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- PDB-5l3r: Structure of the GTPase heterodimer of chloroplast SRP54 and FtsY... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5l3r | ||||||
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Title | Structure of the GTPase heterodimer of chloroplast SRP54 and FtsY from Arabidopsis thaliana | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | PROTEIN TRANSPORT / Co-translational protein targeting / Signal Recognition Particle / GTPase | ||||||
Function / homology | ![]() protein heterotrimerization / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / signal recognition particle binding / endoplasmic reticulum signal peptide binding / signal-recognition-particle GTPase / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / chloroplast stroma / chloroplast thylakoid membrane ...protein heterotrimerization / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / signal recognition particle binding / endoplasmic reticulum signal peptide binding / signal-recognition-particle GTPase / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / chloroplast stroma / chloroplast thylakoid membrane / protein targeting / chloroplast / protein domain specific binding / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bange, G. / Kribelbauer, J. / Wild, K. / Sinning, I. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural Basis for Conserved Regulation and Adaptation of the Signal Recognition Particle Targeting Complex. Authors: Wild, K. / Bange, G. / Motiejunas, D. / Kribelbauer, J. / Hendricks, A. / Segnitz, B. / Wade, R.C. / Sinning, I. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 439.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 358.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.5 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 42.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 57.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5l3qC ![]() 5l3sSC ![]() 5l3vC ![]() 5l3wC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 32424.811 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 31733.609 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 4 types, 150 molecules ![](data/chem/img/GCP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-GCP / #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.96 Å3/Da / Density % sol: 58.42 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.2 M magnesium formate, 20% (w/v) PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Aug 28, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.987 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→35.73 Å / Num. obs: 49064 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 3.7 % / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 9.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.59 Å / Rsym value: 0.54 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5L3S Resolution: 2.5→44.886 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 22.33 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→44.886 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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