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- PDB-7alo: Structure of B*27:09/photoRL9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7alo
タイトルStructure of B*27:09/photoRL9
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Lymphocyte antigen HLA-B27
  • Vasoactive intestinal polypeptide receptor 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC (MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX)
機能・相同性
機能・相同性情報


pituitary adenylate cyclase-activating polypeptide receptor activity / vasoactive intestinal polypeptide receptor activity / G protein-coupled peptide receptor activity / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / peptide hormone binding / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions ...pituitary adenylate cyclase-activating polypeptide receptor activity / vasoactive intestinal polypeptide receptor activity / G protein-coupled peptide receptor activity / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / peptide hormone binding / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / Glucagon-type ligand receptors / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / G alpha (s) signalling events / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, vasoactive intestinal peptide receptor 1 / GPCR, family 2, vasoactive intestinal peptide receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. ...GPCR, family 2, vasoactive intestinal peptide receptor 1 / GPCR, family 2, vasoactive intestinal peptide receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Lymphocyte antigen HLA-B27 / Vasoactive intestinal polypeptide receptor 1 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Loll, B. / Lan, H. / Freund, C.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)1325/17-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)TRR186 A21N ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Exchange catalysis by tapasin exploits conserved and allele-specific features of MHC-I molecules.
著者: Lan, H. / Abualrous, E.T. / Sticht, J. / Fernandez, L.M.A. / Werk, T. / Weise, C. / Ballaschk, M. / Schmieder, P. / Loll, B. / Freund, C.
履歴
登録2020年10月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / reflns / reflns_shell / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _reflns.number_obs / _reflns_shell.number_unique_obs / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年1月31日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lymphocyte antigen HLA-B27
B: Beta-2-microglobulin
C: Vasoactive intestinal polypeptide receptor 1
D: Lymphocyte antigen HLA-B27
E: Beta-2-microglobulin
F: Vasoactive intestinal polypeptide receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,25323
ポリマ－94,4096
非ポリマー1,84417
水9,494527
1
A: Lymphocyte antigen HLA-B27
B: Beta-2-microglobulin
C: Vasoactive intestinal polypeptide receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,17511
ポリマ－47,2043
非ポリマー9718
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6600 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area19240 Å2
手法PISA
2
D: Lymphocyte antigen HLA-B27
E: Beta-2-microglobulin
F: Vasoactive intestinal polypeptide receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,07712
ポリマ－47,2043
非ポリマー8739
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6580 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area19500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.200, 69.610, 82.540
Angle α, β, γ (deg.)80.240, 88.362, 89.877
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 Lymphocyte antigen HLA-B27 / MHC class I antigen


分子量: 33871.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2R7Z5J3
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CF

#3: タンパク質・ペプチド Vasoactive intestinal polypeptide receptor 1 / VIP-R-1 / Pituitary adenylate cyclase-activating polypeptide type II receptor / PACAP type II ...VIP-R-1 / Pituitary adenylate cyclase-activating polypeptide type II receptor / PACAP type II receptor / PACAP-R-2 / PACAP-R2 / VPAC1


分子量: 1453.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: peptide derived from the vasoactive intestinal polypeptide receptor 1 modified at position 8 of the peptide
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P32241

-
非ポリマー , 6種, 544分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 527 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.59 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 20% (w/v) polyethylene glycol 3350, and 200 mM KSCN

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 89225 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 25.52 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.198 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.92 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.06 / Num. unique obs: 15619 / CC1/2: 0.45 / Rrim(I) all: 1.619 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660+SVN精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IB5

5ib5


解像度: 1.8→40.66 Å / SU ML: 0.2669 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 28.1879
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2659 4452 4.99 %
Rwork0.2234 84749 -
obs0.2256 89201 97.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→40.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6374 0 121 527 7022
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00557016
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04379539
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0677947
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00722095
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.38342654
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.820.39481400.382716X-RAY DIFFRACTION94.01
1.82-1.840.35791480.32082815X-RAY DIFFRACTION96.93
1.84-1.860.35441520.30592835X-RAY DIFFRACTION97.84
1.86-1.890.33141490.29732901X-RAY DIFFRACTION97.63
1.89-1.910.3241490.28272757X-RAY DIFFRACTION97.29
1.91-1.940.30181510.26412877X-RAY DIFFRACTION97.52
1.94-1.970.33311480.26382866X-RAY DIFFRACTION97.73
1.97-20.2781480.24672774X-RAY DIFFRACTION97.63
2-2.030.30911530.24062870X-RAY DIFFRACTION97.45
2.03-2.060.27331490.23482890X-RAY DIFFRACTION97.72
2.06-2.10.28871430.23372770X-RAY DIFFRACTION97.75
2.1-2.130.28721500.23462842X-RAY DIFFRACTION97.02
2.13-2.170.29661450.23092781X-RAY DIFFRACTION94.33
2.17-2.220.25521500.22052788X-RAY DIFFRACTION97.61
2.22-2.270.26631510.20992881X-RAY DIFFRACTION98
2.27-2.320.29611520.20992845X-RAY DIFFRACTION97.88
2.32-2.380.27041520.21332893X-RAY DIFFRACTION97.88
2.38-2.440.27841480.2142793X-RAY DIFFRACTION97.26
2.44-2.510.2731540.20612886X-RAY DIFFRACTION98
2.51-2.60.22461490.20292822X-RAY DIFFRACTION97.99
2.6-2.690.25141470.21272835X-RAY DIFFRACTION97.77
2.69-2.80.26231470.21292778X-RAY DIFFRACTION95.49
2.8-2.920.25461480.21372842X-RAY DIFFRACTION97.17
2.92-3.080.25541510.20762871X-RAY DIFFRACTION98.12
3.08-3.270.21461490.22382826X-RAY DIFFRACTION97.73
3.27-3.520.28571500.22662834X-RAY DIFFRACTION97.45
3.52-3.880.26071440.2072795X-RAY DIFFRACTION96.01
3.88-4.440.22481440.21422752X-RAY DIFFRACTION94.3
4.44-5.590.25871450.2092840X-RAY DIFFRACTION97.52
5.59-40.660.26551460.22522774X-RAY DIFFRACTION95.14
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.502262579-0.03270530837380.6723041141651.92515426951-0.482326224540.877865488052-0.0283944015302-0.115550072038-0.0570514601823-0.0308585415408-0.0172990253325-0.165010247453-0.05711956960350.06756321399590.01270150465870.123319025013-0.01938285182810.03004378549990.1510331244250.01204322490450.244309732968-0.455570181023-4.9182907777127.4252974968
21.860506012590.1645666945960.02259466621662.9766369127-0.5634346654071.273595070480.1107853456790.2540389225410.0525625519103-0.412784382395-0.1480161261820.09553516806950.005868413618270.1330019477140.0008780060367290.2173164020630.000175021847384-0.01015051483890.2183158135990.02577245716880.19054824446-6.159086586692.9202600361313.7740132371
30.7669462827321.12010037229-0.007767805196553.28847276317-0.0791654563883-0.257215071774-0.1470181657580.1298529105890.0221951443084-0.6967395001420.174626290028-0.307167136190.08520636806750.0675741825213-0.01395411678240.399835187955-0.007216846607850.0584524755280.253042426554-0.01756239154640.376414144710.457110478428-34.472435201915.6649890833
43.6351586641-1.42612655429-0.1029032245924.0592250726-1.235789199183.69650368037-0.1408811984660.2161807987380.06803844362530.1244560997120.2879698463210.161604297472-0.0437431408018-0.322990276185-0.1868665396560.120962784219-0.04260531091450.007668069511850.1436064986840.01949101534550.242581625473-12.9077301695-23.35876023427.1027464705
50.71572263854-1.03761023837-0.1375761709633.27068503275-1.268222388751.50150087112-0.2588543314-0.406030670761-0.3823255441980.0645552443875-0.113106365189-0.636458919650.5839647679640.9040829157910.1462444248730.1703809913140.2878892908730.1061960117990.1838782897510.09040024769360.5493527532564.52633523642-39.99285140634.1541477874
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 118 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 119 through 162 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 163 through 276 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 11 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 12 through 19 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 20 through 30 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 31 through 41 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 42 through 46 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 47 through 51 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 52 through 71 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 72 through 90 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 91 through 99 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 1 through 9 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 1 through 162 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 163 through 276 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 1 through 11 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 12 through 46 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 47 through 71 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 72 through 99 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 1 through 9 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る