[English] 日本語
Yorodumi- PDB-7a0h: Structure of homodimeric actin capping protein alpha subunit from... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7a0h | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure of homodimeric actin capping protein alpha subunit from Plasmodium berghei | |||||||||
Components | F-actin-capping protein subunit alpha | |||||||||
Keywords | PROTEIN BINDING / capping protein / F-actin binding / asymmetric homodimer | |||||||||
Function / homology | Function and homology information F-actin capping protein complex / barbed-end actin filament capping / actin binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Plasmodium berghei (eukaryote) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.22 Å | |||||||||
Authors | Bendes, A.A. / Kursula, P. / Kursula, I. | |||||||||
Funding support | Finland, Norway, 2items
| |||||||||
Citation | Journal: Cell.Mol.Life Sci. / Year: 2022 Title: Structure and function of an atypical homodimeric actin capping protein from the malaria parasite. Authors: Bendes, A.A. / Kursula, P. / Kursula, I. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7a0h.cif.gz | 406.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7a0h.ent.gz | 293.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7a0h.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7a0h_validation.pdf.gz | 347.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7a0h_full_validation.pdf.gz | 368.2 KB | Display | |
Data in XML | 7a0h_validation.xml.gz | 25.7 KB | Display | |
Data in CIF | 7a0h_validation.cif.gz | 35.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/7a0h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/7a0h | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
---|
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.878580748096, 0.115601889751, 0.46339192069), (-0.0300998949922, -0.954931985747, 0.295294596834), (0.476644380431, -0.273388195948, -0.835505253676)Vector: -32. ...NCS oper: (Code: given Matrix: (0.878580748096, 0.115601889751, 0.46339192069), Vector: |
-Components
#1: Protein | Mass: 34132.879 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Plasmodium berghei (strain Anka) (eukaryote) Strain: Anka / Gene: PBANKA_1243100 / Plasmid: pNIC28-CH2 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): RIPL / References: UniProt: A0A509AR49 #2: Chemical | ChemComp-BR / #3: Chemical | ChemComp-GOL / | #4: Chemical | ChemComp-EPE / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.7 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.1M MES, 0.133 M triammonium-citrate, 10-12% (w/v) PEG 20k, 0.5 M NDSB-195 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04-1 / Wavelength: 0.91587 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Jun 29, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91587 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.22→79.65 Å / Num. obs: 61855 / % possible obs: 99.24 % / Redundancy: 40.7 % / Biso Wilson estimate: 49.65 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.2601 / Rpim(I) all: 0.03953 / Rrim(I) all: 0.2632 / Net I/σ(I): 10.62 |
Reflection shell | Resolution: 2.22→2.299 Å / Redundancy: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 4.372 / Mean I/σ(I) obs: 0.45 / Num. unique obs: 6109 / CC1/2: 0.29 / CC star: 0.671 / Rpim(I) all: 1.571 / Rrim(I) all: 4.657 / % possible all: 95.57 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.22→74.2 Å / SU ML: 0.3746 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 32.958 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 105.81 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.22→74.2 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Type: Torsion NCS / Rms dev position: 4.89391335778 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|