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万見
- PDB-6eb6: Crystal structure of BAX W139A monomer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eb6
タイトルCrystal structure of BAX W139A monomer
要素Apoptosis regulator BAX
キーワードAPOPTOSIS / BAX / inactive monomer
機能・相同性
機能・相同性情報


T cell homeostatic proliferation / release of matrix enzymes from mitochondria / positive regulation of developmental pigmentation / protein insertion into mitochondrial membrane / BAX complex / B cell receptor apoptotic signaling pathway / positive regulation of reproductive process / positive regulation of motor neuron apoptotic process / regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / spermatid differentiation ...T cell homeostatic proliferation / release of matrix enzymes from mitochondria / positive regulation of developmental pigmentation / protein insertion into mitochondrial membrane / BAX complex / B cell receptor apoptotic signaling pathway / positive regulation of reproductive process / positive regulation of motor neuron apoptotic process / regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / spermatid differentiation / Activation, translocation and oligomerization of BAX / positive regulation of B cell apoptotic process / development of secondary sexual characteristics / NTRK3 as a dependence receptor / Sertoli cell proliferation / positive regulation of apoptotic DNA fragmentation / B cell homeostatic proliferation / glycosphingolipid metabolic process / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / retinal cell programmed cell death / B cell negative selection / BAK complex / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process by cytochrome c / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / mitochondrial permeability transition pore complex / Release of apoptotic factors from the mitochondria / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / apoptotic process involved in mammary gland involution / Transcriptional regulation by RUNX2 / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / regulation of nitrogen utilization / B cell apoptotic process / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / fertilization / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / calcium ion transport into cytosol / channel activity / motor neuron apoptotic process / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / epithelial cell apoptotic process / myeloid cell homeostasis / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / hypothalamus development / pore complex / thymocyte apoptotic process / BH3 domain binding / germ cell development / odontogenesis of dentin-containing tooth / apoptotic mitochondrial changes / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / negative regulation of mitochondrial membrane potential / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / vagina development / B cell homeostasis / negative regulation of apoptotic signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / response to axon injury / ectopic germ cell programmed cell death / cellular response to unfolded protein / blood vessel remodeling / Pyroptosis / supramolecular fiber organization / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of fibroblast proliferation / ovarian follicle development / release of sequestered calcium ion into cytosol / homeostasis of number of cells within a tissue / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Hsp70 protein binding / response to salt stress / intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of mitochondrial membrane potential / negative regulation of protein binding / kidney development / response to gamma radiation / apoptotic signaling pathway / neuron migration / positive regulation of protein-containing complex assembly / response to toxic substance / cerebral cortex development / cellular response to virus / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / cellular response to UV / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of neuron apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2 family / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like ...Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2 family / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Apoptosis regulator BAX
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.023 Å
データ登録者Robin, A.Y.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019
タイトル: BAX Activation: Mutations Near Its Proposed Non-canonical BH3 Binding Site Reveal Allosteric Changes Controlling Mitochondrial Association.
著者: Dengler, M.A. / Robin, A.Y. / Gibson, L. / Li, M.X. / Sandow, J.J. / Iyer, S. / Webb, A.I. / Westphal, D. / Dewson, G. / Adams, J.M.
履歴
登録2018年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoptosis regulator BAX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2735
ポリマ－21,0891
非ポリマー1844
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.159, 63.159, 82.265
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Apoptosis regulator BAX / Bcl-2-like protein 4 / Bcl2-L-4


分子量: 21089.225 Da / 分子数: 1 / 変異: W139A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAX, BCL2L4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07812
#2: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Sodium formate, TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9536 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9536 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.023→45.55 Å / Num. obs: 12611 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 10.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06257 / Net I/σ(I): 21.15
反射 シェル解像度: 2.023→2.095 Å / Rmerge(I) obs: 0.5258 / Num. unique obs: 1200 / CC1/2: 0.952

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998)精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER2.8.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5W61

5w61


解像度: 2.023→32.87 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2013 630 5 %
Rwork0.1714 --
obs0.1729 12607 98.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.023→32.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1372 0 12 58 1442
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071464
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7341985
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.651870
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044226
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005253
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0227-2.22630.25071510.19682894X-RAY DIFFRACTION97
2.2263-2.54840.22871590.18162956X-RAY DIFFRACTION98
2.5484-3.21060.20791570.18122987X-RAY DIFFRACTION98
3.2106-45.55970.18481630.16133140X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.16090.1284-3.57563.05482.18184.25460.14660.330.23320.1828-0.1174-0.0247-0.036-0.7076-0.06390.2872-0.0307-0.02130.2310.03350.253620.3269-14.4615-2.225
24.5617-2.1678-4.93866.35860.93565.7911-0.68860.2404-1.1711-0.9250.05260.53431.11630.2840.56360.6903-0.04350.10210.4952-0.04620.448618.7854-21.8817-8.4619
37.30845.0303-5.74584.8984-5.29277.0634-0.52381.5910.3658-0.30530.64440.3488-0.6295-0.6194-0.11250.6082-0.0922-0.08780.38580.02330.318322.7248-5.5093-7.5716
44.24582.3867-1.15467.6793-3.27568.13760.0088-0.354-0.3985-0.3709-0.0013-0.44820.29931.11820.03030.2806-0.00740.04140.3769-0.02060.283840.009-13.0254-0.2516
59.1093-3.50017.69861.3596-2.9986.6145-0.6976-1.54361.46070.6490.6914-1.5911-0.8908-0.33930.27020.4092-0.0551-0.15370.4842-0.1390.49831.9935-3.530211.4026
62.5734-2.653-2.52687.30575.78096.66860.05740.17030.0328-0.83820.097-0.0638-0.31850.2954-0.17470.3866-0.03920.04120.27710.04360.268231.7192-13.45-3.065
77.6603-3.5263-5.15994.70243.97414.3324-0.52830.1094-0.71430.2447-0.03310.64640.7402-0.14280.49290.43310.00450.04120.31480.0810.295928.6392-21.48713.3976
87.34823.1480.88857.2437-2.44117.7367-0.2368-0.47110.5844-0.1284-0.20470.4825-0.6882-0.40240.35360.34660.0369-0.0260.2234-0.0630.31220.3014-3.79077.8257
95.52212.7628-2.06256.83631.94156.1514-0.3536-0.29180.0196-0.89010.34160.4622-0.69440.05180.1640.4829-0.1307-0.06880.28890.01270.248335.5141-1.5589-1.4063
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 13 through 39 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 40 through 53 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 54 through 72 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 73 through 99 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 100 through 106 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 107 through 127 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 128 through 147 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 148 through 164 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 165 through 191 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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