PDB-7ajr: Virtual screening approach leading to the identification of a nov...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ajr

タイトル

Virtual screening approach leading to the identification of a novel and tractable series of Pseudomonas aeruginosa elastase inhibitors

要素

Keratinase KP2

キーワード

HYDROLASE / Pseudomonas aeruginosa / elastase / inhibitors

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Leiris, S. / Davies, D.T. / Sprinsky, N. / Castandet, J. / Behria, L. / Bodnarchuk, M.S. / Sutton, J.M. / Mullins, T.M.G. / Jones, M.W. / Forrest, A.K. ...

引用

ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2021
タイトル: Virtual Screening Approach to Identifying a Novel and Tractable Series of Pseudomonas aeruginosa Elastase Inhibitors.
著者: Leiris, S. / Davies, D.T. / Sprynski, N. / Castandet, J. / Beyria, L. / Bodnarchuk, M.S. / Sutton, J.M. / Mullins, T.M.G. / Jones, M.W. / Forrest, A.K. / Pallin, T.D. / Karunakar, P. / ...

履歴

登録	2020年9月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ajr.cif.gz	121.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ajr.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ajr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ajr_validation.pdf.gz	780 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ajr_full_validation.pdf.gz	781.4 KB	表示
XML形式データ	7ajr_validation.xml.gz	13.7 KB	表示
CIF形式データ	7ajr_validation.cif.gz	19.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/7ajr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/7ajr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ezmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1u4g-d 3dbk-d 4k89-d 4y95-2 5t3u-1 7ayh-d 6f8b-d 3og7-1 4zme-1 4goo-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Keratinase KP2

ヘテロ分子

33.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.122, 51.260, 120.708
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Keratinase KP2 分子量: 33175.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Elastase domain / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 参照: UniProt: E3ULB4, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#2: 化合物	ChemComp-RJB / 2-[2-(1,3-benzothiazol-2-ylmethylcarbamoyl)-1,3-dihydroinden-2-yl]ethanoic acid 分子量: 366.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₈N₂O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MOPS pH 6.5 and 1.5M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97717 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97717 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→47.226 Å / Num. obs: 28269 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.2 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 6.2 % / Num. unique obs: 1500 / CC_1/2: 0.591 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1EZM

1ezm

解像度: 1.75→47.226 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.13 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2399	1425	5.051 %
R_work	0.2083	26788	-
all	0.21	-	-
obs	-	28213	99.254 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.918 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.698 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.276 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.422 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→47.226 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2296	0	32	134	2462

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	2400
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.037	0.017	2010
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.456	1.628	3262
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.442	1.569	4652
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.105	5	299
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.301	22.03	133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.817	5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.876	15	337
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.675	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	293
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2806
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.01	0.02	569
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	536
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.216	0.2	1839
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	1240
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.067	0.2	998
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	118
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.268	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.066	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.136	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.184	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.209	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.91	1.597	1196
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.877	1.595	1195
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.7	2.4	1495
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.699	2.403	1496
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.184	1.934	1204
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.182	1.927	1201
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.84	2.779	1767
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.84	2.767	1762
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.575	19.819	2849
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.569	19.705	2837

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.795	0.476	108	0.476	1911	X-RAY DIFFRACTION	97.8672
1.795-1.845	0.536	106	0.493	1895	X-RAY DIFFRACTION	98.7173
1.845-1.898	0.397	98	0.397	1833	X-RAY DIFFRACTION	99.2292
1.898-1.956	0.379	75	0.339	1801	X-RAY DIFFRACTION	98.9974
1.956-2.021	0.288	93	0.229	1739	X-RAY DIFFRACTION	99.1879
2.021-2.092	0.234	96	0.215	1690	X-RAY DIFFRACTION	99.8881
2.092-2.17	0.264	86	0.219	1643	X-RAY DIFFRACTION	99.6542
2.17-2.259	0.212	77	0.212	1589	X-RAY DIFFRACTION	99.7008
2.259-2.359	0.186	77	0.186	1520	X-RAY DIFFRACTION	99.6879
2.359-2.475	0.253	79	0.184	1460	X-RAY DIFFRACTION	99.7408
2.475-2.608	0.214	70	0.176	1398	X-RAY DIFFRACTION	99.5929
2.608-2.766	0.22	73	0.171	1294	X-RAY DIFFRACTION	99.6356
2.766-2.957	0.213	72	0.17	1246	X-RAY DIFFRACTION	99.6221
2.957-3.194	0.235	47	0.167	1183	X-RAY DIFFRACTION	99.7567
3.194-3.499	0.204	62	0.15	1055	X-RAY DIFFRACTION	99.4657
3.499-3.911	0.165	64	0.148	967	X-RAY DIFFRACTION	99.3256
3.911-4.516	0.197	55	0.167	860	X-RAY DIFFRACTION	98.9189
4.516-5.529	0.222	35	0.18	752	X-RAY DIFFRACTION	98.9937
5.529-7.81	0.266	35	0.196	587	X-RAY DIFFRACTION	99.52
7.81-47.226	0.232	17	0.216	365	X-RAY DIFFRACTION	99.2208

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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