protein / ladderanes / anammox / fatty acid biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Putative acyl carrier protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dietl, A. / Barends, T. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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![]() | ![]() タイトル: Dynamics in an unusual acyl carrier protein from a ladderane lipid-synthesizing organism. 著者: Dietl, A. / Barends, T.R.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 77.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 49.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 306.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 307.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10732.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: acpP, acpP_2, KSMBR1_3472, kuste3603 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.83 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 28% (v/v) PEG 400, 200 mM calcium acetate, 100 mM sodium acetate pH 4.5 and 10 mM zinc chloride. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.76→38.4 Å / Num. obs: 13924 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 32.33 Å2 / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 16.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.76→1.9 Å / Num. unique obs: 1123 / Rpim(I) all: 0.652 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 57.52 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.76→38.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 3.25345848326 Å / Origin y: 27.6610982052 Å / Origin z: 0.822406768215 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: (chain 'A' and resid 2 through 91) |