+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ads | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Orf virus Apoptosis inhibitor ORFV125 | ||||||
![]() | Apoptosis inhibitor | ||||||
![]() | APOPTOSIS / Orf virus / Bcl-2 / ITC | ||||||
機能・相同性 | membrane / metal ion binding / Apoptosis inhibitor![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Suraweera, C.D. / Hinds, M.G. / Kvansakul, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of ORFV125 provide insight into orf virus-mediated inhibition of apoptosis. 著者: Suraweera, C.D. / Hinds, M.G. / Kvansakul, M. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 111.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 72.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 432.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 433.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 16160.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 5種, 45分子 ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | ChemComp-NA / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-MG / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.93 % / 解説: Thick diamond shape |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Sodium citrate tribasic dehydrate 0.02M magnesium chloride 0.1M Bis tris propane 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.22→50.66 Å / Num. obs: 10487 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.2 % / Biso Wilson estimate: 54.1483471542 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 14.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.22→2.29 Å / Rmerge(I) obs: 0.1 / Num. unique obs: 929 / CC1/2: 0.81 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: ORFV_Bax 解像度: 2.22032046456→50.6556463757 Å / SU ML: 0.254351495517 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34373156719 / 位相誤差: 35.3922298752 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 70 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.22032046456→50.6556463757 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 9.40899266467 Å / Origin y: 41.0463426487 Å / Origin z: -1.1337065775 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Selection details: all |