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- PDB-6zva: Crystal structure of My5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zva
タイトルCrystal structure of My5
要素Myomesin-1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / myomesin / muscle / sarcomere / fn3
機能・相同性
機能・相同性情報


extraocular skeletal muscle development / striated muscle myosin thick filament / M band / structural constituent of muscle / sarcomere organization / protein kinase A signaling / positive regulation of protein secretion / kinase binding / positive regulation of gene expression / protein homodimerization activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype ...Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Sauer, F. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Myomesin-1
著者: Sauer, F. / Wilmanns, M.
履歴
登録2020年7月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Myomesin-1
A: Myomesin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4769
ポリマ－22,8032
非ポリマー6727
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4730 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area10960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.820, 97.820, 111.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-801-

SO4

21B-801-

SO4

31A-804-

SO4

41A-804-

SO4

51A-806-

SO4

61A-806-

SO4

71A-912-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 637 through 658 or (resid 659...
21(chain B and ((resid 637 and (name N or name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALTRPTRP(chain A and (resid 637 through 658 or (resid 659...AB637 - 6587 - 28
12LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 637 through 658 or (resid 659...AB65929
13VALVALVALVAL(chain A and (resid 637 through 658 or (resid 659...AB637 - 7317 - 101
14VALVALVALVAL(chain A and (resid 637 through 658 or (resid 659...AB637 - 7317 - 101
15VALVALVALVAL(chain A and (resid 637 through 658 or (resid 659...AB637 - 7317 - 101
16VALVALVALVAL(chain A and (resid 637 through 658 or (resid 659...AB637 - 7317 - 101
21VALVALVALVAL(chain B and ((resid 637 and (name N or name...BA6377
22GLYGLYVALVAL(chain B and ((resid 637 and (name N or name...BA635 - 7315 - 101
23GLYGLYVALVAL(chain B and ((resid 637 and (name N or name...BA635 - 7315 - 101
24GLYGLYVALVAL(chain B and ((resid 637 and (name N or name...BA635 - 7315 - 101
25GLYGLYVALVAL(chain B and ((resid 637 and (name N or name...BA635 - 7315 - 101

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要素

#1: タンパク質 Myomesin-1 / 190 kDa connectin-associated protein / 190 kDa titin-associated protein / Myomesin family member 1


分子量: 11401.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYOM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52179
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.9M ammonium sulfate 0.3M trisodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→48.91 Å / Num. obs: 5931 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.68→2.81 Å / Rmerge(I) obs: 0.453 / Num. unique obs: 782 / CC1/2: 0.799

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BPV

1bpv


解像度: 2.68→46.63 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2512 582 9.82 %
Rwork0.1986 5345 -
obs0.204 5927 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 135.01 Å2 / Biso mean: 40.4278 Å2 / Biso min: 19.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.68→46.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1427 0 35 23 1485
Biso mean--87.9 30.09 -
残基数----189
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A756X-RAY DIFFRACTION18.052TORSIONAL
12B756X-RAY DIFFRACTION18.052TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.68-2.950.34751410.268713231464
2.95-3.380.26621400.217913241464
3.38-4.260.24251390.180713361475
4.26-46.630.22181620.180113621524
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.47360.1052-0.95112.1265-1.6433.48890.183-0.16240.4118-0.2150.25490.3271-0.09280.2701-0.19750.26310.0863-0.06730.3627-0.08050.2935-4.91348.509729.886
22.6634-1.457-0.39186.5002-1.19451.7318-0.1687-0.23040.14650.01210.1887-0.31810.0551-0.17640.03580.22640.0784-0.00210.32180.06410.3359-12.5288-8.150943.2283
31.52040.4281-2.47850.40920.24317.1025-0.05670.22810.31650.0642-0.81541.5619-0.4-1.43990.25150.29460.05160.05560.2898-0.11260.7172-27.4086-1.19638.6546
43.9664-1.0760.76262.9756-1.49085.47370.0943-0.05080.1795-0.2053-0.1587-0.18730.62550.09280.03120.19090.0237-0.00310.27710.04220.273-8.8495-4.446236.7985
53.9121.7396-3.20021.5655-0.71243.25210.21220.53221.03470.35490.50331.1234-0.8084-0.6433-0.02460.25910.1158-0.01730.65720.03330.6085-15.64958.354331.0834
62.113-1.6007-0.34036.895-1.20523.1680.0967-0.24310.07230.4231-0.02070.4334-0.12350.0122-0.01580.1275-0.0882-0.01290.38810.05380.2364-18.531-1.764643.278
71.73670.2282-0.63631.8669-0.68051.7369-0.0298-0.20780.17480.2810.09620.1197-0.3490.0571-0.07730.16380.0098-0.06590.34640.02510.2512-10.54335.054339.1589
83.43160.3796-0.96122.63780.40893.6295-0.15870.1774-0.0841-0.07290.09490.0073-0.18350.1779-0.06230.23460.04250.07330.28430.02980.24658.66511.862817.7844
98.2755-4.75013.99393.7565-1.60742.3850.2875-0.96851.5188-0.0967-0.1699-0.6558-0.5468-0.692-0.82630.08250.02570.15340.49450.06930.52048.603827.542722.9564
108.21291.2414-1.86155.5816-6.56397.7380.5827-0.5997-0.17670.6927-1.1165-0.5351-0.18660.3936-0.29330.13750.003-0.02860.35510.14360.33287.881410.74428.1549
116.89-5.3309-7.25715.02264.96928.18740.0651-0.0384-0.882-0.280.3491-0.46810.2613-0.89010.02340.3450.0369-0.01390.4229-0.09420.2831.42677.731520.1117
122.12181.84050.49812.0653-0.62484.1737-0.011-0.04510.37870.20420.32140.174-0.2870.0943-0.26670.26220.06090.03920.1873-0.01340.34733.574118.104923.8476
133.3804-3.951-4.21797.65743.18677.95080.49730.09860.4148-0.7551-0.0473-1.4196-0.1036-0.0622-0.1920.3654-0.05280.06360.25670.01310.47856.193119.59317.0504
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 637:663)A637 - 663
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 664:677)A664 - 677
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 678:684)A678 - 684
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 685:697)A685 - 697
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 698:704)A698 - 704
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 705:731)A705 - 731
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 635:657)B635 - 657
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 658:677)B658 - 677
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 678:683)B678 - 683
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 684:692)B684 - 692
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 693:698)B693 - 698
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 699:717)B699 - 717
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 718:731)B718 - 731

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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