PDB-5dbt: Crystal structure of C-terminal truncated 2-deoxyribose-5-phospha...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dbt

タイトル

Crystal structure of C-terminal truncated 2-deoxyribose-5-phosphate aldolase (1-201) from Streptococcus suis

要素

Deoxyribose-phosphate aldolase

キーワード

LYASE / 2-deoxyribose-5-phosphate aldolase / Streptococcus

機能・相同性

機能・相同性情報

deoxyribose-phosphate aldolase / deoxyribose-phosphate aldolase activity / 2-deoxyribose 1-phosphate catabolic process / deoxyribonucleotide catabolic process / carbohydrate catabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus suis GZ1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.811 Å

データ登録者

Cao, T.-P. / Choi, J.M. / Lee, S.H.

資金援助

韓国, 2件

引用

ジャーナル: J. Microbiol. / 年: 2016
タイトル: Structural insight for substrate tolerance to 2-deoxyribose-5-phosphate aldolase from the pathogen Streptococcus suis
著者: Cao, T.-P. / Kim, J.-S. / Woo, M.-H. / Choi, J.M. / Jun, Y. / Lee, K.H. / Lee, S.H.

履歴

登録	2015年8月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dbt.cif.gz	429.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dbt.ent.gz	355.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dbt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/5dbt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/5dbt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dbuC 3ng3S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7c0x-1 4xbk-d 1nt4-2 7c0k-2 3onw-1 7c0l-1 7c0v-1 5w1n-2 7c0o-1 7c14-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Deoxyribose-phosphate aldolase

B: Deoxyribose-phosphate aldolase

C: Deoxyribose-phosphate aldolase

D: Deoxyribose-phosphate aldolase

E: Deoxyribose-phosphate aldolase

F: Deoxyribose-phosphate aldolase

G: Deoxyribose-phosphate aldolase

H: Deoxyribose-phosphate aldolase

I: Deoxyribose-phosphate aldolase

J: Deoxyribose-phosphate aldolase

K: Deoxyribose-phosphate aldolase

L: Deoxyribose-phosphate aldolase

258 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Deoxyribose-phosphate aldolase

B: Deoxyribose-phosphate aldolase

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C: Deoxyribose-phosphate aldolase

D: Deoxyribose-phosphate aldolase

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G: Deoxyribose-phosphate aldolase

H: Deoxyribose-phosphate aldolase

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I: Deoxyribose-phosphate aldolase

J: Deoxyribose-phosphate aldolase

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K: Deoxyribose-phosphate aldolase

L: Deoxyribose-phosphate aldolase

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単位格子

Length a, b, c (Å)	52.993, 163.662, 169.448
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.05, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Deoxyribose-phosphate aldolase / DERA / 2-deoxy-D-ribose 5-phosphate aldolase / Phosphodeoxyriboaldolase 分子量: 21499.428 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP residues 1-201 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus suis GZ1 (バクテリア) 株: GZ1 / 遺伝子: deoC / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: D5AHU8, deoxyribose-phosphate aldolase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Deoxyribose-phosphate aldolase / DERA / 2-deoxy-D-ribose 5-phosphate aldolase / Phosphodeoxyriboaldolase

分子量: 21499.428 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP residues 1-201 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Streptococcus suis GZ1 (バクテリア)
株: GZ1 / 遺伝子: deoC / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: D5AHU8, deoxyribose-phosphate aldolase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M sodium formate, 20%(w/v) PEG 3350, 40% pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1.0015 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月16日
放射	モノクロメーター: DCM Si (111) Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0015 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 69858 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 15.067
反射シェル	解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.448 / Mean I/σ(I) obs: 3.706 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
Coot	0.7	モデル構築
HKL-2000		data processing
MOLREP	11	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3NG3

3ng3

解像度: 2.811→45.294 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2425	3414	4.95 %	Random
R_work	0.2032	-	-	-
obs	0.2051	68949	98.27 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.811→45.294 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17796	0	0	3	17799

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	18000
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.921	24372
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.482	6528
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	2964
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3120

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8107-2.8508	0.3334	142	0.2935	2157	X-RAY DIFFRACTION	80
2.8508-2.8934	0.34	150	0.2874	2489	X-RAY DIFFRACTION	91
2.8934-2.9386	0.3199	129	0.2858	2684	X-RAY DIFFRACTION	94
2.9386-2.9867	0.3224	143	0.2661	2640	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9867-3.0382	0.3411	145	0.2625	2714	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0382-3.0935	0.3055	140	0.2692	2807	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0935-3.1529	0.3124	162	0.2681	2710	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1529-3.2173	0.2617	145	0.2547	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2173-3.2872	0.3327	107	0.2567	2829	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2872-3.3637	0.2692	126	0.2465	2787	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3637-3.4477	0.2775	161	0.234	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4477-3.5409	0.2669	187	0.2327	2793	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5409-3.6451	0.2599	163	0.2143	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6451-3.7627	0.2538	148	0.1993	2824	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7627-3.8971	0.2331	153	0.1996	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8971-4.053	0.2185	136	0.1943	2820	X-RAY DIFFRACTION	100
4.053-4.2374	0.1948	109	0.1761	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2374-4.4606	0.2084	122	0.1591	2832	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4606-4.7398	0.1764	124	0.1547	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7398-5.1053	0.2021	155	0.1565	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1053-5.6182	0.2009	121	0.1656	2805	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6182-6.4292	0.2048	150	0.1715	2793	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4292-8.0926	0.1676	151	0.1524	2809	X-RAY DIFFRACTION	100
8.0926-45.2998	0.1741	145	0.1489	2822	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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