PDB-6zyl: non-heme monooxygenase; ThoJ apo

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zyl

タイトル

non-heme monooxygenase; ThoJ apo

要素

Uncharacterized protein

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / non-heme deoxygenate / ThoJ

機能・相同性

Phytanoyl-CoA dioxygenase / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / iron ion binding / L(+)-TARTARIC ACID / Phytanoyl-CoA dioxygenase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces malaysiense (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.09 Å

データ登録者

Koehnke, J. / Sikandar, A.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Non-Heme Monooxygenase ThoJ Catalyzes Thioholgamide beta-Hydroxylation.
著者: Sikandar, A. / Lopatniuk, M. / Luzhetskyy, A. / Koehnke, J.

履歴

登録	2020年8月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年10月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zyl.cif.gz	70.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zyl.ent.gz	50.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zyl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6zyl_validation.pdf.gz	438.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zyl_full_validation.pdf.gz	439.3 KB	表示
XML形式データ	6zyl_validation.xml.gz	13.8 KB	表示
CIF形式データ	6zyl_validation.cif.gz	20 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/6zyl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/6zyl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zykC 5ncjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mjn-d 6lv1-d 5n0d-d 6azb-1 4bag-2 4jei-d 4dnq-6 7jnr-d 5hik-d 4imb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

33.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.517, 80.517, 130.144
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-635- HOH

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 33578.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces malaysiense (バクテリア) 遺伝子: VT52_024865 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1J4PXK4
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.94 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 150 mM Sodium tartrate, 28% (w/v) PEG 3350, 10% (v/v) 2.0 M NDSB-221

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.09→42.85 Å / Num. obs: 26006 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.7 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 2.09→2.15 Å / Num. unique obs: 1981 / CC_1/2: 0.788

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.18.2_3874: ???)	精密化
xia2		データ削減
SCALA		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5NCJ

5ncj

解像度: 2.09→42.85 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2072	1259	4.85 %
R_work	0.1768	-	-
obs	0.1782	25949	99.51 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.09→42.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1995	0	10	242	2247

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	2062
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.663	2813
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.198	286
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	316
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	373

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.09-2.17	0.2628	145	0.2298	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.27	0.2356	142	0.212	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.39	0.2416	149	0.1975	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.54	0.2278	112	0.1827	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.74	0.2088	147	0.1873	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-3.01	0.2359	147	0.1847	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
3.01-3.45	0.1889	133	0.1703	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-4.35	0.1805	146	0.1506	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
4.35-42.85	0.1967	138	0.1732	2906	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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