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- PDB-7akc: Structure of the of AcylTransferase domain of phenolphthiocerol/p... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7akc | ||||||
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Title | Structure of the of AcylTransferase domain of phenolphthiocerol/phtiocerol synthase A from Mycobacterium bovis (BCG) | ||||||
![]() | Phenolpthiocerol synthesis type-I polyketide synthase ppsA | ||||||
![]() | TRANSFERASE / phenolphtiocerol/phtiocerol synthase A / acyl transferase / Polyketide synthase / Mycobacterium bovis | ||||||
Function / homology | ![]() phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Brison, Y. / Nahoum, V. / Mourey, L. / Maveyraud, L. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Molecular Basis for Extender Unit Specificity of Mycobacterial Polyketide Synthases. Authors: Grabowska, A.D. / Brison, Y. / Maveyraud, L. / Gavalda, S. / Faille, A. / Nahoum, V. / Bon, C. / Guilhot, C. / Pedelacq, J.D. / Chalut, C. / Mourey, L. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 92.6 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 425.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 13.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 19 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7agpC ![]() 7agqC ![]() 7agrC ![]() 7agsC ![]() 7agtC ![]() 7aguC ![]() 7ahbC ![]() 3tswS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 36897.312 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Residues Met609 - His617 : purification tag Residues Gly953 and Ser954 : cloning artifact Source: (gene. exp.) ![]() Strain: BCG / Pasteur 1173P2 / Gene: ppsA, BCG_2953 / Production host: ![]() ![]() | ||||
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#2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 44.04 % |
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Crystal grow | Temperature: 285 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 / Details: 19% (w/v) PEG 5,000 MME 0.1 M MES |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Apr 6, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98011 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→47.01 Å / Num. obs: 43463 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 14.2 % / Biso Wilson estimate: 30.13 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rrim(I) all: 0.041 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 31 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.69 Å / Redundancy: 14.4 % / Rmerge(I) obs: 1.092 / Mean I/σ(I) obs: 2.61 / Num. unique obs: 6973 / CC1/2: 0.875 / Rrim(I) all: 1.134 / Rsym value: 1.092 / % possible all: 99.7 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3TSW Resolution: 1.6→47.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU R Cruickshank DPI: 0.098 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.103 / SU Rfree Blow DPI: 0.099 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.096
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Displacement parameters | Biso mean: 44.55 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 1.6→47.01 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.6→1.61 Å
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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