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万見
- PDB-6zfx: hSARM1 GraFix-ed -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zfx
タイトルhSARM1 GraFix-ed
要素NAD(+) hydrolase SARM1
キーワードHYDROLASE / NADase / ARM domain / SAM domain / TIR domain
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of MyD88-independent toll-like receptor signaling pathway / MyD88-independent TLR4 cascade / Toll Like Receptor 3 (TLR3) Cascade / NADP+ nucleosidase activity / NAD catabolic process / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity / protein localization to mitochondrion / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / nervous system process ...negative regulation of MyD88-independent toll-like receptor signaling pathway / MyD88-independent TLR4 cascade / Toll Like Receptor 3 (TLR3) Cascade / NADP+ nucleosidase activity / NAD catabolic process / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity / protein localization to mitochondrion / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / nervous system process / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / regulation of dendrite morphogenesis / response to axon injury / response to glucose / regulation of neuron apoptotic process / signaling adaptor activity / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / nervous system development / mitochondrial outer membrane / microtubule / cell differentiation / axon / innate immune response / dendrite / synapse / cell surface / signal transduction / protein-containing complex / mitochondrion / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sterile alpha and TIR motif-containing protein 1 / TIR domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain ...Sterile alpha and TIR motif-containing protein 1 / TIR domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
(~{E})-4-methylnon-4-enedial / NAD(+) hydrolase SARM1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Sporny, M. / Guez-Haddad, J. / Khazma, T. / Yaron, A. / Dessau, M. / Mim, C. / Isupov, M.N. / Zalk, R. / Hons, M. / Opatowsky, Y.
資金援助 イスラエル, 2件
組織認可番号国
Israel Science Foundation1425/15 イスラエル
Israel Science Foundation909/19 イスラエル
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Structural basis for SARM1 inhibition and activation under energetic stress.
著者: Michael Sporny / Julia Guez-Haddad / Tami Khazma / Avraham Yaron / Moshe Dessau / Yoel Shkolnisky / Carsten Mim / Michail N Isupov / Ran Zalk / Michael Hons / Yarden Opatowsky /
要旨: SARM1, an executor of axonal degeneration, displays NADase activity that depletes the key cellular metabolite, NAD+, in response to nerve injury. The basis of SARM1 inhibition and its activation ...SARM1, an executor of axonal degeneration, displays NADase activity that depletes the key cellular metabolite, NAD+, in response to nerve injury. The basis of SARM1 inhibition and its activation under stress conditions are still unknown. Here, we present cryo-EM maps of SARM1 at 2.9 and 2.7 Å resolutions. These indicate that SARM1 homo-octamer avoids premature activation by assuming a packed conformation, with ordered inner and peripheral rings, that prevents dimerization and activation of the catalytic domains. This inactive conformation is stabilized by binding of SARM1's own substrate NAD+ in an allosteric location, away from the catalytic sites. This model was validated by mutagenesis of the allosteric site, which led to constitutively active SARM1. We propose that the reduction of cellular NAD+ concentration contributes to the disassembly of SARM1's peripheral ring, which allows formation of active NADase domain dimers, thereby further depleting NAD+ to cause an energetic catastrophe and cell death.
履歴
登録2020年6月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年12月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.32022年11月9日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: database_2 / struct_ncs_oper
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11187
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD(+) hydrolase SARM1
B: NAD(+) hydrolase SARM1
C: NAD(+) hydrolase SARM1
D: NAD(+) hydrolase SARM1
E: NAD(+) hydrolase SARM1
F: NAD(+) hydrolase SARM1
G: NAD(+) hydrolase SARM1
H: NAD(+) hydrolase SARM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)642,46224
ポリマ－639,7708
非ポリマー2,69216
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16A
26G
17A
27H
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28C
19B
29D
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210E
111B
211F
112B
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113B
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118C
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225H
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226G
127F
227H
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228H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
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NCSアンサンブル:
ID
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NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (0.707136, 0.707078, 2.6E-5), (1)-59.95303
2given(3.6E-5, 1, 2.9E-5), (1), (-0.707083, 0.707131, 2.5E-5)-0.01143, 144.71187
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12given(1), (0.707111, 0.707103, -7.0E-6), (1)-59.94587
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14given(1), (-1, 2.0E-6, 9.0E-6), (1)289.44772
15given(0.707095, 0.707119, 7.0E-6), (1), (4.4E-5, 1, -6.1E-5)-59.94814, 0.00292
16given(1), (-0.707109, 0.707104, 1.4E-5), (1)144.72336
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-
要素

#1: タンパク質
NAD(+) hydrolase SARM1 / hSARM1 / NADP(+) hydrolase SARM1 / Sterile alpha and Armadillo repeat protein / Sterile alpha and ...hSARM1 / NADP(+) hydrolase SARM1 / Sterile alpha and Armadillo repeat protein / Sterile alpha and TIR motif-containing protein 1 / Sterile alpha motif domain-containing protein 2 / SAM domain-containing protein 2 / Tir-1 homolog / HsTIR


分子量: 79971.258 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SARM1, KIAA0524, SAMD2, SARM / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q6SZW1, ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-S1N / (~{E})-4-methylnon-4-enedial


分子量: 168.233 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16O2
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: hSARM1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293F
緩衝液pH: 8.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影
IDImaging-ID電子線照射量 (e/Å2)フィルム・検出器のモデル
1150GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
2150GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0232 / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 145000 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 2.88→289.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / SU B: 7.025 / SU ML: 0.112 / ESU R: 0.14
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射
Rwork0.34075 --
obs0.34075 2126767 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 370.644 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3----0.14 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 39856
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0060.01240520
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.7021.63254728
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg6.21955064
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg33.33821.252240
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg19.723157224
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg16.11615384
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.1210.25112
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0070.0230744
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it14.87236.26820304
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it26.31254.36625352
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it18.73537.420216
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined72.926173914
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

数: 4959 / Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / タイプ: Local ncs / Weight position: 0.05015

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRms dev position (Å)
11A0.0001
12B0.0001
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24C8.0E-5
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36D0.00011
47A3.0E-5
48E3.0E-5
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510F0.00011
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612G8.0E-5
713A0.0001
714H0.0001
815B0.0001
816C0.0001
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918D8.0E-5
1019B0.0001
1020E0.0001
1121B3.0E-5
1122F3.0E-5
1223B0.0001
1224G0.0001
1325B8.0E-5
1326H8.0E-5
1427C0.00011
1428D0.00011
1529C8.0E-5
1530E8.0E-5
1631C0.00011
1632F0.00011
1733C1.0E-5
1734G1.0E-5
1835C0.00011
1836H0.00011
1937D0.0001
1938E0.0001
2039D8.0E-5
2040F8.0E-5
2141D0.00011
2142G0.00011
2243D2.0E-5
2244H2.0E-5
2345E0.0001
2346F0.0001
2447E8.0E-5
2448G8.0E-5
2549E0.0001
2550H0.0001
2651F0.00011
2652G0.00011
2753F8.0E-5
2754H8.0E-5
2855G0.00011
2856H0.00011
LS精密化 シェル解像度: 2.88→2.955 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork1.489 157934 -
obs--100 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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