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万見
- PDB-6aep: Crystal structure of the ssDNA-binding domain of DnaT from Salmon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6aep
タイトルCrystal structure of the ssDNA-binding domain of DnaT from Salmonella enterica Serovar Typhimurium LT2 at 1.84 angstrom resolution
要素Primosomal protein 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Primosome / replication restart / DnaT / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


primosome complex / DNA replication, synthesis of primer
類似検索 - 分子機能
Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #1180 / Primosomal protein 1 / DnaT, DNA-binding domain / DnaT DNA-binding domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Primosomal protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.844 Å
データ登録者Huang, Y.H. / Huang, C.Y.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the ssDNA-binding domain of DnaT from Salmonella enterica Serovar Typhimurium LT2 at 1.84 angstrom resolution
著者: Huang, Y.H. / Huang, C.Y.
履歴
登録2018年8月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Primosomal protein 1
B: Primosomal protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2922
ポリマ－23,2922
非ポリマー00
水1,910106
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1370 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area8330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.282, 93.526, 68.902
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Primosomal protein 1 / Primosomal protein I


分子量: 11646.032 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: dnaT, STM4544 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P67524
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6 M Magnesium Sulfate, 100 mM MES Sodium Salt pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.975 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→30 Å / Num. obs: 15843 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 31.33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rsym value: 0.035 / Net I/σ(I): 28.12
反射 シェル解像度: 1.84→1.91 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.284 / Mean I/σ(I) obs: 4.08 / Num. unique obs: 1479 / Rsym value: 0.213 / % possible all: 91.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OU6

4ou6


解像度: 1.844→27.737 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.82
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2485 806 5.09 %
Rwork0.2154 --
obs0.2172 15826 97.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.844→27.737 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1219 0 0 106 1325
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061258
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7891709
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.761733
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044169
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006223
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8441-1.95960.34961360.26932340X-RAY DIFFRACTION92
1.9596-2.11090.32081230.24622469X-RAY DIFFRACTION98
2.1109-2.32320.26531320.22152483X-RAY DIFFRACTION97
2.3232-2.65910.25081330.23232526X-RAY DIFFRACTION98
2.6591-3.34930.24831240.22962572X-RAY DIFFRACTION99
3.3493-27.73980.22861580.19352630X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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