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- PDB-7afw: Beta-Catenin in complex with compound 6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7afw
タイトルBeta-Catenin in complex with compound 6
要素Catenin beta-1
キーワードONCOPROTEIN / Fragment
機能・相同性
機能・相同性情報


CDH11 homotypic and heterotypic interactions / Regulation of CDH19 Expression and Function / positive regulation of heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / lung induction / positive regulation of branching involved in lung morphogenesis / cranial ganglion development / renal vesicle formation / renal inner medulla development / renal outer medulla development / nephron tubule formation ...CDH11 homotypic and heterotypic interactions / Regulation of CDH19 Expression and Function / positive regulation of heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / lung induction / positive regulation of branching involved in lung morphogenesis / cranial ganglion development / renal vesicle formation / renal inner medulla development / renal outer medulla development / nephron tubule formation / mesenchymal stem cell differentiation / beta-catenin-ICAT complex / metanephros morphogenesis / genitalia morphogenesis / embryonic skeletal limb joint morphogenesis / neural plate development / glial cell fate determination / regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / astrocyte-dopaminergic neuron signaling / negative regulation of mitotic cell cycle, embryonic / canonical Wnt signaling pathway involved in mesenchymal stem cell differentiation / oviduct development / beta-catenin-TCF7L2 complex / regulation of nephron tubule epithelial cell differentiation / negative regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / regulation of timing of anagen / Binding of TCF/LEF:CTNNB1 to target gene promoters / central nervous system vasculogenesis / RUNX3 regulates WNT signaling / regulation of centriole-centriole cohesion / Regulation of CDH11 function / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / Specification of the neural plate border / embryonic axis specification / endodermal cell fate commitment / regulation of fibroblast proliferation / Scrib-APC-beta-catenin complex / positive regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / beta-catenin-TCF complex / lens morphogenesis in camera-type eye / dorsal root ganglion development / synaptic vesicle clustering / acinar cell differentiation / dorsal/ventral axis specification / proximal/distal pattern formation / neuron fate determination / Formation of the nephric duct / layer formation in cerebral cortex / positive regulation of myoblast proliferation / positive regulation of endothelial cell differentiation / establishment of blood-retinal barrier / sympathetic ganglion development / fungiform papilla formation / lung epithelial cell differentiation / embryonic foregut morphogenesis / hindbrain development / regulation of calcium ion import / positive regulation of skeletal muscle tissue development / positive regulation of determination of dorsal identity / ectoderm development / positive regulation of odontoblast differentiation / cranial skeletal system development / endothelial tube morphogenesis / regulation of protein localization to cell surface / hair cell differentiation / cellular response to indole-3-methanol / mesenchymal cell proliferation involved in lung development / presynaptic active zone cytoplasmic component / detection of muscle stretch / smooth muscle cell differentiation / histone methyltransferase binding / midbrain dopaminergic neuron differentiation / alpha-catenin binding / flotillin complex / establishment of blood-brain barrier / Germ layer formation at gastrulation / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / male genitalia development / fascia adherens / apicolateral plasma membrane / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / Formation of definitive endoderm / epithelial cell differentiation involved in prostate gland development / embryonic brain development / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / regulation of smooth muscle cell proliferation / adherens junction assembly / beta-catenin destruction complex / oocyte development / Formation of axial mesoderm / lung-associated mesenchyme development / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of protein sumoylation / embryonic heart tube development / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated
類似検索 - 分子機能
Beta-catenin / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-R9Q / Catenin beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.814 Å
データ登録者Boettcher, J. / Kessler, D.
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2021
タイトル: Getting a Grip on the Undrugged: Targeting beta-Catenin with Fragment-Based Methods.
著者: Kessler, D. / Mayer, M. / Zahn, S.K. / Zeeb, M. / Wohrle, S. / Bergner, A. / Bruchhaus, J. / Ciftci, T. / Dahmann, G. / Dettling, M. / Dobel, S. / Fuchs, J.E. / Geist, L. / Hela, W. / Kofink, ...著者: Kessler, D. / Mayer, M. / Zahn, S.K. / Zeeb, M. / Wohrle, S. / Bergner, A. / Bruchhaus, J. / Ciftci, T. / Dahmann, G. / Dettling, M. / Dobel, S. / Fuchs, J.E. / Geist, L. / Hela, W. / Kofink, C. / Kousek, R. / Moser, F. / Puchner, T. / Rumpel, K. / Scharnweber, M. / Werni, P. / Wolkerstorfer, B. / Breitsprecher, D. / Baaske, P. / Pearson, M. / McConnell, D.B. / Bottcher, J.
履歴
登録2020年9月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catenin beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4542
ポリマ－18,1761
非ポリマー2781
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.453, 53.453, 87.545
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-565-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Catenin beta-1 / Beta-catenin


分子量: 18176.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTNNB1, CTNNB, OK/SW-cl.35, PRO2286 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35222
#2: 化合物 ChemComp-R9Q / 3-[(2~{R})-4-methyl-5-oxidanylidene-2,3-dihydro-1,4-benzoxazepin-2-yl]benzenecarbonitrile


分子量: 278.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H14N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.08 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 25% PEG 3350, 100 mM BIS-TRIS buffer pH 5.5 and 0.2 M Magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.814→87.545 Å / Num. obs: 11045 / % possible obs: 80.9 % / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 24.6
反射 シェル解像度: 1.814→1.929 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.825 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1066 / Rsym value: 0.825 / % possible all: 24.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
autoPROCデータ削減
XDSJan 26, 201データ削減
autoPROC1.1.7データスケーリング
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SLA

3sla


解像度: 1.814→87.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.872 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.811 / SU R Cruickshank DPI: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.222 / SU Rfree Blow DPI: 0.192 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.188
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2813 551 -RANDOM
Rwork0.2272 ---
obs0.2299 11045 80.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.3237 Å20 Å20 Å2
2--2.3237 Å20 Å2
3----4.6475 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.814→87.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1224 0 21 69 1314
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0091261HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.971706HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d456SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes211HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1261HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion174SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1133SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.68
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.42
LS精密化 シェル解像度: 1.814→1.91 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3613 24 -
Rwork0.2498 --
obs--21.05 %
精密化 TLSOrigin x: 70.298 Å / Origin y: -30.7596 Å / Origin z: 22.2517 Å
111213212223313233
T-0.0392 Å20.0073 Å20.0392 Å2-0.03 Å20.0358 Å2---0.0939 Å2
L0.7963 °20.3018 °20.4623 °2-0.7771 °20.3635 °2--2.6755 °2
S-0.0628 Å °-0.0536 Å °-0.0236 Å °-0.0536 Å °-0.0037 Å °0.3457 Å °-0.0236 Å °0.3457 Å °0.0665 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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