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万見
- PDB-4b2g: Crystal Structure of an Indole-3-Acetic Acid Amido Synthase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b2g
タイトルCrystal Structure of an Indole-3-Acetic Acid Amido Synthase from Vitis vinifera Involved in Auxin Homeostasis
要素GH3-1 AUXIN CONJUGATING ENZYME
キーワードSIGNALING PROTEIN / IGNALING PROTEIN / ADENYLATE / AMINO ACID CONJUGATION / PLANT GROWTH
機能・相同性
機能・相同性情報


acid-amino acid ligase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / GH3 family central domain / GH3 family C-terminal domain / GH3 family / GH3 family N-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / Chem-V1N / Indole-3-acetic acid-amido synthetase GH3.1
類似検索 - 構成要素
生物種VITIS VINIFERA (ブドウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Peat, T.S. / Bottcher, C. / Newman, J. / Lucent, D. / Cowieson, N. / Davies, C.
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of an Indole-3-Acetic Acid Amido Synthetase from Grapevine Involved in Auxin Homeostasis.
著者: Peat, T.S. / Bottcher, C. / Newman, J. / Lucent, D. / Cowieson, N. / Davies, C.
履歴
登録2012年7月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月16日Group: Database references
改定 1.22019年5月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32024年5月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GH3-1 AUXIN CONJUGATING ENZYME
B: GH3-1 AUXIN CONJUGATING ENZYME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,7238
ポリマ－137,3632
非ポリマー1,3616
水2,702150
1
A: GH3-1 AUXIN CONJUGATING ENZYME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,3624
ポリマ－68,6811
非ポリマー6803
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: GH3-1 AUXIN CONJUGATING ENZYME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,3624
ポリマ－68,6811
非ポリマー6803
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.167, 91.167, 338.065
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 GH3-1 AUXIN CONJUGATING ENZYME


分子量: 68681.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) VITIS VINIFERA (ブドウ) / 株: CABERNET SAUVIGNON / 解説: CABERNET SAUVIGNON FROM SOUTH AUSTRALIA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: F6H697
#2: 化合物
ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#3: 化合物 ChemComp-V1N / [(2S,3R,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl] 2-(1H-indol-3-yl)ethyl hydrogen phosphate


分子量: 476.380 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H21N6O7P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細MALONATE ION (MLI): USED AS A CRYSTALLIZATION REAGENT LIGAND V1N IS A SUBSTRATE MIMETIC INHIBITOR
配列の詳細LAST 11 RESIDUES ARE PART OF A HIS-TAG ADDED TO THE PROTEIN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.5 %
解説: STRUCTURE WAS SOLVED INITIALLY WTH A SINGLE PT DERIVATIVE AND LATER REFINED TO HIGHER RESOLUTION, 2.40 A, USING A SECOND NATIVE DATA SET.
結晶化温度: 293 K / pH: 7
詳細: THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 6 MG/ML IN THE PRESENCE OF 10 MM INHIBITOR AND CRYSTALLIZED AT 20 DEGREES CELSIUS IN 0.7 TO 1.0 M SODIUM MALONATE.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月1日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→338.07 Å / Num. obs: 59192 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2.37→2.5 Å / 冗長度: 14.4 % / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 8.794 / SU ML: 0.201 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.407 / ESU R Free: 0.267 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. DISORDERED REGIONS WERE NOT MODELLED UNLESS THERE WAS ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. DISORDERED REGIONS WERE NOT MODELLED UNLESS THERE WAS SUFFICIENT DENSITY FOR AT LEAST THE BACKBONE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26387 2919 5.1 %RANDOM
Rwork0.22445 ---
obs0.22646 54126 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.482 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.26 Å20 Å20 Å2
2--0.26 Å20 Å2
3----0.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9004 0 94 150 9248
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.029384
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2421.98612764
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.50551161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.9723.35409
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.062151587
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5011571
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21413
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0217210
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.392 210 -
Rwork0.34 3508 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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