PDB-6zjo: Crystal Structure of Staphylococcus aureus RsgA.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zjo

タイトル

Crystal Structure of Staphylococcus aureus RsgA.

要素

Small ribosomal subunit biogenesis GTPase RsgA

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / GTPase / TRAFAC / ribosome assembly

機能・相同性

PHOSPHATE ION / :

機能・相同性情報

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Bennison, D.J. / Rafferty, J.B. / Corrigan, R.M.

資金援助

英国, 3件

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2021
タイトル: The Stringent Response Inhibits 70S Ribosome Formation in Staphylococcus aureus by Impeding GTPase-Ribosome Interactions.
著者: Bennison, D.J. / Nakamoto, J.A. / Craggs, T.D. / Milon, P. / Rafferty, J.B. / Corrigan, R.M.

履歴

登録	2020年6月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年1月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zjo.cif.gz	129.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zjo.ent.gz	97.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zjo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6zjo_validation.pdf.gz	467.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zjo_full_validation.pdf.gz	477.4 KB	表示
XML形式データ	6zjo_validation.xml.gz	24.3 KB	表示
CIF形式データ	6zjo_validation.cif.gz	34 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/6zjo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/6zjo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zhlSC 6zhmC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6awt-d 2qlv-1 1cn4-d 5txi-d 6awu-d 3pmq-d 5tw4-d 4avc-d 5tw8-d 5ty7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Small ribosomal subunit biogenesis GTPase RsgA

B: Small ribosomal subunit biogenesis GTPase RsgA

ヘテロ分子

73.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.671, 93.566, 68.177
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.710, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Small ribosomal subunit biogenesis GTPase RsgA 分子量: 36111.777 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A4V5LHH4, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.61 % / 解説: A single rod-shaped crystal
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.15 M ammonium sulphate, 0.1 M MES, 15% (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月13日

放射

モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97949 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.01→47.2 Å / Num. obs: 44789 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.137 / R_pim(I) all: 0.057 / R_rim(I) all: 0.149 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 306023 / Scaling rejects: 195

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.01-2.06	7	0.828	22827	3254	0.594	0.336	0.895	1.8	97
8.99-47.2	6.5	0.035	3490	535	0.999	0.015	0.038	38.4	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
Aimless	0.6.2	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
xia2		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ZHL

6zhl

解像度: 2.01→47.196 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES :REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2783	-	-
R_work	0.2241	-	-
obs	-	44789	98.2 %

原子変位パラメータ

B_iso max: 123.45 Å² / B_iso mean: 40.2119 Å² / B_iso min: 17.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→47.196 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4271	0	81	212	4564

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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