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- PDB-7a0y: Structure of dimeric sodium proton antiporter NhaA K300R variant,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a0y
タイトルStructure of dimeric sodium proton antiporter NhaA K300R variant, at pH 8.2, crystallized with chimeric Fab antibodies
要素
  • (chimeric antibody Fab-F6, ...) x 2
  • Na(+)/H(+) antiporter NhaA
キーワードMEMBRANE PROTEIN / sodium proton antiporter / transporter / chimeric Fab / antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium:proton antiporter activity / regulation of pH / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Na+/H+ antiporter NhaA / Na+/H+ antiporter domain superfamily / Na+/H+ antiporter 1 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / CARDIOLIPIN / PHOSPHATE ION / Na(+)/H(+) antiporter NhaA
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
Gallus gallus (ニワトリ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Fippel, A. / Mir, S.H. / Lentes, C.J. / Wirth, C. / Hunte, C.
資金援助 ドイツ, European Union, 5件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)BIOSS - EXC-294 ドイツ
German Research Foundation (DFG)CIBSS - EXC-2189 - Project ID 390939984 ドイツ
German Research Foundation (DFG)CRC - 1381 - Project ID 403222702 ドイツ
German Research Foundation (DFG)CRC - 746 ドイツ
European Communitys Seventh Framework ProgrammeEDICT - HEALTH-F4-2007-201924European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Molecular determinants for substrate uptake in electrogenic sodium/proton antiporters
著者: Fippel, A. / Mir, S.H. / Wirth, C. / Gross, N.M. / Lentes, C.J. / Bialas, E. / Frank, F. / Ulbrich, M.H. / Andrade, S.L.A. / Kulik, A. / Hunte, C.
履歴
登録2020年8月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Na(+)/H(+) antiporter NhaA
B: Na(+)/H(+) antiporter NhaA
C: chimeric antibody Fab-F6, heavy chain,chimeric antibody Fab-F6, heavy chain
D: chimeric antibody Fab-F6, light chain,chimeric antibody Fab-F6, light chain
E: chimeric antibody Fab-F6, heavy chain,chimeric antibody Fab-F6, heavy chain
F: chimeric antibody Fab-F6, light chain,chimeric antibody Fab-F6, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,54019
ポリマ－185,4926
非ポリマー5,04713
水2,648147
1
A: Na(+)/H(+) antiporter NhaA
B: Na(+)/H(+) antiporter NhaA
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, assessed by SEC-MALLS (Lentes, C. J. et al. Molecular characterization of the Na+/H+-antiporter NhaA from Salmonella Typhimurium. PloS one 9, e101575, doi:10.1371/journal.pone.0101575 (2014))
  • 93 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,00011
ポリマ－88,0952
非ポリマー4,9059
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7090 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area32940 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19370 Å2
ΔGint-145 kcal/mol
Surface area65970 Å2
手法PISA
3
C: chimeric antibody Fab-F6, heavy chain,chimeric antibody Fab-F6, heavy chain
D: chimeric antibody Fab-F6, light chain,chimeric antibody Fab-F6, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8055
ポリマ－48,6992
非ポリマー1063
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3830 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area18590 Å2
手法PISA
4
E: chimeric antibody Fab-F6, heavy chain,chimeric antibody Fab-F6, heavy chain
F: chimeric antibody Fab-F6, light chain,chimeric antibody Fab-F6, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7343
ポリマ－48,6992
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3980 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area18900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.036, 91.681, 138.287
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.076, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Na(+)/H(+) antiporter NhaA / Sodium/proton antiporter NhaA


分子量: 44047.324 Da / 分子数: 2 / 変異: K300R / 由来タイプ: 組換発現
詳細: K300R variant of NhaA and 5 additional residues at the N-terminus (NLGIL)
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
遺伝子: nhaA, STM0039 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): NM554 / 参照: UniProt: Q8ZRZ3

-
抗体 , 2種, 4分子 CEDF

#2: 抗体 chimeric antibody Fab-F6, heavy chain,chimeric antibody Fab-F6, heavy chain


分子量: 26305.029 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: chimeric Fab with avian VH and human CH1 regions,chimeric Fab with avian VH and human CH1 regions
由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): JM83
#3: 抗体 chimeric antibody Fab-F6, light chain,chimeric antibody Fab-F6, light chain


分子量: 22393.760 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: chimeric Fab with avian VL and human CL regions,chimeric Fab with avian VL and human CL regions
由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): JM83

-
非ポリマー , 7種, 160分子

#4: 化合物 ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#5: 化合物 ChemComp-3PH / 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / PHOSPHATIDIC ACID


分子量: 704.998 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H77O8P
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#9: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.8 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 100 mM Tris-HCl pH 8.2, 50 mM BaCl2, 50 mM CaCl2, 30 % PEG400, 0.1 mM 2-aminoperimidine

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.968 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.968 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→24.74 Å / Num. obs: 57756 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 56.88 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.186 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.45→2.77 Å / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 1.854 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2890 / CC1/2: 0.496 / % possible all: 70.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHENIX1.13_2998精密化
STARANISOデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7A0W

7a0w


解像度: 2.45→24.74 Å / SU ML: 0.2856 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.1039 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2414 1746 3.02 %
Rwork0.2034 56006 -
obs0.2046 57752 59.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 73.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→24.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11897 0 198 147 12242
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001612422
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.434416905
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391974
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00362098
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.86227318
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.530.388730.304270X-RAY DIFFRACTION2.83
2.53-2.640.2415270.3093766X-RAY DIFFRACTION8.21
2.64-2.760.3439420.30561526X-RAY DIFFRACTION16.26
2.76-2.90.31931040.29552764X-RAY DIFFRACTION29.6
2.9-3.080.2971710.26825050X-RAY DIFFRACTION53.85
3.08-3.320.282310.25127722X-RAY DIFFRACTION82.15
3.32-3.650.25373070.21499363X-RAY DIFFRACTION99.59
3.65-4.180.24932940.18429435X-RAY DIFFRACTION100
4.18-5.260.20892960.16239447X-RAY DIFFRACTION100
5.26-24.740.22782710.21179663X-RAY DIFFRACTION99.95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.020234586360.1449629409451.06517851151.58238811923-0.6042148342951.65584065898-0.04885919020190.8738178869150.0384438320353-0.2567697501210.102975361797-0.3758434225750.01601800107830.253616241218-0.05211241213460.5742857529690.06497891851350.09377670785190.809357834388-0.118937798090.30017829575113.12874537552.0419229589131.386062569
22.612742464750.0738050151092-1.440201788393.576802071821.129509254185.470223097760.0005302771673321.13382243829-0.153662512132-1.04343503732-0.105065498226-0.6684605091660.3662805488230.7475456695030.164935914130.6538863805190.1284366040450.1788642284381.00445856186-0.1106867467010.60216610161123.7377062534-1.8111773304328.4736314423
32.01337345917-1.06185136362-0.9078576669651.181695879180.4360882029630.413392963957-0.03660817323260.124862507683-0.774853596806-0.2396984745880.192733539478-0.471435120719-0.0994081865583-0.273961629116-0.1150799098760.787182454858-0.03516789724750.1589807674291.02333883422-0.3096617270930.6200085850770.686069596869-15.053665212829.3226787861
40.696277362177-0.03531862334450.1013709618720.520343949217-0.2020583518241.304207591570.05256223468530.868423290216-0.109240418881-0.525450901097-0.111070369115-0.408317962513-0.04762161601820.207088150511-0.008539330327920.6387905242810.07221200798940.2017432809190.938467074602-0.1189000480030.42316522087314.4417232169-1.538281066225.9756017425
50.719683102727-0.594262646576-0.7448509693363.976704048170.3184046916383.09567031282-0.1076531679271.0628535566-0.224787365741-0.889868171174-0.0458490843254-0.723463949497-0.1545375036990.7595400206740.1302045197510.487079755975-0.01665800201290.1646199520211.0528774381-0.08477185738710.45866525642827.60323757781.8360376002630.6983747138
62.667959369741.23126715152-1.856289319674.52176671737-0.975714036011.29670065943-0.1173218165080.688450563248-0.602240177840.311505288322-0.1948333092170.3173719800160.926436690034-0.2811674192450.386267366790.5963038925130.06681229375930.1138361661530.960145608134-0.1846548608240.47537997274-22.9403365921-6.1474454826626.0477522327
71.28898815319-0.916023512468-1.031196592340.7871374984580.5128481304581.04402283389-0.1182044049711.171836953460.0962879201695-0.544622892219-0.194729411230.304923795908-0.26315407821-0.184845199730.2172090483580.9489142982520.0620088427901-0.09749231724011.596912805510.1302938323550.345139720967-26.578874831711.08861824311.5765170465
82.44750610112-0.190397979452-0.6082230573286.035945914822.267660133633.20355733240.2044051359380.8145522059390.792956087287-0.54293563988-0.269156692346-0.0800131492876-0.5286559106410.2206272086940.07193828573120.8159393819210.00465776431032-0.03065316088541.037582867710.1845392289040.326600349818-8.097575117219.214057504620.8134192056
90.966342617975-0.01540723031490.01880804835051.35297104035-0.02231488879221.90680492495-0.0666253855321.26497725990.307809733515-0.872857100093-0.1287604384660.109510363537-0.204479824137-0.4049892553410.1504946947781.029379837950.0570425709177-0.0541941462191.55357401181-0.03389800057370.254488627709-26.85850359418.0426934838210.7826438367
100.03820090092160.0552963229602-0.389795756230.7668349953831.050971408617.126625986730.2160693390431.082117492490.0298571119321-0.6842988908460.1230760243780.167421140421.44078580224-0.550387161619-0.2940951858350.905121538065-0.0425626912911-0.06141189926261.30800146599-0.1556472414240.343628048044-37.1687985776-0.86120054109711.7910180526
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 12 through 116 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 117 through 171 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 172 through 200 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 201 through 313 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 314 through 383 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 11 through 52 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 53 through 173 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 174 through 218 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 219 through 354 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 355 through 383 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 1 through 44 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 45 through 60 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 61 through 112 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 113 through 128 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 129 through 152 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 153 through 166 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 167 through 223 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 1 through 109 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 110 through 146 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 147 through 184 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 185 through 207 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 1 through 112 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 113 through 223 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 1 through 98 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 99 through 109 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 110 through 209 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る