[日本語] English
万見
- PDB-6z8u: Copper transporter OprC -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z8u
タイトルCopper transporter OprC
要素Putative copper transport outer membrane porin OprC
キーワードMEMBRANE PROTEIN / copper transporter / TBDT / Pseudomonas aeruginosa / OprC
機能・相同性
機能・相同性情報


siderophore transmembrane transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / cell outer membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
TonB-dependent copper receptor / TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / Maltoporin; Chain A / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent Receptor Plug Domain ...TonB-dependent copper receptor / TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / Maltoporin; Chain A / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent Receptor Plug Domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SILVER ION / Copper transport outer membrane porin OprC
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Bhamidimarri, S.P. / van den Berg, B.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2021
タイトル: Acquisition of ionic copper by the bacterial outer membrane protein OprC through a novel binding site.
著者: Bhamidimarri, S.P. / Young, T.R. / Shanmugam, M. / Soderholm, S. / Basle, A. / Bumann, D. / van den Berg, B.
履歴
登録2020年6月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative copper transport outer membrane porin OprC
B: Putative copper transport outer membrane porin OprC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,3048
ポリマ－158,6572
非ポリマー6476
水1,27971
1
A: Putative copper transport outer membrane porin OprC
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 79.7 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,6524
ポリマ－79,3281
非ポリマー3243
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative copper transport outer membrane porin OprC
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 79.7 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,6524
ポリマ－79,3281
非ポリマー3243
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)155.113, 195.716, 165.301
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-902-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Putative copper transport outer membrane porin OprC


分子量: 79328.297 Da / 分子数: 2 / 変異: H323A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: oprC, PA3790 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G3XD89
#2: 化合物
ChemComp-AG / SILVER ION


分子量: 107.868 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ag
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.5 M Potassium chloride 0.05 M HEPES 12-16 % v/v PEG 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 1.35136 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.35136 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.61→63.14 Å / Num. obs: 74873 / % possible obs: 98.01 % / 冗長度: 13.25 % / Biso Wilson estimate: 57.44 Å2 / Rpim(I) all: 0.182 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 2.61→2.66 Å / Num. unique obs: 7326 / CC1/2: 0.317

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FOK

6fok


解像度: 2.61→63.14 Å / SU ML: 0.476 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.5925
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2732 7024 5.01 %
Rwork0.2123 133202 -
obs0.2154 73192 94.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 61.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→63.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10112 0 6 71 10189
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008110361
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.028414050
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05561455
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00631875
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.10291439
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.61-2.640.34371420.31082819X-RAY DIFFRACTION60.1
2.64-2.670.33011760.32933379X-RAY DIFFRACTION72.27
2.67-2.70.381840.33923932X-RAY DIFFRACTION83.47
2.7-2.740.37852000.34684135X-RAY DIFFRACTION88.38
2.74-2.770.39222120.35154348X-RAY DIFFRACTION91.75
2.77-2.810.3732400.32454260X-RAY DIFFRACTION92.02
2.81-2.850.35142260.32464532X-RAY DIFFRACTION96.49
2.85-2.890.41952590.32084479X-RAY DIFFRACTION96.73
2.89-2.940.35882830.29344511X-RAY DIFFRACTION97.26
2.94-2.990.31082490.28924564X-RAY DIFFRACTION97.59
2.99-3.040.38052510.26944561X-RAY DIFFRACTION97.41
3.04-3.090.34842240.27094607X-RAY DIFFRACTION97.69
3.09-3.150.30572540.25634538X-RAY DIFFRACTION97.74
3.15-3.220.3352080.24364621X-RAY DIFFRACTION97.93
3.22-3.290.30222490.23774631X-RAY DIFFRACTION97.99
3.29-3.360.30822610.21784545X-RAY DIFFRACTION98.16
3.36-3.450.25522600.2074586X-RAY DIFFRACTION98.06
3.45-3.540.27342500.19984529X-RAY DIFFRACTION98.25
3.54-3.650.28062670.19274595X-RAY DIFFRACTION98.3
3.65-3.760.25062030.1874696X-RAY DIFFRACTION98.33
3.76-3.90.26362530.18894587X-RAY DIFFRACTION98.53
3.9-4.050.2382180.19724641X-RAY DIFFRACTION98.74
4.05-4.240.26582160.19054594X-RAY DIFFRACTION98.71
4.24-4.460.23332290.17564687X-RAY DIFFRACTION98.87
4.46-4.740.21352760.15694576X-RAY DIFFRACTION99.02
4.74-5.110.20762610.16074618X-RAY DIFFRACTION99.13
5.11-5.620.2352680.17064635X-RAY DIFFRACTION99.13
5.62-6.430.23222520.17294631X-RAY DIFFRACTION99.47
6.44-8.10.25592100.18614695X-RAY DIFFRACTION99.45
8.1-63.140.27322430.23054670X-RAY DIFFRACTION99.27
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 29.2218016335 Å / Origin y: -34.0148335376 Å / Origin z: -41.1878061852 Å
111213212223313233
T0.528472392407 Å20.0210694110808 Å20.0186265087783 Å2-0.313956734484 Å2-0.0171763956791 Å2--0.280964485496 Å2
L0.165607100572 °20.0518806359434 °20.12796574796 °2-0.433387602055 °20.195534417737 °2--0.395676940871 °2
S0.0172553619083 Å °0.0391082707386 Å °-0.0349936896541 Å °-0.0535616457136 Å °-0.0170643803486 Å °0.0270666372219 Å °0.0466354759547 Å °0.0298411006705 Å °0.000415663983026 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る