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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wos
タイトルStructural and functional insights into Canarypox Virus CNP058 regulation of apoptosis
要素
  • Bcl-2-like protein 11
  • CNPV058 bcl-2 like protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Avipoxvirus / apoptosis / Bcl-2 / Bim
機能・相同性
機能・相同性情報


BIM-BCL-xl complex / BIM-BCL-2 complex / regulation of developmental pigmentation / symbiont-mediated perturbation of host apoptosis / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / Activation of BIM and translocation to mitochondria / developmental pigmentation / positive regulation of fibroblast apoptotic process ...BIM-BCL-xl complex / BIM-BCL-2 complex / regulation of developmental pigmentation / symbiont-mediated perturbation of host apoptosis / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / Activation of BIM and translocation to mitochondria / developmental pigmentation / positive regulation of fibroblast apoptotic process / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / ear development / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / meiosis I / positive regulation of T cell apoptotic process / regulation of organ growth / mammary gland development / tube formation / myeloid cell homeostasis / Bcl-2 family protein complex / cellular response to glucocorticoid stimulus / NRAGE signals death through JNK / thymocyte apoptotic process / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / FOXO-mediated transcription of cell death genes / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / odontogenesis of dentin-containing tooth / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / T cell homeostasis / B cell homeostasis / host cell membrane / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / spleen development / positive regulation of cell cycle / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / FLT3 Signaling / endomembrane system / response to endoplasmic reticulum stress / thymus development / cell-matrix adhesion / post-embryonic development / positive regulation of protein-containing complex assembly / kidney development / male gonad development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / positive regulation of neuron apoptotic process / spermatogenesis / regulation of apoptotic process / microtubule binding / in utero embryonic development / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / protein kinase binding / mitochondrion / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Apoptosis, Bim N-terminal / Bcl-2-like protein 11 / : / Bim protein N-terminus / Bcl-x interacting, BH3 domain / Bcl-x interacting, BH3 domain / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2-like protein 11 / Apoptosis regulator Bcl-2 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Canarypox virus (カナリア痘ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Anasir, M.I. / Kvansakul, M.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号
Australian Research Council (ARC)FT130101349 オーストラリア
引用ジャーナル: Viruses / : 2017
タイトル: Structural and Functional Insight into Canarypox Virus CNP058 Mediated Regulation of Apoptosis.
著者: Anasir, M.I. / Baxter, A.A. / Poon, I.K.H. / Hulett, M.D. / Kvansakul, M.
履歴
登録2017年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CNPV058 bcl-2 like protein
B: Bcl-2-like protein 11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5572
ポリマ-20,5572
非ポリマー00
18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1700 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area8510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.786, 34.670, 71.726
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.92, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 CNPV058 bcl-2 like protein


分子量: 17282.715 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-143 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Canarypox virus (カナリア痘ウイルス)
遺伝子: CNPV058 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q6VZT9
#2: タンパク質・ペプチド Bcl-2-like protein 11 / Bcl2-L-11 / Bcl2-interacting mediator of cell death


分子量: 3274.691 Da / 分子数: 1 / 断片: BH3 domain (UNP residues 141-166) / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43521
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.6 % / 解説: Needle-like crystals
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 0.2 M calcium chloride dihydrate, 0.1 M MES pH 6.0, 20% w/v PEG6000
PH範囲: 6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→33.46 Å / Num. obs: 6021 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 40.9 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 2.45→2.55 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.716 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 703 / CC1/2: 0.455 / Rpim(I) all: 0.71 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TZP
解像度: 2.45→33.459 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.62
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2452 274 4.55 %
Rwork0.2124 --
obs0.214 6018 96.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→33.459 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1329 0 0 10 1339
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031367
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5431849
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.715820
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039203
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002235
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4502-3.08670.29281500.25612856X-RAY DIFFRACTION97
3.0867-33.46170.22671240.1972888X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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