PDB-7ae6: Crystal structure of di-AMPylated HEPN(R102A) toxin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ae6

タイトル

Crystal structure of di-AMPylated HEPN(R102A) toxin

要素

HEPN toxin

キーワード

TOXIN / toxin-antitoxin system / MNT-HEPN / AMPylation

機能・相同性

機能・相同性情報

toxin-antitoxin complex / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA nuclease activity / endonuclease activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aphanizomenon flos-aquae 2012/KM1/D3 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Tamulaitiene, G. / Sasnauskas, G. / Songailiene, I. / Juozapaitis, J. / Siksnys, V.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2020
タイトル: HEPN-MNT Toxin-Antitoxin System: The HEPN Ribonuclease Is Neutralized by OligoAMPylation.
著者: Songailiene, I. / Juozapaitis, J. / Tamulaitiene, G. / Ruksenaite, A. / Sulcius, S. / Sasnauskas, G. / Venclovas, C. / Siksnys, V.

履歴

登録	2020年9月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ae6.cif.gz	141.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ae6.ent.gz	111.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ae6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/7ae6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/7ae6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ae2SC 7ae8C 7ae9C 7aerC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ae8-2 1gt4-d 6a04-d 4usr-d 1i6m-d 2cfh-1 3e6m-1 2cfh-2 6aq3-3 1ywr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: HEPN toxin

B: HEPN toxin

ヘテロ分子

38.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.443, 62.722, 84.356
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	HEPN toxin / HEPN toxin 分子量: 18254.605 Da / 分子数: 2 / 変異: R102A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HEPN toxin 由来: (組換発現) Aphanizomenon flos-aquae 2012/KM1/D3 (バクテリア) 遺伝子: OA07_26455 / プラスミド: pACYC-Duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: A0A0B0QJR1
#2: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.83 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Crystallization buffer was 21.25% Ethylene glycol, 15% glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→84.356 Å / Num. obs: 38600 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 27.94 Å² / R_merge(I) obs: 0.03 / R_pim(I) all: 0.018 / R_rim(I) all: 0.038 / R_sym value: 0.03 / Net I/av σ(I): 8.2 / Net I/σ(I): 18.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.65-1.74	3.7	0.488	1.5	21052	5625	0.314	0.637	0.488	2.3	99.8
1.74-1.84	3.6	0.267	2.7	18963	5314	0.176	0.351	0.267	4	99
1.84-1.97	3.8	0.168	4.3	19023	4999	0.104	0.215	0.168	6.8	99.7
1.97-2.13	3.7	0.09	7.8	17487	4686	0.055	0.113	0.09	12.1	99.4
2.13-2.33	3.7	0.055	11.9	15693	4273	0.034	0.07	0.055	19.5	98.4
2.33-2.61	3.8	0.04	16.7	14823	3882	0.024	0.05	0.04	26.3	98.9
2.61-3.01	3.7	0.028	22.8	12657	3400	0.017	0.036	0.028	33.4	97
3.01-3.69	3.9	0.022	28.1	11248	2908	0.013	0.027	0.022	44.5	97.8
3.69-5.22	3.7	0.018	33.4	8325	2229	0.011	0.023	0.018	51	95.4
5.22-84.356	3.5	0.024	10.3	4550	1284	0.015	0.03	0.024	50	94.4

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	42.18 Å
Translation	3 Å	42.18 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12-2829	精密化
XDS		データ削減
SCALA	3.2.19	データスケーリング
MOLREP	6	位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7AE2

7ae2

解像度: 1.65→42.178 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.22 / 位相誤差: 20.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2001	7121	10.05 %
R_work	0.1705	63742	-
obs	0.1734	38541	95.07 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 82.68 Å² / B_iso mean: 35.4952 Å² / B_iso min: 17.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.65→42.178 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2309	0	112	121	2542
B_iso mean	-	-	36.36	43.58	-
残基数	-	-	-	-	290

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2590
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.882	3545
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	412
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	447
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.074	1549

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.65-1.6688	0.2995	227	0.2787	2170	97
1.6688-1.6884	0.2917	267	0.2654	2140	97
1.6884-1.709	0.307	245	0.2623	2202	97
1.709-1.7306	0.3282	255	0.2582	2192	98
1.7306-1.7534	0.2862	255	0.2481	2119	97
1.7534-1.7774	0.2692	246	0.2362	2168	96
1.7774-1.8028	0.2806	216	0.2364	2095	95
1.8028-1.8297	0.2461	227	0.2262	2134	94
1.8297-1.8583	0.2104	236	0.204	2111	94
1.8583-1.8888	0.2413	210	0.2133	2263	98
1.8888-1.9213	0.2528	250	0.203	2153	98
1.9213-1.9563	0.2356	254	0.193	2216	98
1.9563-1.9939	0.2248	252	0.1851	2087	97
1.9939-2.0346	0.1993	250	0.1859	2189	96
2.0346-2.0788	0.2001	258	0.163	2150	97
2.0788-2.1272	0.229	240	0.1705	2122	96
2.1272-2.1804	0.188	257	0.1608	2054	94
2.1804-2.2393	0.215	254	0.1665	2041	91
2.2393-2.3052	0.1784	209	0.1662	2173	98
2.3052-2.3796	0.1777	247	0.1628	2140	96
2.3796-2.4647	0.2025	265	0.1584	2141	96
2.4647-2.5633	0.1843	203	0.1556	2145	95
2.5633-2.68	0.206	266	0.1665	2059	94
2.68-2.8212	0.2113	224	0.1619	2076	92
2.8212-2.998	0.1931	212	0.1687	2047	91
2.998-3.2294	0.1884	223	0.1572	2139	95
3.2294-3.5542	0.1787	212	0.1514	2115	94
3.5542-4.0681	0.1614	224	0.1468	2032	91
4.0681-5.124	0.1879	204	0.1583	2057	91
5.124-42.178	0.2053	233	0.186	2012	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4631	1.1764	-1.1272	1.9847	-0.9266	2.4177	0.0314	-0.2149	-0.212	-0.0303	-0.0612	-0.0394	0.1285	0.0133	0.0266	0.2926	0.018	-0.0035	0.1798	0.0351	0.2019	46.703	57.0782	11.5609
2	2.2438	0.9234	0.6014	2.7597	0.5975	1.1382	-0.0192	0.0526	0.1889	-0.058	0.0052	0.016	-0.0968	0.0787	0.0206	0.1896	-0.006	0.0081	0.2272	0.0196	0.1605	55.3257	79.9533	-2.3115

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	3 - 149
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	4 - 147

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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