PDB-5dbu: Crystal structure of 2-deoxyribose-5-phosphate aldolase (1-220) f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dbu

タイトル

Crystal structure of 2-deoxyribose-5-phosphate aldolase (1-220) from Streptococcus suis

要素

Deoxyribose-phosphate aldolase

キーワード

LYASE / 2-deoxyribose-5-phosphate aldolase / Streptococcus

機能・相同性

機能・相同性情報

deoxyribose-phosphate aldolase / deoxyribose-phosphate aldolase activity / 2-deoxyribose 1-phosphate catabolic process / deoxyribonucleotide catabolic process / carbohydrate catabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus suis GZ1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.797 Å

データ登録者

Cao, T.-P. / Choi, J.M. / Lee, S.H.

資金援助

韓国, 2件

引用

ジャーナル: J. Microbiol. / 年: 2016
タイトル: Structural insight for substrate tolerance to 2-deoxyribose-5-phosphate aldolase from the pathogen Streptococcus suis
著者: Cao, T.-P. / Kim, J.-S. / Woo, M.-H. / Choi, J.M. / Jun, Y. / Lee, K.H. / Lee, S.H.

履歴

登録	2015年8月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dbu.cif.gz	963.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dbu.ent.gz	812.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dbu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/5dbu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/5dbu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dbtC 3ng3S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5dbt-6 1vcv-d 2om2-1 7khn-d 6msw-3 4i59-3 5dbt-2 2r3v-4 2yg7-2 1emk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Deoxyribose-phosphate aldolase

B: Deoxyribose-phosphate aldolase

C: Deoxyribose-phosphate aldolase

D: Deoxyribose-phosphate aldolase

E: Deoxyribose-phosphate aldolase

F: Deoxyribose-phosphate aldolase

G: Deoxyribose-phosphate aldolase

H: Deoxyribose-phosphate aldolase

I: Deoxyribose-phosphate aldolase

J: Deoxyribose-phosphate aldolase

K: Deoxyribose-phosphate aldolase

L: Deoxyribose-phosphate aldolase

M: Deoxyribose-phosphate aldolase

303 kDa, 13 ポリマー
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1

A: Deoxyribose-phosphate aldolase

B: Deoxyribose-phosphate aldolase

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46.6 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Deoxyribose-phosphate aldolase

D: Deoxyribose-phosphate aldolase

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3

E: Deoxyribose-phosphate aldolase

F: Deoxyribose-phosphate aldolase

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4

G: Deoxyribose-phosphate aldolase

H: Deoxyribose-phosphate aldolase

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5

I: Deoxyribose-phosphate aldolase

J: Deoxyribose-phosphate aldolase

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6

K: Deoxyribose-phosphate aldolase

L: Deoxyribose-phosphate aldolase

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7

M: Deoxyribose-phosphate aldolase

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単位格子

Length a, b, c (Å)	192.816, 107.134, 180.966
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.50, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Deoxyribose-phosphate aldolase / DERA / 2-deoxy-D-ribose 5-phosphate aldolase / Phosphodeoxyriboaldolase 分子量: 23278.330 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus suis GZ1 (バクテリア) 株: GZ1 / 遺伝子: deoC / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: D5AHU8, deoxyribose-phosphate aldolase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 100mM Na citrate, 200mM Na phosphate monobasic monohydrate, 20% Peg 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月11日
放射	モノクロメーター: DCM Si (111) Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 84890 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.114 / R_sym value: 0.114 / Net I/σ(I): 31.729
反射シェル	解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.464 / Mean I/σ(I) obs: 3.73 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
MOLREP	11	位相決定
Coot	0.7	モデル構築
HKL-2000		data processing

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3NG3

3ng3

解像度: 2.797→38.311 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2783	4240	5 %	Random
R_work	0.2225	-	-	-
obs	0.2253	84767	99.22 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.797→38.311 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20080	0	0	4	20084

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	20316
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.447	27506
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.918	7323
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	3355
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	3522

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7967-2.8285	0.3349	138	0.315	2346	X-RAY DIFFRACTION	87
2.8285-2.8618	0.4024	138	0.3323	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8618-2.8967	0.3838	159	0.3221	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8967-2.9333	0.3579	133	0.3265	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9333-2.9719	0.4373	132	0.3146	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9719-3.0126	0.4214	131	0.3206	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0126-3.0556	0.3697	145	0.312	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0556-3.1012	0.3388	152	0.2909	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1012-3.1496	0.3746	142	0.3034	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1496-3.2013	0.3727	131	0.3131	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2013-3.2564	0.4127	121	0.3169	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2564-3.3156	0.3806	122	0.3211	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3156-3.3793	0.3892	143	0.2847	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3793-3.4483	0.3646	158	0.2775	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4483-3.5232	0.3338	162	0.2704	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5232-3.6051	0.3414	157	0.2734	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6051-3.6952	0.3032	135	0.2453	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6952-3.795	0.3132	138	0.2458	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
3.795-3.9066	0.3101	131	0.2262	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9066-4.0326	0.2875	152	0.2215	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0326-4.1765	0.2607	144	0.2117	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1765-4.3435	0.2791	151	0.1927	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3435-4.5409	0.2547	140	0.178	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5409-4.7799	0.1953	142	0.1755	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7799-5.0787	0.235	122	0.1818	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0787-5.4698	0.2381	132	0.1797	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4698-6.0184	0.2466	150	0.2088	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0184-6.8849	0.2489	139	0.2006	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8849-8.6577	0.214	150	0.1643	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
8.6577-38.3142	0.199	150	0.185	2683	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 74.7632 Å / Origin y: -69.8916 Å / Origin z: -42.3178 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.6799 Å²	0.0817 Å²	-0.0076 Å²	-	0.5809 Å²	0.0159 Å²	-	-	0.5685 Å²
L	0.4019 °²	0.0838 °²	-0.0367 °²	-	0.0838 °²	-0.0181 °²	-	-	-0.0049 °²
S	-0.03 Å °	-0.0927 Å °	0.0137 Å °	0.0021 Å °	-0.0212 Å °	-0.0221 Å °	0.0185 Å °	-0.0358 Å °	0.0488 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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