PDB-6z99: Copper transporter OprC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6z99

タイトル

Copper transporter OprC

要素

Putative copper transport outer membrane porin OprC

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / copper transporter / TBDT / Pseudomonas aeruginosa / OprC

機能・相同性

機能・相同性情報

siderophore transmembrane transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / cell outer membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.68 Å

データ登録者

Bhamidimarri, S.P. / van den Berg, B.

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2021
タイトル: Acquisition of ionic copper by the bacterial outer membrane protein OprC through a novel binding site.
著者: Bhamidimarri, S.P. / Young, T.R. / Shanmugam, M. / Soderholm, S. / Basle, A. / Bumann, D. / van den Berg, B.

履歴

登録	2020年6月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月1日	Group: Advisory / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6z99.cif.gz	613 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6z99.ent.gz	424.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6z99.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6z99_validation.pdf.gz	418.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6z99_full_validation.pdf.gz	435.3 KB	表示
XML形式データ	6z99_validation.xml.gz	27.4 KB	表示
CIF形式データ	6z99_validation.cif.gz	41 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/6z99 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/6z99	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fokSC 6fomC 6z8qC 6z8rC 6z8sC 6z8tC 6z8uC 6z8yC 6z8zC 6z91C 6z9nC 6z9yC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6z91-1 6z8r-1 6fom-1 6z9y-1 6z9n-4 6z8u-1 6z8t-2 6z8t-1 6z8s-1 6z8z-2 6z8z-1 6z8r-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative copper transport outer membrane porin OprC

B: Putative copper transport outer membrane porin OprC

ヘテロ分子

159 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative copper transport outer membrane porin OprC

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
79.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative copper transport outer membrane porin OprC

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
79.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	154.644, 195.506, 165.629
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Putative copper transport outer membrane porin OprC 分子量: 79363.297 Da / 分子数: 2 / 変異: C143A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: oprC, PA3790 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G3XD89
#2: 化合物	ChemComp-AG / SILVER ION 分子量: 107.868 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ag
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M Choline chloride 0.1 M Tris 12-16 % w/v PEG 2000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.35132 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.35132 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.68→84.18 Å / Num. obs: 70434 / % possible obs: 99.88 % / 冗長度: 13.51 % / B_iso Wilson estimate: 66.43 Å² / R_pim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 0.996
反射シェル	解像度: 2.68→2.73 Å / Num. unique obs: 6894 / CC_1/2: 0.575

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18_3855	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6FOK

6fok

解像度: 2.68→84.18 Å / SU ML: 0.3836 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.09 / 位相誤差: 30.3472
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2524	6661	4.9 %
R_work	0.2147	129390	-
obs	0.2166	70402	99.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 71.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.68→84.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10170	0	6	8	10184

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0088	10438
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1213	14159
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0598	1465
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0062	1890
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.0563	1454

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.68-2.71	0.4081	211	0.3499	4148	X-RAY DIFFRACTION	94.91
2.71-2.74	0.3657	205	0.3444	4271	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.74-2.77	0.3758	218	0.3235	4341	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.77-2.81	0.3797	231	0.3188	4324	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.81-2.85	0.3459	206	0.315	4321	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-2.89	0.3629	187	0.3061	4338	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.89-2.93	0.3543	209	0.298	4355	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.93-2.97	0.3399	214	0.2966	4347	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.97-3.02	0.3394	208	0.2978	4287	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.02-3.07	0.3738	219	0.2987	4317	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.07-3.12	0.2972	195	0.2779	4360	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.12-3.18	0.2898	208	0.2755	4343	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.18-3.24	0.2626	237	0.2487	4346	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.24-3.3	0.3384	255	0.247	4253	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.3-3.38	0.2512	258	0.2264	4324	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.38-3.45	0.226	222	0.2097	4327	X-RAY DIFFRACTION	99.8
3.45-3.54	0.2419	224	0.209	4271	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.54-3.64	0.278	200	0.2116	4331	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.64-3.74	0.2396	188	0.2245	4362	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.74-3.86	0.2509	222	0.2217	4331	X-RAY DIFFRACTION	100
3.86-4	0.2979	245	0.2126	4314	X-RAY DIFFRACTION	99.91
4-4.16	0.2336	218	0.2054	4366	X-RAY DIFFRACTION	100
4.16-4.35	0.2399	228	0.1926	4252	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.35-4.58	0.1955	222	0.1705	4339	X-RAY DIFFRACTION	100
4.58-4.87	0.1925	229	0.1575	4301	X-RAY DIFFRACTION	100
4.87-5.24	0.2018	243	0.1666	4310	X-RAY DIFFRACTION	100
5.24-5.77	0.228	209	0.177	4331	X-RAY DIFFRACTION	99.96
5.77-6.61	0.2226	244	0.1954	4316	X-RAY DIFFRACTION	100
6.61-8.32	0.243	239	0.1915	4332	X-RAY DIFFRACTION	99.93
8.32-84.18	0.2303	267	0.21	4232	X-RAY DIFFRACTION	99.4

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 29.0582484109 Å / Origin y: -33.8844889936 Å / Origin z: -41.1836828077 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.461006414412 Å²	0.0253419696514 Å²	0.00655823675098 Å²	-	0.409092933456 Å²	-0.00431752666138 Å²	-	-	0.431037233666 Å²
L	0.401816524096 °²	0.0389523181608 °²	0.328335051469 °²	-	0.641988860388 °²	0.303482454989 °²	-	-	0.779694879253 °²
S	0.0866700686887 Å °	0.0874397620394 Å °	-0.115976674946 Å °	-0.0721148747725 Å °	-0.0297998275247 Å °	0.00087027487178 Å °	0.116297139876 Å °	0.0604744023663 Å °	-0.0596943207856 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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