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- PDB-6zpy: Structure of Arabinose-Bound MgGH51 a-L-Arabinofuranosidase Cryst... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zpy
タイトルStructure of Arabinose-Bound MgGH51 a-L-Arabinofuranosidase Crystal Type 1
要素MgGH51
キーワードHYDROLASE / arabinofuranosidse / glycosidase / GH51 / arabinose
機能・相同性alpha-L-arabinofuranose / NITRATE ION
機能・相同性情報
生物種Meripilus giganteus (トンビマイタケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.27 Å
データ登録者McGregor, N.G.S. / Davies, G.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R001162/1 英国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Structure of a GH51 alpha-L-arabinofuranosidase from Meripilus giganteus: conserved substrate recognition from bacteria to fungi.
著者: McGregor, N.G.S. / Turkenburg, J.P. / Morkeberg Krogh, K.B.R. / Nielsen, J.E. / Artola, M. / Stubbs, K.A. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J.
履歴
登録2020年7月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: MgGH51
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,98111
ポリマ－67,6881
非ポリマー2,29310
水14,736818
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3680 Å2
ΔGint23 kcal/mol
Surface area22300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.708, 65.043, 174.122
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質 MgGH51


分子量: 67687.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Meripilus giganteus (トンビマイタケ)
発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase

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糖 , 3種, 5分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-AHR / alpha-L-arabinofuranose / alpha-L-arabinose / L-arabinose / arabinose / α-L-アラビノフラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
LArafaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-arabinofuranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-ArafIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
AraSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 823分子

#5: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 818 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10 mg/mL MgGH51 in 10 mM NaOAc, pH 5.5, 100 mM NaCl mixed 2:1 with 20% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris-HCl, pH 6.5, 0.2 M NaNO3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9119 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9119 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.27→65.04 Å / Num. obs: 176357 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 11.14 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 1.27→1.29 Å / 冗長度: 7.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 8584 / CC1/2: 0.764 / Rpim(I) all: 0.374 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ZPS

6zps


解像度: 1.27→56.544 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 2.265 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.043 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1788 8652 4.91 %
Rwork0.1394 167555 -
all0.141 --
obs-176207 98.391 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 14.949 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.47 Å2-0 Å20 Å2
2--0.705 Å2-0 Å2
3----0.235 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.27→56.544 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4775 0 150 818 5743
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0135157
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174440
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8331.6857095
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6411.59210349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1925652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.10323.402241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.61615695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0861518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2725
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.025883
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021107
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.21079
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1840.24589
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1870.22618
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0890.22576
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1360.2625
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.0330.26
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1350.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1460.241
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.51.4022545
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.51.4012544
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7452.1193191
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.7452.1193192
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2261.6052612
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2141.6022597
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5682.3533895
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.5512.3483881
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it2.80118.9056202
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other2.51718.0455960
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.02439597
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.27-1.3030.3065930.29312126X-RAY DIFFRACTION96.8476
1.303-1.3390.2556160.25411793X-RAY DIFFRACTION97.2187
1.339-1.3770.2446340.22611492X-RAY DIFFRACTION97.4132
1.377-1.420.2216110.19711176X-RAY DIFFRACTION97.5099
1.42-1.4660.2265960.1810900X-RAY DIFFRACTION98.0553
1.466-1.5180.2025370.15710543X-RAY DIFFRACTION97.9491
1.518-1.5750.1895090.1310298X-RAY DIFFRACTION98.0494
1.575-1.6390.1654850.129860X-RAY DIFFRACTION98.402
1.639-1.7120.1695250.1079455X-RAY DIFFRACTION98.2961
1.712-1.7960.1624650.1039144X-RAY DIFFRACTION99.1129
1.796-1.8930.1614440.1118689X-RAY DIFFRACTION98.7992
1.893-2.0080.1813980.1328287X-RAY DIFFRACTION99.0647
2.008-2.1470.1744500.1137758X-RAY DIFFRACTION99.3464
2.147-2.3180.1813830.1347257X-RAY DIFFRACTION99.4533
2.318-2.540.1513560.1066702X-RAY DIFFRACTION99.6893
2.54-2.8390.1612980.1136183X-RAY DIFFRACTION99.8306
2.839-3.2790.1572460.1325457X-RAY DIFFRACTION99.8599
3.279-4.0150.1722110.1464680X-RAY DIFFRACTION99.9387
4.015-5.6770.1461930.1243632X-RAY DIFFRACTION99.9216
5.677-56.5440.2261020.1922123X-RAY DIFFRACTION99.4191

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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