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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7aid | ||||||
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タイトル | HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEX WITH DNA AND D-ASPARTATE TENOFOVIR | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE / reverse transcriptase RT inhibitor complex tenofovir analog RT-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / viral translational frameshifting / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å | ||||||
データ登録者 | Gu, W. / Martinez, S.E. / Nguyen, H. / Xu, H. / Herdewijn, P. / de Jonghe, S. / Das, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021 タイトル: Tenofovir-Amino Acid Conjugates Act as Polymerase Substrates-Implications for Avoiding Cellular Phosphorylation in the Discovery of Nucleotide Analogues. 著者: Gu, W. / Martinez, S. / Nguyen, H. / Xu, H. / Herdewijn, P. / De Jonghe, S. / Das, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7aid.cif.gz | 559 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7aid.ent.gz | 362 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7aid.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7aid_validation.pdf.gz | 820.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7aid_full_validation.pdf.gz | 840.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7aid_validation.xml.gz | 67.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7aid_validation.cif.gz | 90.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/7aid ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/7aid | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 64022.414 Da / 分子数: 2 / 変異: Q258C, C280S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P03366, HIV-1 retropepsin, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; ...参照: UniProt: P03366, HIV-1 retropepsin, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 #2: タンパク質 | 分子量: 50039.488 Da / 分子数: 2 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P03366, HIV-1 retropepsin, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; ...参照: UniProt: P03366, HIV-1 retropepsin, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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-DNA鎖 , 2種, 4分子 TEPF
#3: DNA鎖 | 分子量: 8383.385 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス) #4: DNA鎖 | 分子量: 6474.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
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-非ポリマー , 2種, 62分子
#5: 化合物 | ChemComp-REK / |
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#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.5 % 解説: long parallelogram with width greater than thickness |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 16-19.5% v/v PEG Smear Broad, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl PH範囲: pH 8.3 - 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9762 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.15→53.37 Å / Num. obs: 56199 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 87.72 Å2 / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.194 / Rpim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 5.4 |
反射 シェル | 解像度: 3.15→3.24 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 1.684 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4634 / CC1/2: 0.289 / Rpim(I) all: 0.9 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3V4I 解像度: 3.15→53.37 Å / SU ML: 0.4889 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.8263 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 106.71 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.15→53.37 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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