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- PDB-6zhm: Crystal Structure of Staphylococcus aureus RsgA bound to GDP. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zhm
タイトルCrystal Structure of Staphylococcus aureus RsgA bound to GDP.
要素Small ribosomal subunit biogenesis GTPase RsgA
キーワードRNA BINDING PROTEIN / GTPase / GDP-binding / TRAFAC / ribosome assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / ribosomal small subunit biogenesis / rRNA binding / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosome biogenesis GTPase RsgA, N-terminal / RsgA N-terminal domain / Ribosome biogenesis GTPase RsgA / RsgA GTPase domain / RsgA GTPase / EngC GTPase domain profile. / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / TRIETHYLENE GLYCOL / Small ribosomal subunit biogenesis GTPase RsgA
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Bennison, D.J. / Rafferty, J.B. / Corrigan, R.M.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Wellcome Trusthttps://wellcome.ac.uk:104110/Z/14/Z 英国
Royal Societyhttps://wellcome.ac.uk:104110/Z/14/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N013840/1 英国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2021
タイトル: The Stringent Response Inhibits 70S Ribosome Formation in Staphylococcus aureus by Impeding GTPase-Ribosome Interactions.
著者: Bennison, D.J. / Nakamoto, J.A. / Craggs, T.D. / Milon, P. / Rafferty, J.B. / Corrigan, R.M.
履歴
登録2020年6月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Small ribosomal subunit biogenesis GTPase RsgA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8956
ポリマ－36,1121
非ポリマー7835
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1220 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area13980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.240, 66.970, 113.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Small ribosomal subunit biogenesis GTPase RsgA


分子量: 36111.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: V(-5) as labelled here should be taken as V1, as this is the true initiating codon in this instance.
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain USA300) (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: rsgA, SAUSA300_1114 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0H2XJQ2, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用

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非ポリマー , 5種, 116分子

#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.42 % / 解説: Cluster of rod-shaped crystals
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Sodium Citrate, 0.1 M Bis-Tris Propane, 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月13日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→101.94 Å / Num. obs: 37173 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.259 / Rpim(I) all: 0.109 / Rrim(I) all: 0.282 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 239084 / Scaling rejects: 1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.15-2.266.12.1283305553780.3750.9092.32199.6
6.79-101.946.20.096777012570.9940.040.10415.499.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ZHL

6zhl


解像度: 2.15→101.94 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2727 --RANDOM
Rwork0.24 ---
obs-37173 99.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 91.43 Å2 / Biso mean: 39.697 Å2 / Biso min: 7.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→101.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2179 0 47 111 2337

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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