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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zga | |||||||||
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タイトル | COPII on membranes, inner coat | |||||||||
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![]() | PROTEIN TRANSPORT / SECRETION / TRAFFICKING | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Cargo concentration in the ER / regulation of COPII vesicle coating / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / COPII-mediated vesicle transport / nuclear envelope organization / COPII-coated vesicle cargo loading / vesicle organization / COPII vesicle coat ...Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Cargo concentration in the ER / regulation of COPII vesicle coating / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / COPII-mediated vesicle transport / nuclear envelope organization / COPII-coated vesicle cargo loading / vesicle organization / COPII vesicle coat / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / membrane organization / mitochondrial fission / signal sequence binding / fungal-type vacuole membrane / mitochondrial membrane organization / reticulophagy / endoplasmic reticulum exit site / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / GTPase activator activity / SNARE binding / macroautophagy / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / intracellular protein transport / Golgi membrane / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å | |||||||||
![]() | Zanetti, G. / Hutchings, J. / Cheung, A.C.M. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the complete, membrane-assembled COPII coat reveals a complex interaction network. 著者: Joshua Hutchings / Viktoriya G Stancheva / Nick R Brown / Alan C M Cheung / Elizabeth A Miller / Giulia Zanetti / ![]() ![]() 要旨: COPII mediates Endoplasmic Reticulum to Golgi trafficking of thousands of cargoes. Five essential proteins assemble into a two-layer architecture, with the inner layer thought to regulate coat ...COPII mediates Endoplasmic Reticulum to Golgi trafficking of thousands of cargoes. Five essential proteins assemble into a two-layer architecture, with the inner layer thought to regulate coat assembly and cargo recruitment, and the outer coat forming cages assumed to scaffold membrane curvature. Here we visualise the complete, membrane-assembled COPII coat by cryo-electron tomography and subtomogram averaging, revealing the full network of interactions within and between coat layers. We demonstrate the physiological importance of these interactions using genetic and biochemical approaches. Mutagenesis reveals that the inner coat alone can provide membrane remodelling function, with organisational input from the outer coat. These functional roles for the inner and outer coats significantly move away from the current paradigm, which posits membrane curvature derives primarily from the outer coat. We suggest these interactions collectively contribute to coat organisation and membrane curvature, providing a structural framework to understand regulatory mechanisms of COPII trafficking and secretion. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 606.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 496.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 104 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 156.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Protein transport protein ... , 2種, 4分子 AEBF
#1: タンパク質 | 分子量: 85332.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P15303 #2: タンパク質 | 分子量: 103733.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: SEC24, ANU1, YIL109C 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P40482 |
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-Small COPII coat GTPase ... , 2種, 2分子 CG
#3: タンパク質 | 分子量: 21472.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P20606, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 21359.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P20606, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 DH
#4: タンパク質・ペプチド | 分子量: 309.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 3種, 8分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/GNP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GNP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
#6: 化合物 | ChemComp-ZN / #7: 化合物 | #8: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: 3D ARRAY / 3次元再構成法: サブトモグラム平均法 |
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試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 6.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 3.5 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: dev_3885: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: 3d ctf correction / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 151176 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
EM volume selection | Num. of tomograms: 149 / Num. of volumes extracted: 800000 | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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拘束条件 |
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