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- PDB-2gc7: Substrate reduced, copper free complex of methylamine dehydrogena... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gc7
タイトルSubstrate reduced, copper free complex of methylamine dehydrogenase, amicyanin and cytochrome c551i from Paracoccus denitrificans.
要素
  • (Methylamine dehydrogenase ...) x 2
  • Amicyanin
  • Cytochrome c-L
キーワードOxidoreductase / Electron transport / Electron transfer / Methylamine dehydrogenase / Cytochrome / amicyanin
機能・相同性
機能・相同性情報


methylamine dehydrogenase (amicyanin) / methanol metabolic process / methylamine dehydrogenase (amicyanin) activity / methylamine metabolic process / aliphatic amine dehydrogenase activity / amine metabolic process / outer membrane-bounded periplasmic space / electron transfer activity / periplasmic space / iron ion binding ...methylamine dehydrogenase (amicyanin) / methanol metabolic process / methylamine dehydrogenase (amicyanin) activity / methylamine metabolic process / aliphatic amine dehydrogenase activity / amine metabolic process / outer membrane-bounded periplasmic space / electron transfer activity / periplasmic space / iron ion binding / copper ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome cL / Amicyanin, Paracoccus/Methylobacterium / Amicyanin / : / Methylamine dehydrogenase light chain / Methylamine dehydrogenase heavy chain / Amine dehydrogenase heavy chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain, C-terminal domain / Amine dehydrogenase light chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain superfamily ...Cytochrome cL / Amicyanin, Paracoccus/Methylobacterium / Amicyanin / : / Methylamine dehydrogenase light chain / Methylamine dehydrogenase heavy chain / Amine dehydrogenase heavy chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain, C-terminal domain / Amine dehydrogenase light chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain superfamily / Methylamine dehydrogenase, L chain / Methylamine dehydrogenase heavy chain (MADH) / Electron Transport Ethylamine Dehydrogenase / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain / Amicyanin/Pseudoazurin / Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cupredoxins - blue copper proteins / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / Cupredoxin / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / : / Amicyanin / Methylamine dehydrogenase light chain / Methylamine dehydrogenase heavy chain / Cytochrome c-L
類似検索 - 構成要素
生物種Paracoccus denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / Refined directly / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Chen, Z. / Durley, R. / Davidson, V.L. / Mathews, F.S.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Structral comparison of the oxidized ternary electron transfer complex of methylamine dehydrogenase, amicyanin and cytochrome c551i from Paracoccus denitrificans with the substrate- ...タイトル: Structral comparison of the oxidized ternary electron transfer complex of methylamine dehydrogenase, amicyanin and cytochrome c551i from Paracoccus denitrificans with the substrate-reduced, copper free complex at 1.9 A resolution.
著者: Chen, Z. / Durley, R. / Davidson, V.L. / Mathews, F.S.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1994
タイトル: Structure of an electron transfer complex: methylamine dehydrogenase, amicyanin and cytochrome c551i.
著者: Chen, L. / Durley, R. / Mathews, F.S. / Davidson, V.L.
履歴
登録2006年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02021年3月3日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methylamine dehydrogenase heavy chain
B: Methylamine dehydrogenase light chain
C: Amicyanin
D: Cytochrome c-L
E: Methylamine dehydrogenase heavy chain
F: Methylamine dehydrogenase light chain
G: Amicyanin
H: Cytochrome c-L
I: Methylamine dehydrogenase heavy chain
J: Methylamine dehydrogenase light chain
K: Amicyanin
L: Cytochrome c-L
M: Methylamine dehydrogenase heavy chain
N: Methylamine dehydrogenase light chain
O: Amicyanin
P: Cytochrome c-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)340,32624
ポリマ－337,76016
非ポリマー2,5668
水22,2311234
1
A: Methylamine dehydrogenase heavy chain
B: Methylamine dehydrogenase light chain
C: Amicyanin
D: Cytochrome c-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,0816
ポリマ－84,4404
非ポリマー6412
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Methylamine dehydrogenase heavy chain
F: Methylamine dehydrogenase light chain
G: Amicyanin
H: Cytochrome c-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,0816
ポリマ－84,4404
非ポリマー6412
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
I: Methylamine dehydrogenase heavy chain
J: Methylamine dehydrogenase light chain
K: Amicyanin
L: Cytochrome c-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,0816
ポリマ－84,4404
非ポリマー6412
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
M: Methylamine dehydrogenase heavy chain
N: Methylamine dehydrogenase light chain
O: Amicyanin
P: Cytochrome c-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,0816
ポリマ－84,4404
非ポリマー6412
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.323, 189.127, 128.906
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.75, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 CGKODHLP

#3: タンパク質
Amicyanin


分子量: 11505.171 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paracoccus denitrificans (バクテリア) / 参照: UniProt: P22364
#4: タンパク質
Cytochrome c-L / Cytochrome c551I / Cytochrome c552


分子量: 16274.852 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paracoccus denitrificans (バクテリア) / 参照: UniProt: P29899

-
Methylamine dehydrogenase ... / 抗体 , 2種, 8分子 AEIMBFJN

#1: タンパク質
Methylamine dehydrogenase heavy chain / MADH


分子量: 42449.277 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paracoccus denitrificans (バクテリア)
参照: GenBank: 69934851, UniProt: P29894*PLUS, EC: 1.4.99.3
#2: 抗体
Methylamine dehydrogenase light chain / MADH


分子量: 14210.696 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paracoccus denitrificans (バクテリア) / 参照: UniProt: P22619, EC: 1.4.99.3

-
非ポリマー , 3種, 1242分子

#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.45 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 2.3-2.6M sodium/potassium phosphate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1996年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 295619 / Num. obs: 254385 / % possible obs: 83.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 17.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.276 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 13233 / % possible all: 44.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: Refined directly
開始モデル: PDB entry 2GC4

2gc4


解像度: 1.9→29.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.001 / Data cutoff high absF: 217447.43 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.198 19792 8 %RANDOM
Rwork0.171 ---
all-300529 --
obs-247717 82.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23500 0 176 1234 24910
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
1.9-2.020.317187680.29112170421473
2.02-2.170.26131820.231535826
2.17-2.390.230435980.196941102
2.39-2.740.229635490.188941996
2.74-3.450.205837820.177643217
3.45-29.940.1535380580.13492170444311

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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