PDB-7a0h: Structure of homodimeric actin capping protein alpha subunit from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7a0h

タイトル

Structure of homodimeric actin capping protein alpha subunit from Plasmodium berghei

要素

F-actin-capping protein subunit alpha

キーワード

PROTEIN BINDING / capping protein / F-actin binding / asymmetric homodimer

機能・相同性

機能・相同性情報

F-actin capping protein complex / barbed-end actin filament capping / actin binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium berghei (ネズミマラリア原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.22 Å

データ登録者

Bendes, A.A. / Kursula, P. / Kursula, I.

資金援助

フィンランド,

ノルウェー, 2件

引用

ジャーナル: Cell.Mol.Life Sci. / 年: 2022
タイトル: Structure and function of an atypical homodimeric actin capping protein from the malaria parasite.
著者: Bendes, A.A. / Kursula, P. / Kursula, I.

履歴

登録	2020年8月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7a0h.cif.gz	411 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7a0h.ent.gz	287 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7a0h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/7a0h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/7a0h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7khh-d 1dob-1 4btj-d 5utz-2 4cba-d 6l30-d 6pk1-d 4we3-2 6pk3-d 2pcb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: F-actin-capping protein subunit alpha

B: F-actin-capping protein subunit alpha

ヘテロ分子

70.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Analytical SEC retention volume and calculated MW agrees with homodimer assembly, light scattering, SEC-SLS calculated MW agrees with homodimer assembly, SAXS, SEC-SAXS ...根拠: gel filtration, Analytical SEC retention volume and calculated MW agrees with homodimer assembly, light scattering, SEC-SLS calculated MW agrees with homodimer assembly, SAXS, SEC-SAXS calculated MW, dimensions and ab initio shape agrees with homodimer assembly

単位格子

Length a, b, c (Å)	164.490, 35.168, 115.438
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.437, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 4 through 103 or resid 109...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 4 through 157 or resid 159...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	LEU	PRO	A	3 - 102
d_1	2	ens_1	HIS	LYS	A	108 - 132
d_1	3	ens_1	VAL	LYS	A	155 - 156
d_1	4	ens_1	ALA	SER	A	158 - 164
d_1	5	ens_1	LYS	CYS	A	169 - 177
d_1	6	ens_1	ASP	ASN	A	179 - 258
d_1	7	ens_1	VAL	LEU	A	260 - 285
d_2	1	ens_1	LEU	LYS	B	1 - 127
d_2	2	ens_1	ALA	CYS	B	129 - 144
d_2	3	ens_1	ASP	ASN	B	146 - 225
d_2	4	ens_1	VAL	LEU	B	227 - 252

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.878580748096, 0.115601889751, 0.46339192069), (-0.0300998949922, -0.954931985747, 0.295294596834), (0.476644380431, -0.273388195948, -0.835505253676)ベクター: -32. ...

#1: タンパク質	F-actin-capping protein subunit alpha 分子量: 34132.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium berghei (strain Anka) (ネズミマラリア原虫) 株: Anka / 遺伝子: PBANKA_1243100 / プラスミド: pNIC28-CH2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: A0A509AR49
#2: 化合物	... ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.7 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M MES, 0.133 M triammonium-citrate, 10-12% (w/v) PEG 20k, 0.5 M NDSB-195

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.22→79.65 Å / Num. obs: 61855 / % possible obs: 99.24 % / 冗長度: 40.7 % / B_iso Wilson estimate: 49.65 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.2601 / R_pim(I) all: 0.03953 / R_rim(I) all: 0.2632 / Net I/σ(I): 10.62
反射シェル	解像度: 2.22→2.299 Å / 冗長度: 8.4 % / R_merge(I) obs: 4.372 / Mean I/σ(I) obs: 0.45 / Num. unique obs: 6109 / CC_1/2: 0.29 / CC star: 0.671 / R_pim(I) all: 1.571 / R_rim(I) all: 4.657 / % possible all: 95.57

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev-3928	精密化
PHENIX	1.13-2998	モデル構築
HKL2Map	0.4c-beta	位相決定
xia2	0.5.582	データスケーリング
DIALS	1.10.4	データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.22→74.2 Å / SU ML: 0.3746 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.958
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2568	3062	4.99 %
R_work	0.2069	58357	-
obs	0.2095	61419	99.25 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 105.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.22→74.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4412	0	46	149	4607

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0159	4558
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.4744	6173
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0774	702
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0102	773
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.7913	1702

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 4.89391335778 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.22-2.25	0.4284	116	0.4196	2419	X-RAY DIFFRACTION	91.88
2.25-2.29	0.3958	125	0.4071	2628	X-RAY DIFFRACTION	98.39
2.29-2.33	0.4272	159	0.3619	2749	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.33-2.37	0.3496	133	0.3361	2633	X-RAY DIFFRACTION	99.6
2.37-2.42	0.3496	141	0.3101	2607	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.42-2.47	0.3309	122	0.2887	2722	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.47-2.52	0.3845	123	0.2947	2703	X-RAY DIFFRACTION	99.51
2.52-2.58	0.3023	139	0.2588	2568	X-RAY DIFFRACTION	99.23
2.58-2.65	0.3164	152	0.2529	2705	X-RAY DIFFRACTION	99.2
2.65-2.72	0.2288	116	0.2245	2728	X-RAY DIFFRACTION	99.03
2.72-2.8	0.295	111	0.2148	2626	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.8-2.89	0.27	155	0.199	2669	X-RAY DIFFRACTION	99.19
2.89-2.99	0.2724	115	0.2208	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.53
2.99-3.11	0.2857	186	0.224	2611	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.11-3.25	0.2614	138	0.2089	2702	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.25-3.42	0.2669	149	0.1788	2630	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.42-3.64	0.2456	162	0.1871	2680	X-RAY DIFFRACTION	99.68
3.64-3.92	0.2472	138	0.1756	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
3.92-4.31	0.2354	156	0.1774	2641	X-RAY DIFFRACTION	99.89
4.31-4.94	0.1807	145	0.1526	2666	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.94-6.22	0.2654	133	0.1959	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.93
6.22-74.2	0.2298	148	0.1957	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.68

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.73061834287	-0.271905110439	-1.47881741193	0.952768042339	-0.200385612397	2.41932333542	-0.0630819007632	-0.191387156697	0.0306350721739	-0.0408425372226	-0.0109404680043	-0.364092883889	0.00270139506016	0.616167525114	0.0639692815447	0.360772085562	-0.0236614088796	-0.0568876838818	0.490510514642	0.0289947535489	0.643050156087	43.6637848672	3.72089051057	105.51648392
2	1.40795307413	-2.60471846182	-2.91731005025	4.63283684372	5.22200385242	5.65387009517	0.120496764294	0.659277492005	-0.580054241307	-0.339014448342	-0.145222986692	0.270442319969	0.35145830088	-0.389758930224	-0.132574521337	0.866944395236	-0.000329429896797	0.0160950944141	0.804866275418	-0.1275593692	0.742736685426	23.869991089	-14.6310090454	91.7532523584
3	2.53443627742	-0.212456303694	-1.64421296864	1.12949305169	0.626352225522	5.81726124532	-0.093804478994	0.174112807803	0.0089696946136	-0.10590880516	0.0400141869265	-0.108837125249	-0.0582511790298	0.00407001819985	0.0274224352358	0.318970912852	-0.0216428875974	-0.0478573390067	0.316578356305	0.0389240976016	0.490635243227	26.106218555	7.72826287167	99.6742022524
4	2.71620806495	-1.39827824365	0.644362657877	0.830678475874	-0.221760205708	0.251569673022	0.0318178507509	0.966167207088	-0.151737121766	0.150634107487	-0.379167438013	-0.0601615460268	0.323709768745	-0.307699443539	0.2698823708	1.80550227625	0.0142284941315	0.471780168011	1.4395996109	0.160338891893	1.02642343878	57.286727834	8.53888514007	80.1876019596
5	1.48917658481	0.241271620231	1.29975889677	1.81870135824	-0.0907230991229	3.80609673264	-0.776493842413	0.335360956277	0.353213096218	-0.100484513991	0.15128058015	-0.858886650308	-0.0425885394049	1.0567013686	0.507893400994	1.32134639604	-0.249278915633	0.322574252421	2.28140461705	-0.000456822204278	1.17819418677	57.0992226355	17.0920435448	64.6067521872
6	0.513277366186	-0.363996381748	-0.792900143494	1.12261122842	-0.583952808707	1.79202699702	-0.318795968278	1.06303969974	-0.0391906358122	-0.776413967029	-0.0581980105043	-0.558159278865	-0.0156307873037	0.647440388177	0.257849569773	1.41653777509	-0.398563384885	0.192449761668	1.97104132436	0.135197180298	0.758916854331	46.2543409139	19.6669172097	55.5896795036
7	0.530114590548	-0.0574067842776	0.698639595645	1.82162813102	0.247875077981	6.18524303316	-0.511303277252	1.41611180304	-0.0584563531253	-1.31929767681	0.420332807882	-0.0558365764564	0.444282281207	-0.0663309388453	-0.0144408003963	1.0857965837	-0.294829116071	0.0272800075602	1.34777241553	-0.0153895059588	0.476212192121	32.5553426948	8.62190088784	63.3044911777

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 2 through 131 )	A	A	2 - 131	1 - 130
2	2	chain 'A' and (resid 132 through 153 )	A	A	132 - 153	131 - 152
3	3	chain 'A' and (resid 154 through 286 )	A	A	154 - 286	153 - 285
4	4	chain 'B' and (resid 4 through 34 )	B	B	4 - 34	1 - 31
5	5	chain 'B' and (resid 35 through 86 )	B	B	35 - 86	32 - 83
6	6	chain 'B' and (resid 87 through 205 )	B	B	87 - 205	84 - 171
7	7	chain 'B' and (resid 206 through 289 )	B	B	206 - 289	172 - 255

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)