PDB-6zn1: Trehalose transferase bound to alpha-D-glucopyranosyl-beta-galact...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zn1

タイトル

Trehalose transferase bound to alpha-D-glucopyranosyl-beta-galactopyranose from Thermoproteus uzoniensis

要素

Trehalose phosphorylase/synthase

キーワード

TRANSFERASE / trehalose transferase / retaining glycosyltransferase / glycosidic bond formation

機能・相同性

機能・相同性情報

glycosyltransferase activity / glucose metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermoproteus uzoniensis (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Bento, I. / Mestrom, L. / Marsden, S.R. / van der Eijk, H. / Laustsen, J.U. / Jeffries, C.M. / Svergun, D.I. / Hagedoorn, P.-H. / Hanefeld, U.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: ACS Catal / 年: 2020
タイトル: Anomeric Selectivity of Trehalose Transferase with Rare l-Sugars.
著者: Mestrom, L. / Marsden, S.R. / van der Eijk, H. / Laustsen, J.U. / Jeffries, C.M. / Svergun, D.I. / Hagedoorn, P.L. / Bento, I. / Hanefeld, U.

履歴

登録	2020年7月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zn1.cif.gz	175.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zn1.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zn1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6zn1_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zn1_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6zn1_validation.xml.gz	17.6 KB	表示
CIF形式データ	6zn1_validation.cif.gz	24.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/6zn1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/6zn1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zj4C 6zj7C 6zjhC 6zmzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7c0l-2 2f3e-3 6sax-1 6lcf-2 5dbu-3 5qd7-2 7c0t-2 7c0r-2 2vj6-d 7c0y-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (2) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Trehalose phosphorylase/synthase

ヘテロ分子

46.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization, size-exclusion chromatography

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.010, 68.771, 110.868
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Trehalose phosphorylase/synthase 分子量: 45503.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoproteus uzoniensis (古細菌) / 遺伝子: TUZN_0976 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2L613

-
糖 , 2種, 2分子

#4: 糖

ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#5: 糖

ChemComp-GIV / beta-L-galactopyranose / beta-L-galactose / L-galactose / galactose / β-L-ガラクトピラノ-ス

タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
LGalpb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
b-L-galactopyranose	COMMON NAME	GMML 1.0
b-L-Galp	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
Gal	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 150分子

#2: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: CNS
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.87 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.6 詳細: Bis-Tris Propane, PEG 3350, potassium thiocyanide, PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月24日
放射	モノクロメーター: DCM Oxford-FMB / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→60 Å / Num. obs: 47789 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.4 % / B_iso Wilson estimate: 34.46 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 24.36
反射シェル	解像度: 1.75→1.81 Å / R_merge(I) obs: 1.568 / Mean I/σ(I) obs: 1.47 / Num. unique obs: 4717 / CC_1/2: 0.69 / % possible all: 99.94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: apo-Tret

解像度: 1.75→58.509 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / WR_factor R_free: 0.242 / WR_factor R_work: 0.204 / SU B: 3.086 / SU ML: 0.096 / Average fsc free: 0.889 / Average fsc work: 0.9015 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.114 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2345	2329	4.874 %
R_work	0.2021	45460	-
all	0.204	-	-
obs	-	47789	99.985 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.646 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.109 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.346 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.238 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→58.509 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3210	0	56	143	3409

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	3349
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3237
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.309	1.65	4523
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.202	1.584	7457
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.556	5	401
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.806	21.326	181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.953	15	574
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.47	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	428
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3686
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	760
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	624
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.172	0.2	2974
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.16	0.2	1566
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.072	0.2	1581
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	168
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.198	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.3	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.39	4.004	1605
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.384	3.998	1600
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.628	5.995	2000
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.627	5.997	2001
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.618	4.356	1744
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.617	4.356	1745
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.095	6.38	2522
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.094	6.381	2523
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.99	46.135	3624
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.99	46.14	3625

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.795	0.341	199	0.311	3292	X-RAY DIFFRACTION	100
1.795-1.845	0.295	150	0.292	3255	X-RAY DIFFRACTION	99.9706
1.845-1.898	0.288	178	0.265	3107	X-RAY DIFFRACTION	99.9696
1.898-1.957	0.273	152	0.246	3070	X-RAY DIFFRACTION	100
1.957-2.021	0.281	148	0.248	2960	X-RAY DIFFRACTION	100
2.021-2.092	0.288	167	0.234	2870	X-RAY DIFFRACTION	100
2.092-2.171	0.276	137	0.231	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
2.171-2.259	0.248	115	0.215	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.259-2.36	0.217	139	0.206	2574	X-RAY DIFFRACTION	99.9632
2.36-2.475	0.238	124	0.212	2446	X-RAY DIFFRACTION	100
2.475-2.608	0.301	119	0.215	2335	X-RAY DIFFRACTION	100
2.608-2.767	0.228	102	0.212	2247	X-RAY DIFFRACTION	100
2.767-2.957	0.296	110	0.214	2086	X-RAY DIFFRACTION	100
2.957-3.194	0.253	87	0.225	1984	X-RAY DIFFRACTION	99.9517
3.194-3.499	0.238	100	0.209	1790	X-RAY DIFFRACTION	100
3.499-3.911	0.238	78	0.183	1655	X-RAY DIFFRACTION	100
3.911-4.515	0.173	63	0.166	1481	X-RAY DIFFRACTION	100
4.515-5.528	0.174	60	0.162	1274	X-RAY DIFFRACTION	100
5.528-7.808	0.232	68	0.183	970	X-RAY DIFFRACTION	99.9038
7.808-58	0.167	33	0.173	588	X-RAY DIFFRACTION	99.679

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