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- PDB-6sa6: DARPin-Armadillo fusion A5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sa6
タイトルDARPin-Armadillo fusion A5
要素DARPin-Armadillo fusion A5
キーワードDE NOVO PROTEIN / protein fusion / DARPin / Armadillo / shared helix / crystallization chaperone
機能・相同性Ankyrin repeat-containing domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Ernst, P. / Honegger, A. / van der Valk, F. / Ewald, C. / Mittl, P.R.E. / Pluckthun, A.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Rigid fusions of designed helical repeat binding proteins efficiently protect a binding surface from crystal contacts.
著者: Ernst, P. / Honegger, A. / van der Valk, F. / Ewald, C. / Mittl, P.R.E. / Pluckthun, A.
履歴
登録2019年7月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DARPin-Armadillo fusion A5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,44410
ポリマ－41,9391
非ポリマー5059
水6,197344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1410 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area18300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.080, 51.560, 67.720
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.240, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 DARPin-Armadillo fusion A5


分子量: 41939.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.21 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 18.6 % PEG 6,000 200 mM MgCl2 0.1M Tris HCl pH 8.1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→45.56 Å / Num. obs: 49693 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 3.203 % / Biso Wilson estimate: 25.96 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rrim(I) all: 0.059 / Χ2: 0.992 / Net I/σ(I): 13.01 / Num. measured all: 159188 / Scaling rejects: 144
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.6-1.642.9951.0531.1710279380234320.5061.27790.3
1.64-1.693.3120.9211.5111739372835440.6061.09995.1
1.69-1.743.2640.7271.9711383365834870.6770.87195.3
1.74-1.793.1840.5832.4310616350233340.7860.70395.2
1.79-1.853.0130.4593.079694339832170.8350.55894.7
1.85-1.913.0830.3474.219562327631020.9040.4294.7
1.91-1.983.340.2437.2110320321330900.950.28996.2
1.98-2.073.3670.16110.269989306429670.9740.19196.8
2.07-2.163.2650.12612.179299293028480.9830.1597.2
2.16-2.263.1610.09214.478714283527570.9890.11297.2
2.26-2.393.330.06718.388605265925840.9940.0897.2
2.39-2.533.3780.05620.518327252624650.9950.06697.6
2.53-2.73.2930.04822.587781240923630.9950.05898.1
2.7-2.923.0410.0423.356572222421610.9960.04997.2
2.92-3.23.2250.03626.826480207020090.9970.04397.1
3.2-3.583.1490.03229.485621185117850.9970.03996.4
3.58-4.133.0130.02832.44763163715810.9960.03596.6
4.13-5.063.1990.02637.214315141013490.9980.03195.7
5.06-7.163.190.02737.43334110710450.9970.03394.4
7.16-45.563.1330.02940.4217956205730.9960.03492.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→45.56 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.23
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2013 2484 5 %
Rwork0.1823 --
obs0.1832 49683 95.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 143.07 Å2 / Biso mean: 37.8961 Å2 / Biso min: 15.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→45.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2944 0 72 344 3360
Biso mean--77.61 40.83 -
残基数----395
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.6-1.63080.36861260.3436240689
1.6308-1.66410.30831350.3168257295
1.6641-1.70030.32061380.314261796
1.7003-1.73990.31931370.3037261095
1.7399-1.78340.36221360.3414258295
1.7834-1.83160.29721360.3386257495
1.8316-1.88550.29671350.2806256595
1.8855-1.94630.28211360.2284258395
1.9463-2.01590.2291400.2016266297
2.0159-2.09660.21381380.1928262297
2.0966-2.1920.21581410.1845268197
2.192-2.30760.2031400.1679265498
2.3076-2.45220.18211400.1639267297
2.4522-2.64150.16931410.1622268098
2.6415-2.90730.19111420.1683268198
2.9073-3.32780.18061400.1674267997
3.3278-4.19230.18141410.1474266996
4.19-45.560.16841420.1613269095
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 2.0482 Å / Origin y: 1.4501 Å / Origin z: -18.7235 Å
111213212223313233
T0.198 Å20.0092 Å20.0097 Å2-0.2167 Å20.0105 Å2--0.1975 Å2
L0.2293 °2-0.2516 °20.2824 °2-0.4319 °2-0.3239 °2--0.3444 °2
S0.0341 Å °-0.0217 Å °0.0055 Å °-0.0318 Å °-0.0178 Å °-0.0142 Å °0.0526 Å °0.021 Å °-0.0005 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA3 - 397
2X-RAY DIFFRACTION1allD2 - 3
3X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 7
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 344

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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