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- PDB-7a0x: Structure of dimeric sodium proton antiporter NhaA, at pH 6.0, cr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a0x
タイトルStructure of dimeric sodium proton antiporter NhaA, at pH 6.0, crystallized with chimeric Fab antibodies
要素
  • (chimeric antibody Fab-F6, ...) x 2
  • Na(+)/H(+) antiporter NhaA
キーワードMEMBRANE PROTEIN / sodium proton antiporter / transporter / antibody / chimeric Fab
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium:proton antiporter activity / regulation of pH / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Na+/H+ antiporter NhaA / Na+/H+ antiporter domain superfamily / Na+/H+ antiporter 1 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / CARDIOLIPIN / PHOSPHATE ION / Na(+)/H(+) antiporter NhaA
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
Gallus gallus (ニワトリ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Fippel, A. / Lentes, C.J. / Mir, S.H. / Wirth, C. / Hunte, C.
資金援助 ドイツ, European Union, 5件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)BIOSS - EXC-294 ドイツ
German Research Foundation (DFG)CIBSS - EXC-2189 - Project ID 390939984 ドイツ
German Research Foundation (DFG)CRC - 1381 - Project ID ID 403222702 ドイツ
German Research Foundation (DFG)CRC - 746 ドイツ
European Communitys Seventh Framework ProgrammeEDICT - HEALTH-F4-2007-201924European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Molecular determinants for substrate uptake in electrogenic sodium/proton antiporters
著者: Fippel, A. / Mir, S.H. / Wirth, C. / Gross, N.M. / Lentes, C.J. / Bialas, E. / Frank, F. / Ulbrich, M.H. / Andrade, S.L.A. / Kulik, A. / Hunte, C.
履歴
登録2020年8月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Na(+)/H(+) antiporter NhaA
B: Na(+)/H(+) antiporter NhaA
C: chimeric antibody Fab-F6, heavy chain,chimeric antibody Fab-F6, heavy chain,chimeric antibody Fab-F6, heavy chain,chimeric antibody Fab-F6, heavy chain
D: chimeric antibody Fab-F6, light chain,chimeric antibody Fab-F6, light chain,chimeric antibody Fab-F6, light chain,chimeric antibody Fab-F6, light chain
E: chimeric antibody Fab-F6, heavy chain,chimeric antibody Fab-F6, heavy chain,chimeric antibody Fab-F6, heavy chain,chimeric antibody Fab-F6, heavy chain
F: chimeric antibody Fab-F6, light chain,chimeric antibody Fab-F6, light chain,chimeric antibody Fab-F6, light chain,chimeric antibody Fab-F6, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,85521
ポリマ－184,4156
非ポリマー5,44015
水3,189177
1
A: Na(+)/H(+) antiporter NhaA
B: Na(+)/H(+) antiporter NhaA
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, assessed by SEC-MALLS (Lentes, C. J. et al. Molecular characterization of the Na+/H+-antiporter NhaA from Salmonella Typhimurium. PloS one 9, e101575, doi:10.1371/journal.pone.0101575 (2014))
  • 91.9 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,92311
ポリマ－87,0172
非ポリマー4,9059
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6330 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area32990 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20390 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area65780 Å2
手法PISA
3
C: chimeric antibody Fab-F6, heavy chain,chimeric antibody Fab-F6, heavy chain,chimeric antibody Fab-F6, heavy chain,chimeric antibody Fab-F6, heavy chain
D: chimeric antibody Fab-F6, light chain,chimeric antibody Fab-F6, light chain,chimeric antibody Fab-F6, light chain,chimeric antibody Fab-F6, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7704
ポリマ－48,6992
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3900 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area19060 Å2
手法PISA
4
E: chimeric antibody Fab-F6, heavy chain,chimeric antibody Fab-F6, heavy chain,chimeric antibody Fab-F6, heavy chain,chimeric antibody Fab-F6, heavy chain
F: chimeric antibody Fab-F6, light chain,chimeric antibody Fab-F6, light chain,chimeric antibody Fab-F6, light chain,chimeric antibody Fab-F6, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1636
ポリマ－48,6992
非ポリマー4644
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4910 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area18980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.010, 91.713, 139.997
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.798, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Na(+)/H(+) antiporter NhaA / Sodium/proton antiporter NhaA


分子量: 43508.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: nhaA, STM0039 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): NM554 / 参照: UniProt: Q8ZRZ3

-
抗体 , 2種, 4分子 CEDF

#2: 抗体 chimeric antibody Fab-F6, heavy chain,chimeric antibody Fab-F6, heavy chain,chimeric antibody Fab-F6, heavy chain,chimeric antibody Fab-F6, heavy chain


分子量: 26305.029 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: chimeric Fab with an avian VH and human CH1 regions,chimeric Fab with an avian VH and human CH1 regions,chimeric Fab with an avian VH and human CH1 regions,chimeric Fab with an avian VH and human CH1 regions
由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): JM83
#3: 抗体 chimeric antibody Fab-F6, light chain,chimeric antibody Fab-F6, light chain,chimeric antibody Fab-F6, light chain,chimeric antibody Fab-F6, light chain


分子量: 22393.760 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: chimeric Fab with avian VL and human CL regions,chimeric Fab with avian VL and human CL regions,chimeric Fab with avian VL and human CL regions,chimeric Fab with avian VL and human CL regions
由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): JM83

-
非ポリマー , 8種, 192分子

#4: 化合物 ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#5: 化合物 ChemComp-3PH / 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / PHOSPHATIDIC ACID / ジステアロイルホスファチジン酸


分子量: 704.998 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H77O8P
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / DSPE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#9: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.77 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 100 mM Tris-HCl pH 8.2, 50 mM BaCl2, 50 mM CaCl2, 33 % PEG400, soaked at pH 6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→24.9 Å / Num. obs: 69454 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 20.4 % / Biso Wilson estimate: 62.04 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 2.37→2.68 Å / 冗長度: 18.6 % / Rmerge(I) obs: 2.75 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 3474 / CC1/2: 0.509 / % possible all: 64.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHENIX1.13_2998精密化
STARANISOデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7A0W

7a0w


解像度: 2.37→24.9 Å / SU ML: 0.3039 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.0628 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2412 2219 3.2 %
Rwork0.2048 67204 -
obs0.206 69423 63.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 77.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.37→24.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11849 0 222 177 12248
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001812410
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.507116884
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04021970
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00362091
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.32917305
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.37-2.450.436260.3168201X-RAY DIFFRACTION1.9
2.45-2.550.3264110.3164768X-RAY DIFFRACTION7.11
2.55-2.660.4054720.32012019X-RAY DIFFRACTION19.18
2.66-2.80.35031430.31524647X-RAY DIFFRACTION43.66
2.8-2.980.3132250.28177308X-RAY DIFFRACTION68.84
2.98-3.210.30592850.26059503X-RAY DIFFRACTION89.31
3.21-3.530.25764100.22410570X-RAY DIFFRACTION99.75
3.53-4.040.24383780.186610614X-RAY DIFFRACTION100
4.04-5.080.20233120.157510750X-RAY DIFFRACTION100
5.08-24.90.22513770.210610824X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.631721586521.401374313351.306643569562.28554800611-0.4126896956681.37499542214-0.1345558501050.7390587480630.154849277995-0.1434070751930.329830913602-0.1101242712770.05252810825240.23788870562-0.06753585581520.5498003482710.03280007601910.0453575361010.6934141963980.003220295644730.2618973480827.418796660086.732615126132.453389174
22.36252847442-0.7442999985660.6838321270312.033103487240.4771743898711.62952623260.1954358960311.43080086906-0.275179878903-0.705239302028-0.202771696976-0.4327439643110.2507836082480.7890833989630.01764341962760.648182390820.1336875580580.1975691422821.07419425091-0.2217069043540.627601712424.4545662353-5.009358273929.2397519085
32.774949249460.55257789787-1.643100159821.63837504784-0.03422751610681.023558264540.2502165986260.583343974715-1.03152176281-0.6292791276650.173959739584-0.5283637246280.4294057441120.178102747914-0.03627901937050.7852930119990.03281855862060.1446108864230.815957628068-0.2915754201420.431418373054-1.25917596801-11.927285789125.2540228623
41.411610050880.7095115331960.3403252975132.87134051490.611948475382.439330413710.167863235151.10053369749-0.164352685678-0.799561198052-0.0716837772105-0.4882628471550.1577676528880.249464401388-0.05105295508170.740749326030.1117251011060.2329982885390.8652629827-0.08792663506050.4195701401210.53100016981.4707605811525.2789108906
51.06100537939-0.08131580182030.4259147250823.091920376840.534418902752.422328892090.08745620918550.84617066282-0.24445011996-0.80052400115-0.149685584582-0.518017010685-0.1051543589141.107370606430.1428986529590.4972050737830.07910724907250.1712576304110.991400160443-0.08044945495680.4760051308428.4809346798-0.39090338885432.1238652456
63.245918824540.716726926602-0.1053863833144.531498735081.268588353530.411741445074-0.02011924573630.707027195386-0.148444038842-0.302243768741-0.0320469404536-0.0239377911703-0.06169637125080.05159196199580.1273040196810.6281299583020.04765443885180.05962360933770.937278519825-0.02657761542930.247925673858-20.25829897630.80072534126323.1389182255
70.832541713194-0.1360967922-0.8442681903960.9037208803070.5898451133824.224215722970.2261513198231.693789289650.239744591059-0.281054182562-0.3575967635020.297410286505-0.710254630779-0.3991483232770.2466134155571.00185690520.114233578413-0.18273253021.804894823750.235003201370.241890481588-31.416833036312.03820239079.09834103889
81.03905754518-0.2323343403711.188196738893.338662671331.200364494125.2310025227-0.01853329283291.165180913550.967845897498-0.53807911443-0.0311506903438-0.520827501489-0.541316113998-0.03087507042320.1084523786760.953502662604-0.03444375990410.04123053293890.943393378090.1893225635980.410336847168-8.7883837155719.285729836721.5282132799
91.840230436170.6008911750240.3904864502591.98713854923-0.07977406385172.0570355381-0.03739728750731.222101243280.225298790614-0.644913742592-0.07202452042770.034290198787-0.186121050676-0.1341349197970.07823219501891.012934348390.0826681780120.001689808938681.458152797390.09903096424080.1166763097-25.07401506157.4675862618212.8130576803
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 11 through 85 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 86 through 173 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 174 through 218 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 219 through 286 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 287 through 380 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 11 through 85 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 86 through 173 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 174 through 218 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 219 through 313 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 314 through 383 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 1 through 112 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 113 through 223 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 1 through 64 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 65 through 109 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 110 through 124 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 125 through 146 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 147 through 159 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 160 through 182 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 183 through 193 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 194 through 207 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 1 through 83 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 84 through 184 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 185 through 223 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 1 through 98 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 99 through 109 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 110 through 209 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る