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- PDB-6z9u: Crystal structure of a TSEN15-34 heterodimer. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z9u
タイトルCrystal structure of a TSEN15-34 heterodimer.
要素
  • tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15
  • tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34
キーワードSPLICING / tRNA splicing endonuclease / TSEN / precursor tRNA / pre-tRNA processing / neurodegenerative disorders / pontocerebellar hypoplasia
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-intron endonuclease complex / tRNA-type intron splice site recognition and cleavage / tRNA-intron lyase / tRNA-intron endonuclease activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / tRNA processing in the nucleus / mRNA processing / nucleic acid binding / lyase activity / nucleolus / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
tRNA-splicing endonuclease, SEN34 subunit / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15 / Sen15 protein / tRNA-splicing endonuclease / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like / tRNA intron endonuclease, catalytic C-terminal domain / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like superfamily / tRNA endonuclease-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15 / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.10001777636 Å
データ登録者Trowitzsch, S. / Sekulovski, S.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)TR 1711/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Assembly defects of human tRNA splicing endonuclease contribute to impaired pre-tRNA processing in pontocerebellar hypoplasia.
著者: Sekulovski, S. / Devant, P. / Panizza, S. / Gogakos, T. / Pitiriciu, A. / Heitmeier, K. / Ramsay, E.P. / Barth, M. / Schmidt, C. / Tuschl, T. / Baas, F. / Weitzer, S. / Martinez, J. / Trowitzsch, S.
履歴
登録2020年6月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34
B: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15
C: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34
D: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2016
ポリマ－61,0174
非ポリマー1842
水1,946108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Heterodimeric revealed by gel filtration. Heterotetrameric under crystallization conditions revealed by SEC-MALS.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10900 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area21000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.848, 69.277, 94.790
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.308, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34 / Leukocyte receptor cluster member 5 / tRNA-intron endonuclease Sen34 / HsSen34


分子量: 11760.377 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TSEN34, LENG5, SEN34
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9BSV6, tRNA-intron lyase
#2: タンパク質 tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15 / SEN15 homolog / HsSEN15 / tRNA-intron endonuclease Sen15


分子量: 18748.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TSEN15, C1orf19, SEN15
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8WW01
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: imidazole, 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid, PEG 3350, magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→28.26 Å / Num. obs: 25897 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 39.8137087843 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.37
反射 シェル解像度: 2.1→2.175 Å / Num. unique obs: 2594 / CC1/2: 0.818 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3P1Z

3p1z


解像度: 2.10001777636→28.2570856707 Å / SU ML: 0.290560683253 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3568965659 / 位相誤差: 31.0978629937
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252848261536 1291 5.00232486051 %
Rwork0.191786031333 24517 -
obs0.194805337095 25808 98.6092006725 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 60.1700842923 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.10001777636→28.2570856707 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3513 0 12 108 3633
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008587644876353618
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.986404900174922
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0553872218048552
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00630143146861620
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.24023771692142
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1000178-2.18410.3702213886861420.3078283372712693X-RAY DIFFRACTION97.8260869565
2.1841-2.28340.3181071348391410.2687262982822660X-RAY DIFFRACTION97.4599860821
2.2834-2.40380.2925773068561420.2402745700242688X-RAY DIFFRACTION98.0595980596
2.4038-2.55430.2680078976791420.225005761912739X-RAY DIFFRACTION99.0034364261
2.5543-2.75130.3107944143091430.2172755621812721X-RAY DIFFRACTION99.0660671048
2.7513-3.02790.2891011380651440.220748053142738X-RAY DIFFRACTION99.5853489979
3.0279-3.46540.2731395094371450.1909631438532749X-RAY DIFFRACTION98.771331058
3.4654-4.36340.2191003979311460.1585009678182771X-RAY DIFFRACTION99.4205862304
4.3634-28.2570.2175061428831460.1686043876972758X-RAY DIFFRACTION98.2741116751
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -8.59849126647 Å / Origin y: -11.6666782163 Å / Origin z: -28.0403982469 Å
111213212223313233
T0.275213971671 Å2-0.0150897637413 Å2-0.0628034339814 Å2-0.338538915748 Å2-0.0124419644532 Å2--0.266650616261 Å2
L2.47162779564 °2-0.541775282052 °2-3.2872174137 °2-0.495909097058 °20.644487940024 °2--4.37688606147 °2
S0.0656826743217 Å °0.0419309139526 Å °0.0279233395473 Å °-0.0197344667473 Å °0.00815953978412 Å °-0.000330599380035 Å °-0.0506110810252 Å °0.0316140693182 Å °-0.0715726351906 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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