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- PDB-6zsr: Crystal structure of the Cisplatin beta-Lactoglobulin adduct form... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zsr
タイトルCrystal structure of the Cisplatin beta-Lactoglobulin adduct formed after 72 h of soaking
要素Beta-lactoglobulin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Complex / Drug delivery system / Cisplatin
機能・相同性
機能・相同性情報


retinol binding / long-chain fatty acid binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactoglobulin / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
AMMONIA / : / Beta-lactoglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.005 Å
データ登録者Balasco, N. / Ferraro, G. / Merlino, A.
引用ジャーナル: Dalton Trans / 年: 2020
タイトル: Cisplatin binding to beta-lactoglobulin: a structural study.
著者: Balasco, N. / Ferraro, G. / Loreto, D. / Iacobucci, I. / Monti, M. / Merlino, A.
履歴
登録2020年7月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Beta-lactoglobulin
BBB: Beta-lactoglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,80411
ポリマ－36,6022
非ポリマー1,2029
水3,441191
1
AAA: Beta-lactoglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7084
ポリマ－18,3011
非ポリマー4073
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
BBB: Beta-lactoglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0967
ポリマ－18,3011
非ポリマー7946
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.620, 48.800, 49.180
Angle α, β, γ (deg.)70.270, 68.490, 76.990
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン: (詳細: Chains AAA BBB)

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactoglobulin / Beta-LG


分子量: 18301.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P02754
#2: 化合物 ChemComp-NH3 / AMMONIA / アンモニア


分子量: 17.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NH3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION


分子量: 195.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: Crystals of beta-Lactoglobulin were grown using 3.0 M (NH4)2SO4, 0.1 M sodium/potassium phosphate buffer pH 6.9 as reservoir. Protein crystallizes at a concentration of 18 mg/mL. Crystals of ...詳細: Crystals of beta-Lactoglobulin were grown using 3.0 M (NH4)2SO4, 0.1 M sodium/potassium phosphate buffer pH 6.9 as reservoir. Protein crystallizes at a concentration of 18 mg/mL. Crystals of beta-Lactoglobulin were soaked in a solution consisting of 3.0 M (NH4)2SO4, 0.1 M sodium/potassium phosphate buffer (pH 6.9) with 5 mM CDDP (about 1:3 protein to metal ratio).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2020年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→43.91 Å / Num. obs: 17566 / % possible obs: 86 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2→2.06 Å / Rmerge(I) obs: 0.235 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 1251 / CC1/2: 0.89 / % possible all: 83.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BEB

1beb


解像度: 2.005→23.295 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / WRfactor Rfree: 0.29 / WRfactor Rwork: 0.201 / SU B: 6.448 / SU ML: 0.181 / Average fsc free: 0.8532 / Average fsc work: 0.8932 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.387 / ESU R Free: 0.274 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2834 782 4.999 %
Rwork0.1984 14861 -
all0.203 --
obs-15643 76.633 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 22.458 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.244 Å2-0.094 Å20.692 Å2
2--0.809 Å21.641 Å2
3---0.365 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.005→23.295 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2556 0 17 191 2764
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0132651
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172537
X-RAY DIFFRACTIONr_ext_dist_refined_d0.2110.017
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5571.6433603
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2341.5775947
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7765331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.64225.932118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.98615512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.134156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2356
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022890
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02448
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.2513
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1890.22508
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1530.21215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0780.21277
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1970.2141
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0420.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2370.242
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.220.2100
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1830.230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9892.251312
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9872.2441311
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2863.3481644
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.2853.3551645
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0622.5671339
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0322.551331
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3883.7621962
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.3323.7351948
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.76427.2412827
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.7427.2232803
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.1440.054771
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.005-2.0560.255260.207522X-RAY DIFFRACTION36.6065
2.056-2.1130.341330.217676X-RAY DIFFRACTION48.2641
2.113-2.1740.316350.204799X-RAY DIFFRACTION57.9569
2.174-2.2410.326500.197901X-RAY DIFFRACTION68.6147
2.241-2.3140.301530.215986X-RAY DIFFRACTION78.5336
2.314-2.3950.315650.2091051X-RAY DIFFRACTION85.5172
2.395-2.4850.381670.2141034X-RAY DIFFRACTION85.7477
2.485-2.5860.396560.223976X-RAY DIFFRACTION85.8569
2.586-2.7010.35520.223953X-RAY DIFFRACTION86.5633
2.701-2.8320.286340.227906X-RAY DIFFRACTION86.2385
2.832-2.9840.314460.205879X-RAY DIFFRACTION87.3466
2.984-3.1640.267500.191821X-RAY DIFFRACTION87.2746
3.164-3.3820.243410.192787X-RAY DIFFRACTION87.5264
3.382-3.6510.286370.189716X-RAY DIFFRACTION86.5517
3.651-3.9970.246320.188682X-RAY DIFFRACTION88.1481
3.997-4.4640.267320.176612X-RAY DIFFRACTION88.3402
4.464-5.1450.192340.174531X-RAY DIFFRACTION88.9764
5.145-6.280.296160.207475X-RAY DIFFRACTION88.6282
6.28-8.7920.219160.178357X-RAY DIFFRACTION90.0966
8.792-23.2950.27970.193197X-RAY DIFFRACTION85.3557

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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