PDB-6zi7: Crystal structure of OleP-oleandolide(DEO) bound to L-rhamnose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zi7

タイトル

Crystal structure of OleP-oleandolide(DEO) bound to L-rhamnose

要素

Cytochrome P-450

キーワード

OXIDOREDUCTASE / cytochrome P450 / 8.8a-deoxyoleandolide monooxygenase / 8.8a-deoxyoleandolide / L-rhamnose

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces antibioticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.28 Å

データ登録者

Montemiglio, L.C. / Savino, C. / Vallone, B. / Parisi, G. / Freda, I.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: Biomolecules / 年: 2020
タイトル: Dissecting the Cytochrome P450 OleP Substrate Specificity: Evidence for a Preferential Substrate.
著者: Parisi, G. / Freda, I. / Exertier, C. / Cecchetti, C. / Gugole, E. / Cerutti, G. / D'Auria, L. / Macone, A. / Vallone, B. / Savino, C. / Montemiglio, L.C.

履歴

登録	2020年6月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年10月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zi7.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zi7.ent.gz	880.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zi7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6zi7_validation.pdf.gz	4.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zi7_full_validation.pdf.gz	5 MB	表示
XML形式データ	6zi7_validation.xml.gz	122.6 KB	表示
CIF形式データ	6zi7_validation.cif.gz	168.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/6zi7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/6zi7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zhzSC 6zi2C 6zi3C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3a4h-d 6zi3-3 3pm0-d 2rkv-d 5fyg-2 6zi3-1 3tl8-2 5swb-1 6hqd-3 4iq9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Cytochrome P-450

B: Cytochrome P-450

C: Cytochrome P-450

D: Cytochrome P-450

E: Cytochrome P-450

F: Cytochrome P-450

ヘテロ分子

286 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cytochrome P-450

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
49.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cytochrome P-450

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Cytochrome P-450

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
48.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Cytochrome P-450

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: Cytochrome P-450

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

F: Cytochrome P-450

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	247.531, 110.683, 159.285
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 129.46, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 9分子 ABCDEF

#1: タンパク質

Cytochrome P-450

分子量: 45012.070 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Streptomyces antibioticus (バクテリア)
遺伝子: oleP / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59819

#4: 糖

ChemComp-RAM / alpha-L-rhamnopyranose / alpha-L-rhamnose / 6-deoxy-alpha-L-mannopyranose / L-rhamnose / rhamnose / α-L-ラムノピラノ-ス

タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₅

-
非ポリマー , 5種, 1587分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-QR8 / (3~{R},4~{S},5~{R},6~{S},7~{S},9~{S},11~{R},12~{S},13~{R},14~{R})-3,5,7,9,11,13,14-heptamethyl-4,6,12-tris(oxidanyl)-1-oxacyclotetradecane-2,10-dione 分子量: 372.496 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₃₆O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	... ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.6 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 4.4 M sodium formate (HCOONa)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.772 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.772 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.11→50 Å / Num. obs: 373419 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.38 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 10.52
反射シェル	解像度: 2.11→2.24 Å / R_merge(I) obs: 1.47 / Num. unique obs: 60223 / CC_1/2: 0.484

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 6ZHZ

6zhz

解像度: 2.28→47.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 14.674 / SU ML: 0.181 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.274 / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24656	7488	5 %	RANDOM
R_work	0.18384	-	-	-
obs	0.18697	143514	99.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.665 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.26 Å²	0 Å²	-0.57 Å²
2-	-	1.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.28→47.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18604	0	1095	1355	21054

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	21465
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	20073
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.164	1.686	29279
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.438	1.609	46443
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.314	5	2768
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.127	20.221	1267
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.266	15	3465
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.192	15	245
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.219	0.2	2761
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	24830
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	4937
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.805	4.18	10009
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.805	4.18	10010
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.243	6.27	12610
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.243	6.271	12611
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.145	4.517	11456
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.909	4.402	11170
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.413	6.561	16470
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.235	49.157	24013
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.227	49.116	24004
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.28→2.339 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.394	545	-
R_work	0.356	10577	-
obs	-	-	99.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9587	0.0425	0.1796	0.3519	-0.3503	0.4063	0.1434	0.0973	0.0757	0.0633	-0.0804	0.1052	-0.0288	0.1191	-0.063	0.0407	-0.029	0.0551	0.1974	-0.0228	0.1644	-69.0417	-24.3104	19.2972
2	0.8839	-0.0867	0.0765	0.101	-0.0941	0.2323	0.048	-0.0737	-0.1557	-0.0072	-0.0282	-0.0613	-0.0297	-0.0079	-0.0198	0.0294	-0.0463	-0.008	0.2	0.0934	0.1976	42.8474	4.6122	62.1892
3	0.5289	-0.0128	-0.087	0.0674	-0.1094	0.2128	0.0267	-0.0171	-0.0253	0.0102	-0.0161	-0.0047	-0.0511	0.0244	-0.0106	0.0775	-0.0255	0.0295	0.1768	-0.0034	0.1562	3.5108	-22.957	81.3813
4	0.9699	-0.06	0.0499	0.1908	-0.203	0.6755	0.2538	-0.1175	-0.2168	0.0324	-0.0982	-0.08	0.0193	-0.0941	-0.1556	0.0878	-0.0957	-0.1109	0.24	0.1837	0.2256	-30.9131	5.43	1.5866
5	0.2544	0.1908	0.3531	0.9599	0.0836	0.7464	-0.057	-0.0854	0.053	-0.1167	0.1392	0.1521	-0.0233	-0.0828	-0.0822	0.0392	-0.0248	-0.0527	0.2337	0.0481	0.1921	-21.9272	14.5651	41.0064
6	0.4926	-0.3308	0.5584	1.1715	-0.1567	0.6927	-0.0784	-0.2644	-0.0581	0.0525	0.1239	0.0305	-0.0852	-0.2625	-0.0455	0.0155	0.0589	0.0036	0.4245	0.1283	0.0979	50.6445	21.9432	102.6079

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	12 - 1201
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	8 - 701
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	8 - 628
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	8 - 611
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	11 - 603
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	10 - 604

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