PDB-6z8t: Copper transporter OprC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6z8t

タイトル

Copper transporter OprC

要素

Putative copper transport outer membrane porin OprC

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / copper transporter / TBDT / Pseudomonas aeruginosa / OprC

機能・相同性

機能・相同性情報

siderophore transmembrane transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / cell outer membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.86 Å

データ登録者

Bhamidimarri, S.P. / van den Berg, B.

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2021
タイトル: Acquisition of ionic copper by the bacterial outer membrane protein OprC through a novel binding site.
著者: Bhamidimarri, S.P. / Young, T.R. / Shanmugam, M. / Soderholm, S. / Basle, A. / Bumann, D. / van den Berg, B.

履歴

登録	2020年6月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月1日	Group: Advisory / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6z8t.cif.gz	607.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6z8t.ent.gz	422.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6z8t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6z8t_validation.pdf.gz	444.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6z8t_full_validation.pdf.gz	473.5 KB	表示
XML形式データ	6z8t_validation.xml.gz	46.4 KB	表示
CIF形式データ	6z8t_validation.cif.gz	63.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/6z8t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/6z8t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fokSC 6fomC 6z8qC 6z8rC 6z8sC 6z8uC 6z8yC 6z8zC 6z91C 6z99C 6z9nC 6z9yC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6z8r-2 6z8t-2 6z8u-1 6z8y-1 6z8z-1 6z8s-1 6fom-2 5nec-1 6fok-1 6z8q-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative copper transport outer membrane porin OprC

B: Putative copper transport outer membrane porin OprC

ヘテロ分子

159 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative copper transport outer membrane porin OprC

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
79.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative copper transport outer membrane porin OprC

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
79.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	155.521, 196.453, 165.878
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Putative copper transport outer membrane porin OprC 分子量: 79328.297 Da / 分子数: 2 / 変異: H323A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: oprC, PA3790 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G3XD89
#2: 化合物	ChemComp-AG / SILVER ION 分子量: 107.868 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ag
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.5 M Potassium chloride 0.05 M HEPES 12-16 % v/v PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 1.40889 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.40889 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.86→70.41 Å / Num. obs: 57731 / % possible obs: 98.18 % / 冗長度: 13.14 % / B_iso Wilson estimate: 69.5 Å² / R_pim(I) all: 0.207 / Net I/σ(I): 4.18
反射シェル	解像度: 2.86→2.91 Å / Num. unique obs: 5635 / CC_1/2: 0.284

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6FOK

6fok

解像度: 2.86→70.41 Å / SU ML: 0.4844 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.1013
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2721	5100	4.93 %
R_work	0.2067	98354	-
obs	0.21	54313	91.21 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.86→70.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10061	0	5	0	10066

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0093	10324
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1975	14007
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0579	1454
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0068	1868
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.2905	1436

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.86-2.89	0.417	68	0.3382	1321	X-RAY DIFFRACTION	36.8
2.89-2.93	0.3415	93	0.3549	1630	X-RAY DIFFRACTION	45.7
2.93-2.96	0.3542	106	0.3393	2455	X-RAY DIFFRACTION	68.08
2.96-3	0.3873	155	0.3287	2615	X-RAY DIFFRACTION	73.83
3-3.04	0.4068	125	0.3315	2799	X-RAY DIFFRACTION	77.03
3.04-3.08	0.371	158	0.3145	2992	X-RAY DIFFRACTION	83.96
3.08-3.12	0.3874	171	0.286	3327	X-RAY DIFFRACTION	91.55
3.12-3.17	0.3452	195	0.2857	3302	X-RAY DIFFRACTION	93.18
3.17-3.22	0.3275	171	0.2799	3490	X-RAY DIFFRACTION	96.19
3.22-3.27	0.3454	190	0.2754	3446	X-RAY DIFFRACTION	96.91
3.27-3.33	0.3092	175	0.2724	3533	X-RAY DIFFRACTION	97.73
3.33-3.39	0.3419	163	0.241	3599	X-RAY DIFFRACTION	97.82
3.39-3.46	0.3169	186	0.2323	3470	X-RAY DIFFRACTION	97.96
3.46-3.53	0.2779	199	0.2239	3532	X-RAY DIFFRACTION	98.11
3.53-3.6	0.2704	165	0.2131	3546	X-RAY DIFFRACTION	98.12
3.6-3.69	0.2611	158	0.2126	3556	X-RAY DIFFRACTION	98.28
3.69-3.78	0.3036	188	0.208	3576	X-RAY DIFFRACTION	98.35
3.78-3.88	0.2924	168	0.21	3490	X-RAY DIFFRACTION	98.65
3.88-4	0.2927	180	0.2051	3552	X-RAY DIFFRACTION	98.34
4-4.12	0.2859	197	0.2095	3528	X-RAY DIFFRACTION	98.75
4.12-4.27	0.3207	152	0.1861	3575	X-RAY DIFFRACTION	98.36
4.27-4.44	0.2212	203	0.1718	3561	X-RAY DIFFRACTION	99.03
4.44-4.65	0.223	207	0.1507	3529	X-RAY DIFFRACTION	98.81
4.65-4.89	0.2052	196	0.1449	3520	X-RAY DIFFRACTION	99.01
4.89-5.2	0.223	174	0.1587	3589	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2-5.6	0.2466	180	0.1631	3571	X-RAY DIFFRACTION	99.26
5.6-6.16	0.2235	201	0.1689	3539	X-RAY DIFFRACTION	99.28
6.16-7.05	0.2621	183	0.1702	3589	X-RAY DIFFRACTION	99.42
7.05-8.88	0.2225	216	0.1818	3553	X-RAY DIFFRACTION	99.58
8.88-70.41	0.275	177	0.2447	3569	X-RAY DIFFRACTION	98.94

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 29.5292723028 Å / Origin y: -34.0527455419 Å / Origin z: -41.2608096859 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.858291569916 Å²	0.0307796765908 Å²	0.0198933706499 Å²	-	0.537558578615 Å²	-0.0257626497271 Å²	-	-	0.192455366908 Å²
L	0.107752475743 °²	0.067302667212 °²	0.119478011128 °²	-	0.358559258172 °²	0.235540102066 °²	-	-	0.479632025986 °²
S	0.0399378839649 Å °	0.0260659873472 Å °	-0.0207789859674 Å °	-0.0322646443796 Å °	-0.0390851914632 Å °	-0.00939657157319 Å °	0.0171161816951 Å °	0.0395062993024 Å °	0.00498518802653 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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