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- PDB-2xqr: Crystal structure of plant cell wall invertase in complex with a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xqr
タイトルCrystal structure of plant cell wall invertase in complex with a specific protein inhibitor
要素
  • BETA-FRUCTOFURANOSIDASE, INSOLUBLE ISOENZYME CWINV1
  • INVERTASE INHIBITOR
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / HYDROLASE-INHIBITOR COMPLEX / APOPLAST / CELL WALL / HYDROLASE / PROTEIN INHIBITOR / SUGAR METABOLISM / GLYCOSIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


plant-type cell wall modification / beta-fructofuranosidase activity / beta-fructofuranosidase / plant-type cell wall / apoplast / enzyme inhibitor activity / defense response to fungus / response to wounding / carbohydrate metabolic process / hydrolase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cell wall/vacuolar inhibitor of fructosidase / Invertase/pectin methylesterase inhibitor family protein / Pectinesterase inhibitor domain / Invertase/pectin methylesterase inhibitor domain superfamily / Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor / Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor / : / Glycoside hydrolase, family 32, active site / Glycosyl hydrolases family 32 active site. / Glycosyl hydrolase family 32, C-terminal ...Cell wall/vacuolar inhibitor of fructosidase / Invertase/pectin methylesterase inhibitor family protein / Pectinesterase inhibitor domain / Invertase/pectin methylesterase inhibitor domain superfamily / Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor / Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor / : / Glycoside hydrolase, family 32, active site / Glycosyl hydrolases family 32 active site. / Glycosyl hydrolase family 32, C-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 C terminal / Glycoside hydrolase, family 32 / Glycosyl hydrolase family 32, N-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 N-terminal domain / Glycosyl hydrolases family 32 / Exo-inulinase; domain 1 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-fructofuranose / Cell wall / vacuolar inhibitor of fructosidase 1 / Beta-fructofuranosidase, insoluble isoenzyme CWINV1
類似検索 - 構成要素
生物種ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
NICOTIANA TABACUM (タバコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Hothorn, M. / Van den Ende, W. / Lammens, W. / Rybin, V. / Scheffzek, K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structural Insights Into the Ph-Controlled Targeting of Plant Cell-Wall Invertase by a Specific Inhibitor Protein.
著者: Hothorn, M. / Van Den Ende, W. / Lammens, W. / Rybin, V. / Scheffzek, K.
履歴
登録2010年9月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月9日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-FRUCTOFURANOSIDASE, INSOLUBLE ISOENZYME CWINV1
B: INVERTASE INHIBITOR
C: BETA-FRUCTOFURANOSIDASE, INSOLUBLE ISOENZYME CWINV1
D: INVERTASE INHIBITOR
E: BETA-FRUCTOFURANOSIDASE, INSOLUBLE ISOENZYME CWINV1
F: INVERTASE INHIBITOR
G: BETA-FRUCTOFURANOSIDASE, INSOLUBLE ISOENZYME CWINV1
H: INVERTASE INHIBITOR
I: BETA-FRUCTOFURANOSIDASE, INSOLUBLE ISOENZYME CWINV1
J: INVERTASE INHIBITOR
K: BETA-FRUCTOFURANOSIDASE, INSOLUBLE ISOENZYME CWINV1
L: INVERTASE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)475,51449
ポリマ－462,01912
非ポリマー13,49537
水14,250791
1
A: BETA-FRUCTOFURANOSIDASE, INSOLUBLE ISOENZYME CWINV1
B: INVERTASE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,3329
ポリマ－77,0032
非ポリマー2,3297
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: BETA-FRUCTOFURANOSIDASE, INSOLUBLE ISOENZYME CWINV1
D: INVERTASE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,2368
ポリマ－77,0032
非ポリマー2,2336
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
E: BETA-FRUCTOFURANOSIDASE, INSOLUBLE ISOENZYME CWINV1
F: INVERTASE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,2368
ポリマ－77,0032
非ポリマー2,2336
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
G: BETA-FRUCTOFURANOSIDASE, INSOLUBLE ISOENZYME CWINV1
H: INVERTASE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,2368
ポリマ－77,0032
非ポリマー2,2336
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
I: BETA-FRUCTOFURANOSIDASE, INSOLUBLE ISOENZYME CWINV1
J: INVERTASE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,2368
ポリマ－77,0032
非ポリマー2,2336
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
K: BETA-FRUCTOFURANOSIDASE, INSOLUBLE ISOENZYME CWINV1
L: INVERTASE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,2368
ポリマ－77,0032
非ポリマー2,2336
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)199.980, 199.980, 111.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 12分子 ACEGIKBDFHJL

#1: タンパク質
BETA-FRUCTOFURANOSIDASE, INSOLUBLE ISOENZYME CWINV1 / CELL WALL INVERTASE 1 / SUCROSE HYDROLASE 1 / CELL WALL BETA-FRUCTOSIDASE 1


分子量: 61103.039 Da / 分子数: 6 / 断片: RESIDUES 48-584 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
プラスミド: PPICZ / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 参照: UniProt: Q43866, beta-fructofuranosidase
#2: タンパク質
INVERTASE INHIBITOR


分子量: 15900.205 Da / 分子数: 6 / 断片: RESIDUES 19-166 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) NICOTIANA TABACUM (タバコ) / プラスミド: PETM20 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): ORIGAMI / 参照: UniProt: O49908

-
糖 , 4種, 24分子

#3: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpb1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][b-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-FRU / beta-D-fructofuranose / beta-D-fructose / D-fructose / fructose / β-D-フルクトフラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DFrufbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-fructofuranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-FrufIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FruSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 804分子

#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物
ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 791 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 15% PEG 5000 MME 0.2 M NH4SO4 0.1 M MES PH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97916
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.818
11-H, H+K, -L20.182
反射解像度: 2.58→48.57 Å / Num. obs: 156347 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 35.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2.58→2.73 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0043精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1RJ1 AND 2AC1

1rj1

2ac1


解像度: 2.58→48.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 20.113 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.056 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21002 7726 5 %RANDOM
Rwork0.18278 ---
obs0.18414 147896 99.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.262 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.43 Å20 Å20 Å2
2--5.43 Å20 Å2
3----10.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.58→48.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32460 0 881 791 34132
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02234270
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0223562
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0481.97946620
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7833.00157276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.82954086
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.46724.1871476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.277155634
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.07815174
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.25130
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02137122
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.026720
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1941.520460
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0281.58202
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.379233126
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.618313810
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1014.513494
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.58→2.647 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 505 -
Rwork0.238 11040 -
obs--99.67 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7844-0.1628-0.05261.0285-0.29881.01680.02270.03490.0931-0.106-0.0185-0.1068-0.00160.005-0.00410.02850.00540.01230.00240.0050.019421.105-27.57658.504
20.92910.05030.39260.7217-0.03580.8951-0.0038-0.15370.05940.0738-0.0219-0.0596-0.0656-0.03230.02560.05810.0212-0.00690.0704-0.00730.009483.339-27.31721.179
30.7463-0.01810.09210.91870.37290.8416-0.02540.0929-0.0573-0.13040.00090.0495-0.0354-0.09010.02440.04830.0119-0.00310.0623-0.00670.007373.151-35.5280.332
40.7186-0.0084-0.17890.82650.13140.8287-0.0349-0.10090.01540.0980.03030.10440.0365-0.03180.00460.04860.03860.00780.0907-0.00460.01438.344-34.322-0.83
50.90490.10080.32610.88160.01840.86280.00510.15930.0154-0.1165-0.0030.0858-0.0365-0.0182-0.00220.037-0.0004-0.01130.04040.00140.008521.373-87.83725.417
60.8430.00180.0010.8337-0.32430.8168-0.044-0.1471-0.11960.2020.0005-0.0367-0.00970.0590.04350.1074-0.0146-0.00070.04870.0240.019830.422-98.34877.315
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 541
2X-RAY DIFFRACTION1B2 - 147
3X-RAY DIFFRACTION2C5 - 541
4X-RAY DIFFRACTION2D2 - 147
5X-RAY DIFFRACTION3E5 - 541
6X-RAY DIFFRACTION3F2 - 147
7X-RAY DIFFRACTION4G5 - 541
8X-RAY DIFFRACTION4H2 - 147
9X-RAY DIFFRACTION5I5 - 541
10X-RAY DIFFRACTION5J2 - 147
11X-RAY DIFFRACTION6K5 - 541
12X-RAY DIFFRACTION6L2 - 147

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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