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- PDB-7aom: Structure of NUDT15 in complex with Ganciclovir triphosphate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7aom
タイトルStructure of NUDT15 in complex with Ganciclovir triphosphate
要素Nucleotide triphosphate diphosphatase NUDT15
キーワードHYDROLASE / NUDIX hydrolase / antiviral
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside phosphate catabolic process / purine nucleotide catabolic process / nucleotide diphosphatase / nucleobase-containing small molecule metabolic process / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / 8-oxo-dGDP phosphatase activity / dGTP catabolic process / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / DNA protection ...nucleoside phosphate catabolic process / purine nucleotide catabolic process / nucleotide diphosphatase / nucleobase-containing small molecule metabolic process / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / 8-oxo-dGDP phosphatase activity / dGTP catabolic process / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / DNA protection / Phosphate bond hydrolysis by NUDT proteins / Azathioprine ADME / xenobiotic catabolic process / regulation of proteasomal protein catabolic process / response to reactive oxygen species / mitotic cell cycle / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ganciclovir triphosphate / Nucleotide triphosphate diphosphatase NUDT15
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Rehling, D. / Zhang, S.M. / Helleday, T. / Stenmark, P.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2021
タイトル: NUDT15-mediated hydrolysis limits the efficacy of anti-HCMV drug ganciclovir.
著者: Zhang, S.M. / Rehling, D. / Jemth, A.S. / Throup, A. / Landazuri, N. / Almlof, I. / Gottmann, M. / Valerie, N.C.K. / Borhade, S.R. / Wakchaure, P. / Page, B.D.G. / Desroses, M. / Homan, E.J. ...著者: Zhang, S.M. / Rehling, D. / Jemth, A.S. / Throup, A. / Landazuri, N. / Almlof, I. / Gottmann, M. / Valerie, N.C.K. / Borhade, S.R. / Wakchaure, P. / Page, B.D.G. / Desroses, M. / Homan, E.J. / Scobie, M. / Rudd, S.G. / Berglund, U.W. / Soderberg-Naucler, C. / Stenmark, P. / Helleday, T.
履歴
登録2020年10月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22021年12月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32022年12月21日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_name_com / entity_src_gen
Item: _citation.page_last / _entity.pdbx_description ..._citation.page_last / _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.gene_src_common_name
改定 1.42024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleotide triphosphate diphosphatase NUDT15
B: Nucleotide triphosphate diphosphatase NUDT15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3096
ポリマ－37,2702
非ポリマー1,0394
水3,873215
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3310 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area13270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.243, 49.532, 135.032
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 11 through 75 or resid 77 through 164 or resid 201))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 11 through 75 or resid 77 through 164 or resid 201))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ARGVALAA11 - 751 - 65
d_12PHELEUAA77 - 16468 - 155
d_13GCTGCTAB201
d_21ARGVALBC11 - 751 - 65
d_22PHELEUBC77 - 16468 - 155
d_23GCTGCTBD201

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.14557614524, -0.978208803023, -0.148037575045), (-0.974952818709, -0.167274594542, 0.146581756407), (-0.168150489823, 0.122990844005, -0.978058620464)ベクター: - ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.14557614524, -0.978208803023, -0.148037575045), (-0.974952818709, -0.167274594542, 0.146581756407), (-0.168150489823, 0.122990844005, -0.978058620464)
ベクター: -31.7293655951, -42.3354230028, 31.9785529047)

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要素

#1: タンパク質 Nucleotide triphosphate diphosphatase NUDT15 / MutT homolog 2 / MTH2 / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 15 / Nudix motif 15 / ...MutT homolog 2 / MTH2 / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 15 / Nudix motif 15 / Nucleoside diphosphate-linked to another moiety X hydrolase 15 / Nudix hydrolase 15


分子量: 18635.002 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT15, MTH2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NV35, nucleotide diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-RQ2 / Ganciclovir triphosphate / [[(2~{R})-2-[(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)methoxy]-3-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate / 2-O-[2-アミノ-6(1H)-オキソ-9H-プリン-9-イルメチル]-L-グリセロ-ル3-三りん酸


分子量: 495.170 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.71 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Tris pH 8.5, 0.2M sodium acetate, 34% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→46.5 Å / Num. obs: 23223 / % possible obs: 99.49 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 25.53 Å2 / CC1/2: 0.972 / CC star: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.1735 / Rrim(I) all: 0.1812 / Net I/av σ(I): 7.66 / Net I/σ(I): 7.66
反射 シェル解像度: 1.95→2.022 Å / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.7252 / Mean I/σ(I) obs: 0.75 / Num. unique obs: 2217 / CC1/2: 0.873 / CC star: 0.966 / Rrim(I) all: 0.7554 / % possible all: 96.89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
DIALS3.0.0データ削減
DIALS3.0.0データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LPG

5lpg


解像度: 1.95→46.5 Å / SU ML: 0.2214 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.3155
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2234 1208 5.21 %
Rwork0.2036 21986 -
obs0.2047 23194 99.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→46.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2482 0 62 215 2759
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01642644
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0883604
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0975358
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0056462
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0545950
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.697906181428 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-2.030.32451270.26742325X-RAY DIFFRACTION97.15
2.03-2.120.26561390.24752409X-RAY DIFFRACTION99.77
2.12-2.230.25591340.24272416X-RAY DIFFRACTION99.8
2.23-2.370.24551310.23432417X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.560.26031260.22262427X-RAY DIFFRACTION99.73
2.56-2.820.20351170.23892439X-RAY DIFFRACTION99.19
2.82-3.220.24351390.21912464X-RAY DIFFRACTION100
3.22-4.060.18471340.17342475X-RAY DIFFRACTION99.89
4.06-46.50.20531610.16662614X-RAY DIFFRACTION99.86
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.533066493721.153630493030.8971907853111.403134514380.1285700165391.49160651787-0.05679973970940.140025317846-0.104916095184-0.09797762319360.0868971641316-0.252565227892-0.2117724544660.285872022675-0.004400665080280.1926114099610.02329421174210.03380069111440.1488646710250.003236244044960.199245294315-8.54178501388-11.593833488221.2624230565
21.292941161840.3661935047170.09693306843510.549275178225-0.01319354923660.484458596364-0.0868462691643-0.03119952313050.0545527740698-0.2732504239070.205078509846-0.221526092304-0.385859248660.3765509876840.0002781287569980.382207803283-0.04359423603190.06295195767880.254050652713-0.00678067764820.269314324842-3.80343907986-3.3238295889118.7819341856
30.7915165228470.3823206296970.3565986783532.331009715682.156170777632.478155995-0.271472078706-0.09013965451980.203565033257-0.4271309412450.2449403874290.203706468127-0.8595960738180.08186795644110.1563400520930.4293674718410.0886043855578-0.02323545394520.1552468052040.0263687955640.254942007189-20.4083931285-8.0109033681812.6849520496
40.9468086690931.054945333030.9272426744581.970210976971.855909694753.181270633590.158022546947-0.283418431691-0.273206315853-0.04509222259990.0640936855682-0.1784897361640.313580644067-0.8481768650620.04006205674470.1521763360870.00972115712667-0.02315156492780.2178139996340.0748953724520.226775654525-24.5462216947-28.941701978311.4992604115
51.09671467863-0.356447941540.01635425517351.50487796901-0.4047300336451.416260253790.692117375466-0.837547834989-0.194712777953-0.0817781392492-0.258260128670.2488511909590.831443753357-1.36891031620.3870338989670.325580411895-0.260656444882-0.1204794199990.6622776917150.1578561398810.296613424063-33.7547917627-35.85487393119.73507209955
62.345658507851.220278603722.326513820532.802623590552.803208588813.453041329560.484327375978-0.846481817157-0.04688032134240.616407546274-0.48939566610.2994223421050.242182474648-1.919587297850.4914883405340.06871873956560.08922404178140.0859913078780.6829163144160.04299396962320.230689934534-28.1219964402-23.045957410622.4043711601
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain A and resid 11:104)AA11 - 1041 - 95
22(chain A and resid 105:140)AA105 - 14096 - 131
33(chain A and resid 141:164)AA141 - 164132 - 155
44(chain B and resid 11:102)BC11 - 1021 - 93
55(chain B and resid 103:131)BC103 - 13194 - 122
66(chain B and resid 132:164)BC132 - 164123 - 155

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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