PDB-6zmu: Crystal structure of the germline-specific thioredoxin protein De...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zmu

タイトル

Crystal structure of the germline-specific thioredoxin protein Deadhead (Thioredoxin-1) from Drospohila melanogaster, P43212

要素

Thioredoxin-1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / homeostasis / sperm / oocyte-to-embryo / DNA-binding / redox / protamine

機能・相同性

機能・相同性情報

: / sperm DNA decondensation / glycerol ether metabolic process / head development / disulfide oxidoreductase activity / female meiotic nuclear division / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Baginski, B. / Pluta, R. / Macias, M.J.

資金援助

スペイン, European Union, 3件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2021
タイトル: Structures of the germline-specific Deadhead and thioredoxin T proteins from Drosophila melanogaster reveal unique features among thioredoxins.
著者: Freier, R. / Aragon, E. / Baginski, B. / Pluta, R. / Martin-Malpartida, P. / Ruiz, L. / Condeminas, M. / Gonzalez, C. / Macias, M.J.

履歴

登録	2020年7月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年10月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zmu.cif.gz	190 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zmu.ent.gz	153.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zmu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6zmu_validation.pdf.gz	466.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zmu_full_validation.pdf.gz	474.6 KB	表示
XML形式データ	6zmu_validation.xml.gz	18.7 KB	表示
CIF形式データ	6zmu_validation.cif.gz	25.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/6zmu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/6zmu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6z7oC 1xwaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2src-d 4k11-d 4i1o-4 2efh-1 3l6u-d 2q24-2 3tdi-1 4q5y-d 3k05-d 1mk7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (4) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Thioredoxin-1

B: Thioredoxin-1

C: Thioredoxin-1

D: Thioredoxin-1

ヘテロ分子

51.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.827, 111.827, 106.991
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Thioredoxin-1 / DmTrx-1 / Protein deadhead 分子量: 12560.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: dhd, Trx-1, CG4193 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P47938
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M sodium citrate, pH 5.0, 3.2 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→77.43 Å / Num. obs: 43714 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 10.8 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 18.1
反射シェル	解像度: 1.97→2.054 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2187 / CC_1/2: 0.617

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1xwa

1xwa

解像度: 1.95→77.43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 7.461 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22035	2119	4.8 %	RANDOM
R_work	0.18532	-	-	-
obs	0.187	41617	87.73 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.161 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.2 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→77.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3428	0	76	94	3598

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	3554
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3425
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.753	1.893	4770
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.173	2.939	7907
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.5	5	421
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	25.705	22.549	153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.565	15	699
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.296	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	524
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3763
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	750
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.866	3.354	1690
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.862	3.352	1689
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.856	5.005	2106
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.856	5.007	2107
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.66	4.207	1864
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.663	4.018	1805
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.739	5.727	2574
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.909	39.332	3840
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.889	39.237	3828

LS精密化シェル

解像度: 1.952→2.003 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.372	20	-
R_work	0.341	436	-
obs	-	-	12.59 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1548	-0.8665	-0.9397	0.9469	0.0266	3.5199	-0.0223	-0.1927	0.1643	-0.0066	0.1085	0.0468	0.0478	-0.0169	-0.0862	0.0306	-0.0091	0.0047	0.0305	-0.0055	0.0465	128.431	41.395	109.037
2	3.4941	1.057	-0.873	4.31	-1.5702	3.0306	0.1368	0.5579	0.4352	-0.1373	0.0104	0.3706	-0.3513	-0.296	-0.1471	0.1081	0.0632	0.0428	0.2012	0.0428	0.1232	102.589	48.737	107.23
3	6.4438	-1.2593	1.337	5.8567	0.3291	2.9445	0.1952	0.2312	-1.0646	0.3447	-0.1335	-0.4058	0.6514	0.3927	-0.0617	0.2003	0.0593	0.0312	0.1963	-0.0714	0.3713	111.669	18.472	119.962
4	4.3787	1.5698	0.5583	2.8654	0.2595	1.8512	-0.1419	0.6408	-0.043	-0.4781	0.233	-0.0793	0.1129	-0.2196	-0.091	0.118	-0.0622	0.0185	0.2648	-0.0254	0.018	83.923	26.135	108.705

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 107
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 105
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 105
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 106

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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