PDB-6zys: Structure of IMP-1 with 2-Mercaptomethyl-thiazolidine D-syn-1b

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zys

タイトル

Structure of IMP-1 with 2-Mercaptomethyl-thiazolidine D-syn-1b

要素

Beta-lactamase IMP-1

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / antibiotic resistance / lactamase / zinc / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Serratia marcescens (霊菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8700095823 Å

データ登録者

Hinchliffe, P. / Spencer, J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2021
タイトル: 2-Mercaptomethyl-thiazolidines use conserved aromatic-S interactions to achieve broad-range inhibition of metallo-beta-lactamases.
著者: Rossi, M.A. / Martinez, V. / Hinchliffe, P. / Mojica, M.F. / Castillo, V. / Moreno, D.M. / Smith, R. / Spellberg, B. / Drusano, G.L. / Banchio, C. / Bonomo, R.A. / Spencer, J. / Vila, A.J. / Mahler, G.

履歴

登録	2020年8月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zys.cif.gz	415.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zys.ent.gz	304.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zys.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/6zys ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/6zys	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6zynC 6zyoC 6zypC 6zyqC 6zyrC 5hh4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6l3s-2 6yi4-1 4uam-3 6zyr-2 6yi4-3 5ewa-2 4uam-1 4uam-2 5ev8-4 5b3r-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase IMP-1

B: Beta-lactamase IMP-1

C: Beta-lactamase IMP-1

D: Beta-lactamase IMP-1

ヘテロ分子

103 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Beta-lactamase IMP-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
25.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Beta-lactamase IMP-1

ヘテロ分子

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25.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Beta-lactamase IMP-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Beta-lactamase IMP-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	48.7824, 77.9686, 261.906
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Beta-lactamase IMP-1 / BLAIMP / Beta-lactamase type II / Penicillinase / Class B1 Metallo-beta-lactamase IMP-1 分子量: 25300.844 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52699, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-QST / (2~{S},4~{S})-2-ethoxycarbonyl-5,5-dimethyl-2-(sulfanylmethyl)-1,3-thiazolidine-4-carboxylic acid 分子量: 279.376 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇NO₄S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 492 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.05 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M sodium cacodylate pH 6.0, 0.2 M sodium acetate, 25% PEG 8000. 1ul protein (25 mg/ml) mixed with 1 ul reagent.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.87→58.153 Å / Num. obs: 83944 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.2 % / B_iso Wilson estimate: 28.727022947 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 18.6
反射シェル	解像度: 1.87→1.91 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 4532 / CC_1/2: 0.784 / R_pim(I) all: 0.469

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692+SVN	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5HH4

5hh4

解像度: 1.8700095823→58.1529684507 Å / SU ML: 0.197803143802 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.32910924106 / 位相誤差: 21.2790522281

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.201348319116	4049	4.83508872489 %
R_work	0.174089105023	79693	-
obs	0.175417928252	83742	99.8795367532 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.0579551912 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8700095823→58.1529684507 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6863	0	88	492	7443

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011621317517	7125
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.32061608309	9678
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0883731345638	1072
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0145893801033	1206
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.4692503847	2565

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.871-1.892	0.320886012756	132	0.282784910604	2680	X-RAY DIFFRACTION	99.7516849947
1.892-1.9151	0.297188792048	121	0.269413429022	2718	X-RAY DIFFRACTION	99.7891036907
1.9151-1.9393	0.26633859343	133	0.251904467379	2708	X-RAY DIFFRACTION	99.8594024605
1.9393-1.9648	0.25947609294	121	0.228409200177	2745	X-RAY DIFFRACTION	99.791086351
1.9648-1.9918	0.279833448868	140	0.22265837063	2697	X-RAY DIFFRACTION	99.8240675581
1.9918-2.0202	0.229787478384	129	0.204393216761	2709	X-RAY DIFFRACTION	99.8241294407
2.0202-2.0504	0.234860779696	160	0.204962925324	2719	X-RAY DIFFRACTION	99.8959056211
2.0504-2.0824	0.197386618392	120	0.205192375434	2696	X-RAY DIFFRACTION	99.8581560284
2.0824-2.1166	0.215042472543	139	0.197954423662	2764	X-RAY DIFFRACTION	99.8280605227
2.1166-2.1531	0.242802262143	142	0.196163064452	2680	X-RAY DIFFRACTION	99.8231340644
2.1531-2.1922	0.210729352568	157	0.200233541623	2710	X-RAY DIFFRACTION	99.9302892994
2.1922-2.2344	0.224551829509	132	0.194251296381	2739	X-RAY DIFFRACTION	99.826147427
2.2344-2.28	0.229850631211	144	0.188380952724	2660	X-RAY DIFFRACTION	99.7864768683
2.28-2.3296	0.199088073182	149	0.188623226702	2745	X-RAY DIFFRACTION	99.7931034483
2.3296-2.3838	0.207339092689	141	0.186772943902	2695	X-RAY DIFFRACTION	99.9295278365
2.3838-2.4434	0.220992493291	147	0.181687845355	2777	X-RAY DIFFRACTION	99.795221843
2.4434-2.5094	0.269859764458	114	0.185438632173	2716	X-RAY DIFFRACTION	99.8941051888
2.5094-2.5833	0.201011884662	126	0.185274174455	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5833-2.6667	0.227691957484	121	0.177769666811	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6667-2.762	0.215265163305	144	0.176032974887	2750	X-RAY DIFFRACTION	99.9309392265
2.762-2.8725	0.213853796034	146	0.18118441051	2779	X-RAY DIFFRACTION	99.96582365
2.8725-3.0033	0.21593369581	155	0.183482217178	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0033-3.1616	0.198140176018	133	0.176368800519	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1616-3.3597	0.179119542941	150	0.168509350279	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3597-3.619	0.192497036291	137	0.161505700744	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
3.619-3.9832	0.201085334744	173	0.163113284641	2794	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9832-4.5593	0.160161706653	135	0.141870498914	2819	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5593-5.7435	0.172001582184	147	0.147833113522	2860	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7435-58.152	0.17838328431	161	0.154389321989	2998	X-RAY DIFFRACTION	99.4647355164

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.97436740338	-0.294187154599	-1.2154769902	3.87792332383	1.43959993535	4.86183484624	-0.146878769024	-0.719675724272	0.215628469962	0.752441608927	0.313273479076	-0.211065897673	0.158119793655	0.26891857015	-0.133547131071	0.404305933657	0.0259274577345	-0.0632594309427	0.266788734676	0.0354369959578	0.187914182907	65.583500337	165.239033479	304.355023091
2	2.82844629637	0.108046580646	-0.368520201788	2.85918135296	1.36451974621	2.43478212556	-0.000987564733409	-0.177293795063	0.0958892876528	0.193461727916	0.134066402964	-0.283818182475	-0.10771329943	0.269826580171	-0.100215862005	0.267233701584	0.0036513682704	-0.0204392748121	0.190030890993	-0.00174832660979	0.230526406957	67.6696539222	167.446870474	294.850220272
3	1.83743895505	-0.0654908059114	-0.228523876204	2.91797296386	0.842209166619	3.36677889335	-0.0657050430689	-0.00304087540246	-0.140892025897	0.110366254816	-0.0188734514789	0.0946275149167	0.220866410535	-0.0198998536866	0.0768785371071	0.213227334268	-0.00181808769413	0.014155249275	0.11292957633	0.0141976088135	0.188148556005	61.0513432042	160.061000119	287.223806786
4	3.57714167246	-1.25229663937	0.231365944923	3.99081703686	0.509292530153	2.50774934122	-0.392150854054	-0.368761503966	-0.389938492068	0.945166597416	0.167575650686	0.272128193358	0.634961142228	-0.239766348051	0.191596144182	0.628679491412	-0.0981258059429	0.149402056299	0.228733967442	0.0380356921578	0.41316322913	52.6630804776	148.908389338	296.886362556
5	4.14427715898	0.869137466768	1.59410008302	3.60971872088	0.11162861161	3.00246035132	-0.0772289754196	-0.765580415982	-0.413083681177	1.20769752773	0.0370754487562	0.475646009315	1.09491943316	-0.073040833725	0.114506550685	0.80150125503	-0.026761247967	0.185983694587	0.230547856149	0.1494306532	0.407402175037	57.2493695046	147.491861787	302.360739153
6	3.31728665109	-1.3930291466	-0.75989542729	3.1210978821	-0.0473151409768	2.93796218016	0.14063509505	0.355086373217	0.0998471580614	-0.451722544378	-0.159661722379	0.0474220902084	0.115240847412	0.0369685690692	0.00227473051283	0.198670492968	-0.00179182152442	-0.0119819685798	0.20826297663	-0.0148456639235	0.180189217729	59.38989451	166.650412186	253.560981861
7	2.82674147479	-1.97038509846	0.0496963001179	2.97219372178	-0.440132711149	0.733603276326	0.0167220333332	0.108964659381	0.10138912393	-0.183939033322	-0.0632003974506	0.0152655417833	0.100109136347	0.0357017505318	0.043076711508	0.134923501453	-0.0109071032409	-0.00031773318739	0.216363367684	-0.00858304589222	0.215563766705	58.7679824167	170.637506276	260.915748761
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13	2.17103889466	0.414651779774	-0.275018130712	3.48069394599	-0.263288895632	2.32822313346	0.0627893300532	0.00208093461629	0.24039485732	-0.0818730409668	-0.0214680611165	-0.31343008409	-0.553209815833	0.176458127053	-0.0221452634206	0.306880206951	-0.0526784480278	0.0241511225106	0.177438101598	-0.0251236843836	0.266883614592	55.6940650563	200.102577504	293.420074283
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20	3.944789104	0.964153549728	-0.426337456423	4.0613137129	0.204872671036	5.17849684687	0.37755989494	0.0682055786463	-0.00379497202187	0.480299394901	-0.292802132422	0.0767646912487	-0.280432127083	-0.593219583638	-0.113652321811	0.478557133715	0.0126065593426	0.00158661643719	0.593857290061	0.0713244944003	0.239264207121	46.8649859945	159.388912947	336.91362084
21	2.04847811885	1.59719263519	-0.547662759055	3.34923939413	1.42119132017	3.16655788719	0.240275628939	0.04575966288	-0.313931448288	0.437281458108	-0.244955066178	-0.409355658632	0.329182420599	0.106560588318	-0.0575182149379	0.423999228304	0.0622296947408	-0.0811061279022	0.48946610947	0.0967833343771	0.322365083959	57.0025373228	152.646408338	327.935078774
22	3.16864807429	1.07324594537	-1.43617918738	5.31702653565	0.400810300585	5.42150190586	0.256212803593	0.233114287801	-0.0748053508287	-0.0116821042651	-0.103332089601	-0.433899523379	-0.277683294698	0.409612947591	-0.174395128346	0.361632658433	0.0821350653852	-0.0478400081277	0.615665727725	0.134427644478	0.288842913107	65.1089476821	162.381184638	324.917917695
23	3.822274529	1.65850454136	-0.528517023912	5.3508786092	1.23269765952	4.2076543635	0.172294195104	0.415056211101	-0.137433621149	0.0875745768437	-0.0764112263316	-0.542356502003	-0.00291325370823	0.421631935908	-0.110988220049	0.376488942161	0.105234226233	0.00763314027636	0.604933679549	0.0983100726832	0.297812820768	64.4943722189	159.491620435	318.231437798

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 28 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 29 through 85 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 86 through 159 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 160 through 187 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 188 through 221 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 52 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 53 through 85 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 86 through 126 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 127 through 172 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 173 through 187 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 188 through 220 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 4 through 28 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 29 through 85 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 86 through 108 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 109 through 172 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 173 through 202 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 203 through 224 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 4 through 28 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 29 through 85 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 86 through 126 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 127 through 159 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 160 through 187 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 188 through 221 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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