PDB-7agl: crystal structure of the apo form of the N-acetylmuramyl-L-alanin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7agl

タイトル

crystal structure of the apo form of the N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, Ami1, from Mycobacterium abscessus.

要素

N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / amidase / peptidoglycan

機能・相同性

Ami_3 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase, catalytic domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / peptidoglycan catabolic process / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase

機能・相同性情報

生物種

Mycobacteroides abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Blaise, M.

引用

ジャーナル: Cells / 年: 2020
タイトル: Functional Characterization of the N -Acetylmuramyl-l-Alanine Amidase, Ami1, from Mycobacterium abscessus .
著者: Kussau, T. / Van Wyk, N. / Johansen, M.D. / Alsarraf, H.M.A.B. / Neyret, A. / Hamela, C. / Sorensen, K.K. / Thygesen, M.B. / Beauvineau, C. / Kremer, L. / Blaise, M.

履歴

登録	2020年9月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7agl.cif.gz	118 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7agl.ent.gz	74.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7agl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7agl_validation.pdf.gz	413.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7agl_full_validation.pdf.gz	413.9 KB	表示
XML形式データ	7agl_validation.xml.gz	11.9 KB	表示
CIF形式データ	7agl_validation.cif.gz	17.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/7agl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/7agl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7agmC 7agoC 4lq6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1p3e-d 3fix-3 2luz-d 1ej1-1 3r95-1 5ekv-2 6af5-d 3wp4-d 6eb6-d 4f1j-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase

ヘテロ分子

24 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.920, 85.920, 73.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-424- HOH
2	1	A-525- HOH
3	1	A-594- HOH

#1: タンパク質	N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase 分子量: 23951.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacteroides abscessus (バクテリア) 遺伝子: D2E76_07740 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A418LHZ8
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.66 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 1.6 M ammonium sulfate and, 1% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→60.7 Å / Num. obs: 35745 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 22.48 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_rim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 10.45
反射シェル	解像度: 1.6→1.65 Å / Num. unique obs: 5957 / CC_1/2: 0.53 / R_rim(I) all: 1.13

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15rc3_3435	精密化
PHENIX	1.15rc3_3435	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4LQ6

4lq6

解像度: 1.6→38.42 Å / SU ML: 0.1906 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.427
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1959	2000	5.6 %
R_work	0.1682	33743	-
obs	0.1698	35743	96.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→38.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1564	0	1	232	1797

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0068	1630
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8854	2218
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0518	245
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0061	302
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.5253	980

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.64	0.3313	144	0.3025	2423	X-RAY DIFFRACTION	99.07
1.64-1.68	0.281	143	0.2625	2423	X-RAY DIFFRACTION	99
1.68-1.73	0.2822	142	0.2592	2395	X-RAY DIFFRACTION	98.72
1.73-1.79	0.2463	143	0.2314	2410	X-RAY DIFFRACTION	97.59
1.79-1.85	0.2236	143	0.2055	2401	X-RAY DIFFRACTION	97.28
1.85-1.93	0.2377	142	0.1765	2399	X-RAY DIFFRACTION	98.18
1.93-2.02	0.1973	143	0.1651	2423	X-RAY DIFFRACTION	98.28
2.02-2.12	0.1843	143	0.1599	2417	X-RAY DIFFRACTION	97.52
2.12-2.25	0.1995	143	0.1535	2408	X-RAY DIFFRACTION	97.29
2.25-2.43	0.1966	142	0.1555	2398	X-RAY DIFFRACTION	96.54
2.43-2.67	0.1897	139	0.165	2348	X-RAY DIFFRACTION	93.64
2.67-3.06	0.1854	144	0.1791	2417	X-RAY DIFFRACTION	95.88
3.06-3.85	0.1967	143	0.1555	2419	X-RAY DIFFRACTION	94.85
3.85-38.42	0.1644	146	0.1454	2462	X-RAY DIFFRACTION	91.35

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.36834743267	0.317563562133	0.760062296386	2.07709778358	0.591012665696	0.889123068038	0.0305380337718	-0.0842852404348	-0.0835367606899	0.162053633191	-0.0324475856062	0.0777629992825	0.0851263658047	-0.0323848952242	0.01803667339	0.189189817292	0.0122746647051	0.00617120512805	0.234064439595	0.0156220231496	0.19012906457	-3.12628366453	21.1723420311	-11.2474804524
2	2.75844180916	-0.738054340578	-0.613097595214	1.7766285141	0.703228391582	5.609913963	0.0294793495452	0.223053848461	0.276430227765	-0.0991699464766	0.0843686709716	-0.105020104341	-0.514050897414	-0.0111333435467	-0.0725470831983	0.220455757859	-0.0212882392138	-0.0164977980435	0.214518031802	0.0139087585257	0.205694438155	4.31682958961	33.1698060223	-17.9713935635
3	1.51421041316	-0.0831954634229	0.665636168002	1.38612022597	0.126482031198	1.28726436388	0.026655197818	0.208044015099	-0.173348891223	-0.0486169415449	0.0352924880509	-0.155101124374	0.0651982806137	0.0947394871619	-0.0910913022599	0.191749010299	-0.00417773849835	0.0102164598228	0.224649366872	-0.0206627494127	0.21864961433	6.09737499546	18.8234627111	-17.0734722428
4	1.61392982703	0.419690316872	0.808706956414	2.70367958969	1.05190663327	4.23038662127	-0.0968201725619	0.18527901785	-0.00926844671113	-0.0941417289731	0.131848939631	-0.216450983542	-0.401215950963	0.191612751688	-0.014508035511	0.172160264902	-0.0154887156699	-0.0012939980312	0.22686765838	0.00227922395453	0.226365426436	12.8975833714	29.7867202852	-13.2272090263

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 14 through 59 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 60 through 77 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 78 through 190 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 191 through 226 )

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