+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6sa8 | ||||||
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Title | ring-like DARPin-Armadillo fusion H83_D01 | ||||||
Components |
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Keywords | DE NOVO PROTEIN / protein fusion / DARPin / Armadillo / shared helix / crystallization chaperone | ||||||
Biological species | synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Ernst, P. / Honegger, A. / van der Valk, F. / Ewald, C. / Mittl, P.R.E. / Plucktun, A. | ||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2019 Title: Rigid fusions of designed helical repeat binding proteins efficiently protect a binding surface from crystal contacts. Authors: Ernst, P. / Honegger, A. / van der Valk, F. / Ewald, C. / Mittl, P.R.E. / Pluckthun, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6sa8.cif.gz | 263.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6sa8.ent.gz | 221.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6sa8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/6sa8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/6sa8 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 70466.055 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: Escherichia coli (E. coli) |
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#2: Protein/peptide | Mass: 1449.883 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#3: Chemical | ChemComp-EDO / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.73 Å3/Da / Density % sol: 55 % |
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Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 25 % PEG 2000 MME 0.2 M MgCl2 0.1M Tris HCl pH 8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 1.00000050167 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 16, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.00000050167 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.4→46.5 Å / Num. obs: 30897 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 25.203 % / Biso Wilson estimate: 63.831 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.369 / Rrim(I) all: 0.377 / Χ2: 0.974 / Net I/σ(I): 12.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4→46.5 Å / SU ML: 0.37 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 32.29
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 211.36 Å2 / Biso mean: 82.5086 Å2 / Biso min: 34.55 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.4→46.5 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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