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万見
- PDB-6za3: Structure of the transcriptional repressor Atu1419 (VanR) from ag... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6za3
タイトルStructure of the transcriptional repressor Atu1419 (VanR) from agrobacterium fabrum in complex a palindromic DNA (C2221 space group)
要素
  • DNA (5'-D(*AP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*CP*AP*T)-3')
  • Transcriptional regulator, GntR family
キーワードTRANSCRIPTION / repressor
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
FCD / GntR, C-terminal / FCD domain / Transcription regulator FadR/GntR, C-terminal / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DNA / Transcriptional regulator, GntR family
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium fabrum str. C58 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Morera, S. / Vigouroux, A. / Legrand, P.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Characterization of the first tetrameric transcription factor of the GntR superfamily with allosteric regulation from the bacterial pathogen Agrobacterium fabrum.
著者: Vigouroux, A. / Meyer, T. / Naretto, A. / Legrand, P. / Aumont-Nicaise, M. / Di Cicco, A. / Renoud, S. / Dore, J. / Levy, D. / Vial, L. / Lavire, C. / Morera, S.
履歴
登録2020年6月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, GntR family
B: Transcriptional regulator, GntR family
E: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*CP*AP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*CP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,48012
ポリマ－60,9004
非ポリマー5798
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7600 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area22630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.446, 112.402, 179.552
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-456-

HOH

-
要素

-
タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 4分子 ABEF

#1: タンパク質 Transcriptional regulator, GntR family


分子量: 27407.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium fabrum str. C58 (バクテリア)
遺伝子: Atu1419 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A9CJ36
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*CP*AP*T)-3')


分子量: 3043.029 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium fabrum str. C58 (バクテリア)
発現宿主: synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 6種, 154分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.45 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 / 詳細: PEG 400, MES, Na-acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→35.07 Å / Num. obs: 43067 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 44.19 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Num. unique obs: 3095 / CC1/2: 0.421

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Z74

6z74


解像度: 2.05→35.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU R Cruickshank DPI: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.174 / SU Rfree Blow DPI: 0.154 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.154
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 1976 5.02 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.194 39378 97.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 146.99 Å2 / Biso mean: 51.36 Å2 / Biso min: 25.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9615 Å20 Å20 Å2
2---2.3976 Å20 Å2
3---1.4361 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→35.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3637 404 29 146 4216
Biso mean--67.01 48.06 -
残基数----497
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1453SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes679HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4179HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion542SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4884SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4179HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5716HARMONIC21
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.84
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.04
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2731 45 5.71 %
Rwork0.204 743 -
all0.208 788 -
obs--70.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.40860.3679-0.31531.18170.17973.3975-0.0108-0.35910.3773-0.044-0.03180.1591-0.54420.00420.04260.01350.0077-0.0441-0.023-0.0698-0.02364.4243-12.0058-6.4057
21.4583-0.01430.2342.3855-0.25581.78860.0534-0.09290.28330.1328-0.0729-0.0599-0.2296-0.00870.0195-0.0106-0.00240.0424-0.142-0.0121-0.0163-2.1347-5.4891-32.9566
31.32170.6625-0.40420.9906-0.10394.7971-0.1556-0.2975-0.1094-0.0252-0.0178-0.0820.1910.02630.1734-0.05620.00720.05330.03580.0278-0.0676-9.7736-29.0167-7.1584
42.05430.0676-0.12711.77360.39461.93170.0866-0.0685-0.33670.1034-0.1351-0.0040.2247-0.01740.04850.0048-0.005-0.0147-0.13380.0095-0.00841.2297-36.0727-32.7237
54.07260.13930.99823.40410.24213.2018-0.1123-0.54420.20130.4615-0.09540.296-0.283-0.21960.2077-0.11640.03260.02130.1802-0.0872-0.1904-4.955-19.63119.3284
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|5 - 76 }A5 - 76
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|77 - 500 }A77 - 500
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|5 - 76 }B5 - 76
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|77 - 500 }B77 - 500
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* F|*}E1 - 10
6X-RAY DIFFRACTION5{ E|* F|*}F1 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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