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万見
- PDB-3pm0: Structural Characterization of the Complex between Alpha-Naphthof... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pm0
タイトルStructural Characterization of the Complex between Alpha-Naphthoflavone and Human Cytochrome P450 1B1 (CYP1B1)
要素Cytochrome P450 1B1
キーワードOXIDOREDUCTASE / CYP1B1 / P450 1B1 / P450 / MONOOXYGENASE / ALPHA-NAPHTHOFLAVONE / HEME / 17BETA-ESTRADIOL
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to cortisol stimulus / response to indole-3-methanol / Defective CYP1B1 causes Glaucoma / trabecular meshwork development / endothelial cell-cell adhesion / benzene-containing compound metabolic process / membrane lipid catabolic process / hydroperoxy icosatetraenoate dehydratase / hydroperoxy icosatetraenoate dehydratase activity / ganglion development ...cellular response to cortisol stimulus / response to indole-3-methanol / Defective CYP1B1 causes Glaucoma / trabecular meshwork development / endothelial cell-cell adhesion / benzene-containing compound metabolic process / membrane lipid catabolic process / hydroperoxy icosatetraenoate dehydratase / hydroperoxy icosatetraenoate dehydratase activity / ganglion development / omega-hydroxylase P450 pathway / Synthesis of (16-20)-hydroxyeicosatetraenoic acids (HETE) / retinal blood vessel morphogenesis / response to follicle-stimulating hormone / response to 3-methylcholanthrene / toxin metabolic process / epoxygenase P450 pathway / blood vessel endothelial cell migration / arachidonate metabolic process / DNA modification / retinal metabolic process / cellular response to progesterone stimulus / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / sterol metabolic process / estrogen 16-alpha-hydroxylase activity / Synthesis of epoxy (EET) and dihydroxyeicosatrienoic acids (DHET) / cellular response to luteinizing hormone stimulus / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / cellular response to toxic substance / response to arsenic-containing substance / collagen fibril organization / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / retinol metabolic process / blood vessel morphogenesis / estrogen metabolic process / unspecific monooxygenase / regulation of reactive oxygen species metabolic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / adrenal gland development / positive regulation of DNA biosynthetic process / positive regulation of smooth muscle cell migration / steroid metabolic process / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / response to dexamethasone / : / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / Endogenous sterols / endothelial cell migration / estrous cycle / cellular response to cAMP / nitric oxide biosynthetic process / response to nutrient / xenobiotic metabolic process / negative regulation of cell migration / positive regulation of translation / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / monooxygenase activity / cellular response to hydrogen peroxide / male gonad development / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / cellular response to tumor necrosis factor / response to estradiol / angiogenesis / cell adhesion / positive regulation of apoptotic process / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2-PHENYL-4H-BENZO[H]CHROMEN-4-ONE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450 1B1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Wang, A. / Stout, C.D. / Johnson, E.F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural Characterization of the Complex between {alpha}-Naphthoflavone and Human Cytochrome P450 1B1.
著者: Wang, A. / Savas, U. / Stout, C.D. / Johnson, E.F.
履歴
登録2010年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 1B1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7933
ポリマ－56,9041
非ポリマー8892
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.170, 103.980, 62.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450 1B1 / CYPIB1


分子量: 56903.949 Da / 分子数: 1 / 変異: A119S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP1B1 / プラスミド: PCWORI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16678, unspecific monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-BHF / 2-PHENYL-4H-BENZO[H]CHROMEN-4-ONE / 7,8-BENZOFLAVONE / ALPHA-NAPHTHOFLAVONE / α-ナフトフラボン


分子量: 272.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H12O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS AMINO ACID SUBSTITUTION IS A NATURALLY OCCURRING ALLELIC VARIANT FOR THE ENZYME. IT ARISES ...THIS AMINO ACID SUBSTITUTION IS A NATURALLY OCCURRING ALLELIC VARIANT FOR THE ENZYME. IT ARISES FROM A SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM (SNP) WHICH IS DESCRIBED IN THE SNP DATABASE WITH ACCESSION NUMBER RS1056827 WITH AN ALLELE FREQUENCY OF ABOUT 35%.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: PEG-3350, ammonium dibasic citrate, potassium phosphate, NaCl, glycerol, beta-mercaptoethanol, alpha-naphthoflavone, CHAPS, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月2日 / 詳細: Rh coated flat mirror
放射モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→65.5 Å / Num. all: 15741 / Num. obs: 15741 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 55.387 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.438 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 2267 / Rsym value: 0.438 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.21精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→65.5 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 781 5 %RANDOM
Rwork0.235 ---
all0.236 15654 --
obs0.236 15654 99.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.99 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 104.07 Å2 / Biso min: 20.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--17.145 Å20 Å20 Å2
2--27.701 Å20 Å2
3----10.557 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.44 Å0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→65.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3655 0 64 33 3752
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONRMSD bond lengths0.011.5
X-RAY DIFFRACTIONRMSD bond angles1.52
X-RAY DIFFRACTIONRMSD dihedral angles22.42
X-RAY DIFFRACTIONRMSD improper angles1.042.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.06
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3274 82 -
Rwork0.3187 --
obs-1463 94.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2xdict_heme_relax.par
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4bhf.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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