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- PDB-7ahb: Acyltransferase domain of the polyketide synthase PpsC of Mycobac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ahb
タイトルAcyltransferase domain of the polyketide synthase PpsC of Mycobacterium tuberculosis
要素Phthiocerol synthesis polyketide synthase type I PpsC
キーワードTRANSFERASE / polyketide synthase / PpsC / acyltransferase / Mycobacterium turberculosis
機能・相同性
機能・相同性情報


(phenol)carboxyphthiodiolenone synthase / phthiocerol biosynthetic process / phenolic phthiocerol biosynthetic process / polyketide synthase complex / Actinobacterium-type cell wall biogenesis / DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process ...(phenol)carboxyphthiodiolenone synthase / phthiocerol biosynthetic process / phenolic phthiocerol biosynthetic process / polyketide synthase complex / Actinobacterium-type cell wall biogenesis / DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / oxidoreductase activity / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Zinc-binding dehydrogenase / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / : ...Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Zinc-binding dehydrogenase / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / GroES-like superfamily / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha-Beta Plaits / NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / Phenolphthiocerol/phthiocerol polyketide synthase subunit C
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Faille, A. / Mourey, L. / Pedelacq, J.D.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-09-BLAN-0298-01 フランス
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Molecular Basis for Extender Unit Specificity of Mycobacterial Polyketide Synthases.
著者: Grabowska, A.D. / Brison, Y. / Maveyraud, L. / Gavalda, S. / Faille, A. / Nahoum, V. / Bon, C. / Guilhot, C. / Pedelacq, J.D. / Chalut, C. / Mourey, L.
履歴
登録2020年9月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phthiocerol synthesis polyketide synthase type I PpsC
B: Phthiocerol synthesis polyketide synthase type I PpsC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,07531
ポリマ－75,5652
非ポリマー1,51029
水9,782543
1
A: Phthiocerol synthesis polyketide synthase type I PpsC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,64317
ポリマ－37,7831
非ポリマー86116
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法gel filtration
2
B: Phthiocerol synthesis polyketide synthase type I PpsC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,43114
ポリマ－37,7831
非ポリマー64913
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法gel filtration
単位格子
Length a, b, c (Å)51.374, 58.355, 65.857
Angle α, β, γ (deg.)65.839, 73.279, 71.019
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Phthiocerol synthesis polyketide synthase type I PpsC / Beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase I


分子量: 37782.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: ppsC, Rv2933 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P96202, (phenol)carboxyphthiodiolenone synthase

-
非ポリマー , 5種, 572分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 543 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.54 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 0.2 M sodium thiocyanate, 0.1M Tris pH 8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9334 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→48.12 Å / Num. obs: 49339 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 20.24 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 1.9→1.968 Å / Num. unique obs: 4913 / CC1/2: 0.81

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Coot0.8.9.2モデル構築
PHASER位相決定
PHENIX1.17.1_3660精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QO3

2qo3


解像度: 1.9→48.12 Å / SU ML: 0.2466 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 24.6561
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 3197 3.41 %
Rwork0.1878 90515 -
obs0.189 49328 91.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→48.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4863 0 79 543 5485
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00895039
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80086836
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0522783
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063902
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.30821799
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.930.41561360.31243853X-RAY DIFFRACTION89.56
1.93-1.960.28981340.27893800X-RAY DIFFRACTION89.09
1.96-1.990.30381340.26063850X-RAY DIFFRACTION89.25
1.99-2.020.27461370.24383878X-RAY DIFFRACTION89.9
2.02-2.060.27131310.23913842X-RAY DIFFRACTION89.28
2.06-2.10.28881310.22693861X-RAY DIFFRACTION90.24
2.1-2.140.28761440.21773834X-RAY DIFFRACTION89.19
2.14-2.190.21871370.20433923X-RAY DIFFRACTION90.62
2.19-2.240.26351380.20153875X-RAY DIFFRACTION89.94
2.24-2.30.23911400.1993901X-RAY DIFFRACTION91.26
2.3-2.360.23471440.18563949X-RAY DIFFRACTION90.51
2.36-2.430.20111380.18473858X-RAY DIFFRACTION90.74
2.43-2.510.26851390.18693903X-RAY DIFFRACTION91.41
2.51-2.60.22761320.19523906X-RAY DIFFRACTION91.9
2.6-2.70.29391410.19744034X-RAY DIFFRACTION92.45
2.7-2.820.28541410.21283969X-RAY DIFFRACTION93.28
2.82-2.970.23561420.19793998X-RAY DIFFRACTION93.12
2.97-3.160.23241480.18984046X-RAY DIFFRACTION92.95
3.16-3.40.21831380.17853980X-RAY DIFFRACTION93.25
3.4-3.750.19751430.15824079X-RAY DIFFRACTION94.71
3.75-4.290.1671440.14044068X-RAY DIFFRACTION94.44
4.29-5.40.13861420.14854069X-RAY DIFFRACTION95.27
5.4-48.120.19171430.17374039X-RAY DIFFRACTION93.77
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
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41.982935934990.541172786950.02261012561442.681732755610.6902827983841.126005225670.117708977817-0.1188638476220.08994068772530.0211060080112-0.0703354038921-0.115819099182-0.08466566977320.0600435614518-0.07375279005150.139368832073-0.02773577750050.0110347473720.1804214748880.05193436284070.16563775928513.3327145073-4.156510357814.93354420792
53.8425796798-1.258949675511.58248348912.67119068555-1.32088170564.317678446280.4591329630730.77078507586-0.565300814117-0.697764790651-0.2094753206080.3615596810530.42513238144-0.147449020698-0.2404595990070.3155616215620.0783057420361-0.08880061420870.387995300846-0.05601516478930.323651869418-25.3406351073-1.29191477079-25.390477631
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73.65938320984-0.501058881057-1.268597111371.10945806579-0.08749823527811.455785686840.1661955340190.3433891710460.264891679846-0.0808063208922-0.0902119802227-0.137718675626-0.05768112316390.0542963568594-0.07915805748350.1305528871640.00313786887796-0.01701630363750.2055890559920.04447248558750.157910551002-7.0369030748415.5003292963-14.5475074031
82.66296909921-0.5352577902810.4225421161112.904787771111.07342630421.928386013290.2092559784950.303259669177-0.20757945919-0.147309924584-0.079585244968-0.1609264316470.1528930256070.0913176307088-0.1307343293130.1537144434160.0360973468509-0.02637950736160.2059770692290.05036038191240.19983280532-10.95750905580.589927793897-14.0713202455
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 539 through 570 )A539 - 570
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 571 through 627 )A571 - 627
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 628 through 763 )A628 - 763
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 764 through 872 )A764 - 872
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 538 through 593 )B538 - 593
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 594 through 674 )B594 - 674
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 675 through 795 )B675 - 795
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 796 through 872 )B796 - 872

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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