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Yorodumi- PDB-3fix: Crystal structure of a putative n-acetyltransferase (ta0374) from... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3fix | ||||||
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Title | Crystal structure of a putative n-acetyltransferase (ta0374) from thermoplasma acidophilum | ||||||
Components | N-ACETYLTRANSFERASE | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / N-ACETYLTRANSFERASE / TERMOPLASMA ACIDOPHILUM / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | Function and homology information negative regulation of sporulation / diamine N-acetyltransferase / diamine N-acetyltransferase activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermoplasma acidophilum (acidophilic) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: Proteins / Year: 2011 Title: Crystal structure of the novel PaiA N-acetyltransferase from Thermoplasma acidophilum involved in the negative control of sporulation and degradative enzyme production. Authors: Filippova, E.V. / Shuvalova, L. / Minasov, G. / Kiryukhina, O. / Zhang, Y. / Clancy, S. / Radhakrishnan, I. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3fix.cif.gz | 139.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3fix.ent.gz | 115.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3fix.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3fix_validation.pdf.gz | 478.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3fix_full_validation.pdf.gz | 495.4 KB | Display | |
Data in XML | 3fix_validation.xml.gz | 26.1 KB | Display | |
Data in CIF | 3fix_validation.cif.gz | 35.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/3fix ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/3fix | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3f0aC 3k9uC 3ne7C C: citing same article (ref.) |
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-Links
-Assembly
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Refine code: 1
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 21740.340 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermoplasma acidophilum (acidophilic) / Gene: Ta0374 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21magic / References: UniProt: Q9HL57 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.09 Å3/Da / Density % sol: 41.22 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.1 M HEPES, 10% (w/v) PEG 8000, 10% (w/v) ETHYLENE GLYCOL , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 0.97872 Å |
Detector | Detector: CCD / Date: Aug 11, 2008 / Details: MIRROR |
Radiation | Monochromator: SI-111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→30 Å / Num. all: 30257 / Num. obs: 30257 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 67.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.34 Å / Redundancy: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / % possible all: 91.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 21.946 / SU ML: 0.234 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.471 / ESU R Free: 0.282 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 40.231 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→30 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.304→2.364 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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