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- PDB-7ads: Orf virus Apoptosis inhibitor ORFV125 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ads
タイトルOrf virus Apoptosis inhibitor ORFV125
要素Apoptosis inhibitor
キーワードAPOPTOSIS / Orf virus / Bcl-2 / ITC
機能・相同性membrane / metal ion binding / Apoptosis inhibitor
機能・相同性情報
生物種Orf virus (オルフウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22032046456 Å
データ登録者Suraweera, C.D. / Hinds, M.G. / Kvansakul, M.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1007918 オーストラリア
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2020
タイトル: Crystal structures of ORFV125 provide insight into orf virus-mediated inhibition of apoptosis.
著者: Suraweera, C.D. / Hinds, M.G. / Kvansakul, M.
履歴
登録2020年9月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoptosis inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,87819
ポリマ－16,1601
非ポリマー71818
水48627
1
A: Apoptosis inhibitor
ヘテロ分子

A: Apoptosis inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,75638
ポリマ－32,3212
非ポリマー1,43536
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z1
Buried area8820 Å2
ΔGint-147 kcal/mol
Surface area14740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.613, 106.613, 60.589
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Space group name HallP622(x,y,z+1/3)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/3
#3: y,-x+y,z+2/3
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+2/3
#11: -x+y,y,-z
#12: x,x-y,-z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-310-

NA

21A-318-

MG

31A-421-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Apoptosis inhibitor


分子量: 16160.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Orf virus (オルフウイルス) / 遺伝子: ORFV125, ORF125 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A0A0R8HV90

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非ポリマー , 5種, 45分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.93 % / 解説: Thick diamond shape
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M Sodium citrate tribasic dehydrate 0.02M magnesium chloride 0.1M Bis tris propane 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→50.66 Å / Num. obs: 10487 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.2 % / Biso Wilson estimate: 54.1483471542 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.22→2.29 Å / Rmerge(I) obs: 0.1 / Num. unique obs: 929 / CC1/2: 0.81

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ORFV_Bax

解像度: 2.22032046456→50.6556463757 Å / SU ML: 0.254351495517 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34373156719 / 位相誤差: 35.3922298752
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.260389441726 547 5.22395186706 %
Rwork0.243985831367 9924 -
obs0.244911480668 10471 99.8474301516 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 70 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.22032046456→50.6556463757 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1043 0 39 27 1109
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002987174105971079
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.540382658031450
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0338872290032166
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00393533657359190
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.7635330194661
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.22032046456-2.44380.3795227554891270.3204595679442415X-RAY DIFFRACTION99.6862745098
2.4438-2.79730.3242362923971360.2788129257312429X-RAY DIFFRACTION99.7278382582
2.7973-3.52420.313545501131220.2665035342982477X-RAY DIFFRACTION100
3.5242-3.52420.22650558011620.2225663859542603X-RAY DIFFRACTION99.9638467101
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.40899266467 Å / Origin y: 41.0463426487 Å / Origin z: -1.1337065775 Å
111213212223313233
T0.301678761017 Å20.0108171956556 Å20.0547187548281 Å2-0.551426490284 Å20.0503803628688 Å2--0.415049127359 Å2
L3.70502464954 °20.0241551711648 °2-0.418824587851 °2-1.95764026035 °20.493708386598 °2--1.46269583962 °2
S0.0516673517366 Å °-0.113429748602 Å °-0.114620044656 Å °0.0191326214981 Å °-0.0850442889679 Å °0.0816008080312 Å °0.103426894527 Å °-0.299880629285 Å °-0.0137227483602 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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