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- PDB-7aer: Rebuilt and re-refined PDB entry 5yep: tri-AMPylated Shewanella o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7aer
タイトルRebuilt and re-refined PDB entry 5yep: tri-AMPylated Shewanella oneidensis HEPN toxin in complex with MNT antitoxin
要素
  • Toxin-antitoxin system antidote Mnt family
  • Toxin-antitoxin system toxin HepN family
キーワードTOXIN/ANTITOXIN / toxin-antitoxin system / MNT-HEPN / AMPylation / TOXIN-ANTITOXIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein adenylyltransferase / toxin-antitoxin complex / RNA nuclease activity / nucleotidyltransferase activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / nucleotide binding / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Polymerase beta, nucleotidyltransferase / Polymerase beta, Nucleotidyltransferase / Ribonuclease HepT-like / tRNA nuclease HepT-like superfamily / : / Ribonuclease HepT-like / Nucleotidyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / mRNA nuclease HepT / Protein adenylyltransferase MntA
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella oneidensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Tamulaitiene, G. / Sasnauskas, G. / Songailiene, I. / Juozapaitis, J. / Siksnys, V.
引用
ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2020
タイトル: HEPN-MNT Toxin-Antitoxin System: The HEPN Ribonuclease Is Neutralized by OligoAMPylation.
著者: Songailiene, I. / Juozapaitis, J. / Tamulaitiene, G. / Ruksenaite, A. / Sulcius, S. / Sasnauskas, G. / Venclovas, C. / Siksnys, V.
#1: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structure-function analyses reveal the molecular architecture and neutralization mechanism of a bacterial HEPN-MNT toxin-antitoxin system.
著者: Jia, X. / Yao, J. / Gao, Z. / Liu, G. / Dong, Y.H. / Wang, X. / Zhang, H.
履歴
登録2020年9月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toxin-antitoxin system antidote Mnt family
B: Toxin-antitoxin system toxin HepN family
C: Toxin-antitoxin system toxin HepN family
D: Toxin-antitoxin system toxin HepN family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,56610
ポリマ－64,4834
非ポリマー2,0836
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9050 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area23800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.610, 224.380, 53.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain B and (resid 112 through 130 or (resid 131...
21(chain C and (resid 112 through 120 or (resid 121...
31(chain D and (resid 112 through 120 or (resid 121...
12(chain B and ((resid 2 and (name N or name...
22(chain C and (resid 2 through 20 or (resid 21...
32(chain D and ((resid 2 and (name N or name...
13(chain B and (resid 81 through 90 or (resid 91...
23(chain C and resid 81 through 91)
33(chain D and (resid 81 through 90 or (resid 91...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain B and (resid 112 through 130 or (resid 131...B0
211(chain C and (resid 112 through 120 or (resid 121...C112 - 120
221(chain C and (resid 112 through 120 or (resid 121...C121
231(chain C and (resid 112 through 120 or (resid 121...C2 - 203
241(chain C and (resid 112 through 120 or (resid 121...C2 - 203
251(chain C and (resid 112 through 120 or (resid 121...C2 - 203
261(chain C and (resid 112 through 120 or (resid 121...C2 - 203
311(chain D and (resid 112 through 120 or (resid 121...D112 - 120
321(chain D and (resid 112 through 120 or (resid 121...D121
331(chain D and (resid 112 through 120 or (resid 121...D2 - 133
341(chain D and (resid 112 through 120 or (resid 121...D2 - 133
351(chain D and (resid 112 through 120 or (resid 121...D2 - 133
361(chain D and (resid 112 through 120 or (resid 121...D2 - 133
112(chain B and ((resid 2 and (name N or name...B2
122(chain B and ((resid 2 and (name N or name...B1 - 203
132(chain B and ((resid 2 and (name N or name...B1 - 203
142(chain B and ((resid 2 and (name N or name...B1 - 203
152(chain B and ((resid 2 and (name N or name...B1 - 203
212(chain C and (resid 2 through 20 or (resid 21...C2 - 20
222(chain C and (resid 2 through 20 or (resid 21...C21
232(chain C and (resid 2 through 20 or (resid 21...C2 - 203
242(chain C and (resid 2 through 20 or (resid 21...C2 - 203
252(chain C and (resid 2 through 20 or (resid 21...C2 - 203
262(chain C and (resid 2 through 20 or (resid 21...C2 - 203
312(chain D and ((resid 2 and (name N or name...D2
322(chain D and ((resid 2 and (name N or name...D2 - 133
332(chain D and ((resid 2 and (name N or name...D2 - 133
342(chain D and ((resid 2 and (name N or name...D2 - 133
352(chain D and ((resid 2 and (name N or name...D2 - 133
113(chain B and (resid 81 through 90 or (resid 91...B0
213(chain C and resid 81 through 91)C81 - 91
313(chain D and (resid 81 through 90 or (resid 91...D0

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 Toxin-antitoxin system antidote Mnt family


分子量: 15723.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (strain MR-1) (バクテリア)
株: MR-1 / 遺伝子: SO_3165 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ECH7
#2: タンパク質 Toxin-antitoxin system toxin HepN family


分子量: 16253.215 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (strain MR-1) (バクテリア)
株: MR-1 / 遺伝子: SO_3166 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ECH6
#3: 化合物
ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M Bicine (pH 8.6), 14% PEG6000 and 8% Ethlene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 14273 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 13.93
反射 シェル解像度: 3→3.08 Å / Rmerge(I) obs: 0.648 / Mean I/σ(I) obs: 3.51 / Num. unique obs: 1031 / CC1/2: 0.949 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXphenix-1.12-2829精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3→48.15 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2725 711 4.98 %
Rwork0.2265 13559 -
obs0.2289 14270 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 206.29 Å2 / Biso mean: 72.3087 Å2 / Biso min: 31.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→48.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4067 0 132 0 4199
Biso mean--71.27 --
残基数----516
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024265
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5525804
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037693
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003735
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3162581
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11B288X-RAY DIFFRACTION10.952TORSIONAL
12C288X-RAY DIFFRACTION10.952TORSIONAL
13D288X-RAY DIFFRACTION10.952TORSIONAL
21B800X-RAY DIFFRACTION10.952TORSIONAL
22C800X-RAY DIFFRACTION10.952TORSIONAL
23D800X-RAY DIFFRACTION10.952TORSIONAL
31B146X-RAY DIFFRACTION10.952TORSIONAL
32C146X-RAY DIFFRACTION10.952TORSIONAL
33D146X-RAY DIFFRACTION10.952TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
3-3.23160.33411370.29892625
3.2316-3.55670.36211410.27842689
3.5567-4.07120.29011400.23622675
4.0712-5.12830.24141430.20762710
5.1283-48.150.24561500.20352860

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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