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万見
- PDB-1gt4: Complex of Bovine Odorant Binding Protein with undecanal -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gt4
タイトルComplex of Bovine Odorant Binding Protein with undecanal
要素ODORANT-BINDING PROTEIN
キーワードODORANT-BINDING PROTEIN / LIPOCALIN
機能・相同性
機能・相同性情報


odorant binding / small molecule binding / sensory perception of smell / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Lipocalin, OBP-like / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
UNDECANAL / Odorant-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種BOS TAURUS (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Vincent, F. / Ramoni, R. / Spinelli, S. / Grolli, S. / Conti, V. / Cambillau, C. / Tegoni, M.
引用ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2004
タイトル: Crystal Structures of Bovine Odorant-Binding Protein in Complex with Odorant Molecules.
著者: Vincent, F. / Ramoni, R. / Spinelli, S. / Grolli, S. / Tegoni, M. / Cambillau, C.
履歴
登録2002年1月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月26日Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22015年4月15日Group: Database references
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 10-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 11-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ODORANT-BINDING PROTEIN
B: ODORANT-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3974
ポリマ－37,0572
非ポリマー3412
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5840 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area16060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.589, 65.206, 42.153
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.32, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ODORANT-BINDING PROTEIN / OBP / OLFACTORY MUCOSA PYRAZINE-BINDING PROTEIN


分子量: 18528.381 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UNDECANAL AS LIGAND / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: NOSE / 組織: RESPIRATORY EPITHELIUM / 参照: UniProt: P07435
#2: 化合物 ChemComp-UNA / UNDECANAL / ウンデカナ-ル


分子量: 170.292 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H22O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.7 %
結晶化pH: 4.2 / 詳細: pH 4.20
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 5.4 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
228-32 %(v/v)ethanol1reservoir
350 mMcitrate1reservoirpH5.4

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年9月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→13 Å / Num. obs: 17946 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.062
反射 シェル解像度: 2.03→2.06 Å / Rmerge(I) obs: 0.32 / % possible all: 97.2
反射
*PLUS
最高解像度: 2.06 Å / 最低解像度: 13 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.076
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.33

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OBP

1obp


解像度: 2.1→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 928 6.1 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.205 15165 94.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2582 0 24 126 2732
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.65
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
精密化
*PLUS
最低解像度: 9.5 Å / Num. reflection obs: 16687 / Rfactor Rfree: 0.256 / Rfactor Rwork: 0.221
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.11
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.64
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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